На протяжении XIX в., после окончания греческой войны за независимость, греки в Османской империи были в двусмысленном положении. До конца Балканской войны 1913 г. они были значительно более многочисленными, чем их соотечественники в пределах Греческого королевства, и в среднем были даже богаче их. Некоторые из них по–прежнему были на службе у султана. Турецкие государственные финансы все так же находились под управлением греков. На турецкой дипломатической службе были греки, такие как Мусурос–паша, в течение многих лет служивший османским послом при дворе св. Иакова. Такие люди преданно служили своим хозяевам, но они всегда небезразлично относились к свободному греческому государству, интересы которого часто расходились с их возможностями. В течение спокойных правлений султанов Абдул Маджида и Абдул Азиза в середине столетия не возникало сложностей. Но исламская реакция при Абдул Гамиде привела к новому обострению подозрений к грекам, которое усугублялось критским вопросом и разорительной для Греции войной в 1897 г. Младотурки, свергнувшие Абдул Гамида, разделяли его неприязнь к христианам, что, казалось, должна была урегулировать Балканская война. Участие греков в турецком управлении уменьшалось и, вероятно, пришло к концу.
Положение православного Константинопольского патриарха в течение XIX в. было особенно трудным. Он был греком, но не был гражданином Греции. Согласно клятве, которую он приносил при своем посвящении, он обещал быть верным султану, даже если султан объявлял войну Греческому королевству. Его паства, завидующая свободе греков в королевстве, продолжала быть с ними солидарной, но он не мог на законных основаниях поощрять их устремления. Проблема, с которой столкнулся Григорий V весной 1821 г., продолжалась, хотя и не в такой острой форме, при его преемниках. Власть патриарха более не распространялась на греков Греции. Как только было основано королевство, Церковь в обязательном порядке получила автономию под властью Афинского архиепископа. Именно на Афины, на греческого короля смотрели теперь греки в Турции как на исполнение своих чаяний. Если бы была восстановлена христианская Империя в Константинополе, патриарх потерял бы большую часть своей гражданской власти; но он бы лишился ее радостно, потому что император наладил бы с ним сотрудничество, он бы давал ему советы и указания и стал бы покровителем христианского правительства. Но в сложившейся ситуации ему было предоставлено управлять в ухудшившейся атмосфере и с упавшим авторитетом в обществе, испытывавшем чувства солидарности с отдаленным монархом, с которым он не мог открыто быть в контакте и королевство которого было слишком маленьким и бедным, чтобы он мог спасти его в случае опасности. В прошлом русский царь рассматривался многими греками в качестве спасителя. Это имело свои преимущества; ибо хотя царь постоянно разочаровывал своих греческих просителей, но, по крайней мере, он был могущественным правителем, на которого турки смотрели со страхом. Более того, он не вмешивался в отношения греков со своим патриархом. Каковы бы ни были устремления русских, греки не намеревались стать русскими подданными. В любом случае, появление независимой Греции уменьшило симпатии к русским. Греческие политики искусно натравливали Англию и Францию против России и друг против друга; Россия сочла более выгодным для себя оказывать покровительство Болгарии, что не могло понравиться грекам.
Можно сожалеть о том, что патриархат не хотел изменить свою роль. Тем не менее, он ставался Вселенским патриархатом. Разве он не должен был выступать в качестве главы православной ойкумены? Не одни только греки получили независимость в XIX в. Сербы, румыны, а позднее Болгария освободились от османского ига. Все они были охвачены националистическим пылом. Разве патриархат не мог стать умиротворяющей силой в православном мире и таким образом сосредоточить на себе центростремительные силы балканского национализма?
Возможность была упущена. Патриархат продолжал оставаться скорее греческим, чем вселенским. Мы не можем обвинять в этом патриархов. Они были греками, воспитанными в греческой традиции, хранительницей которой выступала Православная Церковь и от которой она во многом черпала свою силу. Более того, в атмосфере XIX в. интернационализм рассматривался как орудие тирании и реакции. Но патриархат зашел слишком далеко в другом направлении. Его яростные и бесплодные попытки сохранить Болгарскую церковь в подчинении греческим иерархам в 1860–е годы не привели к добру и только усугубили озлобление. На Афонской Горе, монастыри которой были многим обязаны щедрости, пусть не бескорыстной, русских царей, междоусобицы греческих и славянских монастырей были далеко не поучительными. Все эти проявления национализма подвергли опасности само существование патриархата в мрачные дни, которые пришли в 1922 г.