Около 18.00 Нельсон спросил Худа, будет ли прилив достаточно высоким, чтобы снять корабли с мели, если они туда попадут. Худ ответил, что не знает, но наверняка что-нибудь удастся придумать. Нельсон дал добро, и «Зиэлес» осторожно повел флот вокруг мели. Путь к ожидающим противника французам был открыт. Через час солнце село. Под неэффективным огнем головных французских кораблей, 74-пушечных «Геррьер» и «Конкеран», а также батареи с Абукира, «Зиэлес» и «Голиаф», державшийся у него на левом крамболе, прошли перед головой французской колонны. За ними последовали «Орион», «Одейшиес» и «Тезеус». «Голиаф» первым из английских кораблей дал залп, проходя под носом у «Геррьера». Затем он стал на якорь между «Конкераном» и 36-пушечным фрегатом «Серьёз». Остальные 4 британских корабля, зашедшие со стороны берега, выбрали свои цели.
Тем временем Нельсон повел «Вэнгард» и остальные корабли вдоль строя французов со стороны моря. Замыкающий британский корабль, «Куллоден» Трубриджа прочно сел на мель и в бою не участвовал. Однако и он принес некоторую пользу, послужив маяком для «Александера» и «Свифтшура», которые прибыли около 20.00 уже в полной темноте. Через полчаса 5 кораблей французского авангарда сражались против 8 британских кораблей, из которых 5 стояли по левому борту со стороны берега, а 3 — по правому борту. Французы сражались упорно. Прошло 2 часа, прежде чем эти корабли были захвачены, и британские корабли смогли двинуться дальше, на помощь «Беллерофону» и «Маджестику», которые вели тяжелый бой с «Орианом» Брюэса, «Тоннаном» и «Геро» в центре французской колонны. Полностью выведенный из строя «Беллерофон» сдрейфовал, выйдя из боя, но его место заняли подошедшие «Александер» и «Свифтшур». Вскоре после этого был убит Брюэс, а его флагман загорелся. Примерно в 22.00 «Ориан» взорвался. С этого момента сомнений в исходе боя уже не оставалось.
Бой закончился уже после того, как рассвело. Из всех французских кораблей спаслись только 80-пушечный «Вильгельм Телль» контр-адмирала Вильнёва вместе с 74-пушечным «Женеро» и 2 фрегатами, стоявшие в хвосте колонны. Так как британские корабли были связаны боем с кораблями центра, они обрубили якорные канаты, поставили паруса и ускользнули. Худ совершил отчаянную попытку задержать их, пока не подойдет помощь. В течение нескольких минут он в одиночку вел бой с 4 противниками. Но так как британские корабли находились не в том состоянии, чтобы вести погоню, Нельсон отозвал «Тезеус» и позволил французам благополучно выскочить из бухты.
Хотя все британские корабли серьезно пострадали, Нельсон одержал полную победу. Британские потери составили 218 человек убитыми и 677 ранеными из 8068 человек. Точных данных о потерях французов нет. По некоторым оценкам, из 8930 человек, находившихся на кораблях французской эскадры перед боем, погибли, утонули и были взяты в плен 5225 человек, или 60 %. Тактический план Нельсона оказался совершенно правильным. Его желание предоставить подчиненным свободу действий и частые обсуждения планов на борту «Вэнгарда» во время затянувшихся поисков неприятеля дали свои плоды. Ежедневные парусные и артиллерийские учения позволили сохранить высокую степень готовности и моральный дух. Казалось, что все моряки эскадры пропитаны наступательным духом Нельсона. Все эти факторы, вместе взятые, привели к тому, что в Абукирском сражении капитаны и матросы делали именно то, чего ждал от них Нельсон. Величина потерь противника показывает, насколько изменились представления Нельсона о морском бое, хотя он использовал те же средства, что и его предшественники. Теперь его смелая тактика была направлена не на победу над противником, а на его уничтожение.