Снова французы бесследно пропали. Получая лишь крохи информации из вторых рук, Нельсон должен был решить судьбу войны и альянса, сколоченного Питтом. Чиновники в Неаполе и Сицилии ясно дали ему понять, что королевство не воюет с Французской республикой и ему не следует ждать реальной помощи. Если Мальта действительно попала в руки французов, он не сможет получить никаких сведений. Не зная, что сообщение «Мутина» было неверным и французы покинули Мальту лишь 19 июня, Нельсон решил, что, если противник решит направится к Сицилии, он узнает об этом очень быстро. Сам неаполитанский король позовет его на помощь. Было совершенно ясно, что вражеская армада, которая, по оценкам Нельсона, состояла из 280 транспортов с 40000 солдат, была собрана совсем не для захвата Мальты. Если французы намерены прорываться в Атлантику, им совершенно незачем было спускаться на юг к Мальте. Постоянные ветры с вест-норд-веста делали крайне трудным переход от острова на запад.
С другой стороны, если французы намеревались идти на восток, ветры были благоприятными, и Мальта становилась прекрасной базой. Если они намеревались идти к острову Корфу, любая попытка перехватить их была уже бесполезна. Если же французы собирались нанести удар в подбрюшье Оттоманской империи, они должны были войти в Эгейское море, либо высадиться в Сирии, чтобы вторгнуться в Анатолию с юга. Однако Нельсон был почти уверен, что они собираются захватить Александрию и развернуть наступление через Красное море на Индию. Он писал Сент-Винсенту: «В это время года переход до побережья Малабара занимает всего 3 недели». Из всех этих вариантов самым легким для французов и самым опасным для англичан выглядел египетский. Захватить Константинополь было более чем сложно, а в Сирии французам было просто нечего делать.
Сразу после получения новостей с «Мутина» Нельсон приказал Сомарецу, Дарби, Боллу и Трубриджу прибыть на борт «Вэнгарда» на совещание. Рассмотрев имеющуюся информацию, капитаны согласились с мнением Нельсона, что Египет почти наверняка является целью французов, и потому флот должен поспешить в Александрию. Поэтому корабли поставили все паруса и в течение ночи проскочили мимо тихоходной и неповоротливой французской армады. Фрегатов у Нельсона не было, поэтому вести разведку впереди по курсу и на флангах он не мог. К рассвету 23 июня флоты противников уже находились вне пределов видимости. Брюэс шел к Криту, чтобы обмануть торговые суда, которые могли его заметить. В течение 5 дней Нельсон не имел никаких сведений о противнике. 26 июня он отправил вперед «Мутин» с донесениями английскому консулу в Александрии, куда флот прибыл 2 дня спустя. Никаких признаков неприятеля обнаружить, естественно, не удалось. Нельсон едва не впал в отчаяние, считая, что интуиция его обманула. Он направился на север к Кипру. Огромный французский конвой благополучно прибыл в гавань Александрии 1 июля. Нельсон упустил возможность уничтожить французскую
Потом Нельсона критиковали за то, что он не догадался, что просто обогнал противника. Однако совершенно не ясно, почему такая мысль должна была прийти ему в голову. Наоборот, он имел все причины гнать свой флот в Египет с максимальной скоростью. Если бы сообщение генуэзского судна о том, что французы покинули Мальту 16 июня, было верным, британская эскадра уже не могла догнать их. Прибыв в Александрию, Нельсон мог бы захватить французскую эскадру там. Выводы, сделанные на основании имеющейся информации, были совершенно правильными. Нельсон просто не мог знать, что ключевые сведения неверны.
Почти 4 недели Нельсон безрезультатно мотался по северо-восточной части Средиземного моря. 20 июля он вернулся в Сиракузы, «так же ничего не зная о местонахождении противника, как и 27 дней назад». Однако уже было ясно, что французы пошли на восток. Нельсон был совершенно уверен, что получил бы какие-нибудь сведения, находись они к западу от Корфу. Несмотря на «скандальное» поведение губернатора Сиракуз, который позволил заходить в гавань лишь 4 кораблям одновременно, флот пополнил запасы воды и продовольствия. 24 июля Нельсон покинул Сиракузы и второй раз направился на восток. Наконец счастье улыбнулось ему, и первоначальные предположения подтвердились. Трубридж, который 28 июля был отправлен осмотреть залив Корон на Пелопонессе, вернулся на следующий день с захваченным французским бригом и информацией о том, что вражеский флот 4 недели назад был замечен с Крита идущим на юго-восток. Эти сведения подтвердило судно, остановленное «Александером» капитана Болла. Нельсон на всех парусах пошел к Александрии. 1 августа примерно в 16.00 «Зиэлес» капитана Сэмюэля Худа сигналом сообщил, что видит противника — 17 военных кораблей. 13 или 14 из них были выстроены в кильватерную колонну поперек Абукирской бухты примерно в 15 милях восточнее Александрии.