«До тех пор, пока богу будет угодно даровать нам еду и питье, ветер и благоприятную погоду нашим кораблям, вы наверняка услышите, что мы находимся возле мыса Сент-Винсент. Здесь мы ежедневно делаем и будем делать то, что Ее Величество и вы нам далее прикажете. Мы благодарим бога за то, что Ее Величество отправила в море эти несколько кораблей».
Тем не менее, 22 мая флот Дрейка ушел от мыса Сент-Винсент и направился в Атлантику, к Азорским островам.
Если Дрейк и объяснил столь резкое изменение намерений, эти записи не сохранились. Единственное объяснение, которое дают современники, приводит Монсон. Он утверждает, что лондонские компаньоны Дрейка начали выражать недовольство. Они не видели богатых призов и вынудили Дрейка идти к Азорским островам, чтобы искать португальские каракки, возвращающиеся из Индийского океана. Так как поиск вражеских кораблей в Атлантике уже стоял на повестке дня, это звучит правдоподобно. В эпоху, когда войны вели частные предприниматели, Дрейк находился под постоянным давлением не только со стороны своих партнеров, но и со стороны правительства, которое тоже было вкладчиком. Он был просто обязан завершить свое плавание с прибылью. Впрочем, это полностью отвечало и натуре самого Дрейка.
Однако на этом неприятности Дрейка не закончились. Разногласия с его заместителем Уильямом Боро, который командовал «Голден Лайоном», становились все острее. Боро был не только опытным моряком, он также являлся офицером морской администрации Тюдоров. И в этом качестве он представлял регулярные вооруженные силы монархии. Боро верил, что его статус позволяет ему давать советы и иметь право голоса при выработке плана кампании. Дрейк, который поднялся только благодаря собственной предприимчивости, полагал, что имеет право попросить совета, но если совет ему не понравится, он также имеет право отвергнуть его.
Этот спор, внешне сводившийся к определению способа действий, на самом деле был спором вокруг приоритета в командовании. Это становится понятно из протеста Боро, датированного 30 апреля. Он говорит, что «никогда не понимал, почему не проводятся советы и обсуждаются способы действия флота, находящегося под вашим командованием, на службе Ее Величества». В ответ на этот протест Дрейк обвинил Боро в измене и поспешил отстранить его от командования. После этого «Голден Лайон» сбежал, и Дрейк убедил военный трибунал заочно приговорить Боро к смерти. Дрейк не сомневался, что правда на его стороне. После возвращения экспедиции в Англию он публично заявил, что будет добиваться приведения приговора в исполнение.
По пути к Азорским островам лондонские корабли во время шторма оторвались от эскадры Дрейка. Он больше не мог на них рассчитывать, и все-таки не выдвинул против них никаких обвинений. Более того, Дрейк остался в хороших отношениях со своими компаньонами и участвовал в разделе денег и добычи на ранее согласованных условиях. С оставшимися кораблями Дрейк продолжал гнаться за золотым миражом. Тонкий нюх на добычу не подвел Дрейка. Апофеозом похода и всей кампании стал захват каракки «Сан-Фелипе», направлявшейся в Испанию из Ост-Индии. Груз был оценен в 114000 фунтов, что было огромной суммой по тем временам. По словам Хаклюйта, моряки Дрейка «удостоверились, что каждый получит достаточное вознаграждение за это путешествие», и направились домой. «Они прибыли в Плимут в конце лета со всем флотом и этой богатой добычей к своей собственной выгоде и должным похвалам, и к великому восхищению всего королевства».