Впервые ландтаг был созван в Австрийском герцогстве в 1396 г. Наиболее значимым среди всех прочих был тирольский ландтаг. В эпоху правления эрцгерцога Сигизмунда (1439–1490 гг.) тирольскому ландтагу удалось взять австрийское правительство под свой контроль, кроме того, представительство фактически заставило эрцгерцога отречься от престола. С XV в. правители Австрии периодически созывали объединенные ландтаги сразу нескольких герцогств, что стало одной из предпосылок создания представительного органа всей Австрийской империи.
В эпоху позднего Средневековья на территории Австрии ускоренными темпами начала развиваться добывающая промышленность. В первую очередь это коснулось Штирии, Каринтии и Тироля. Усиленно разрабатывали железные рудники, в Тироле было открыто месторождение драгоценных металлов. Образовывались первые крупные фабрики, занимающиеся добычей и обработкой железа, одна из которых находилась в Леобене. В XVI в. В Австрии появились первые капиталистические мануфактуры.
Серебряные и медные рудники Тироля были основной статьей доходов правителей Австрии. В XVI в. ими завладели Фуггеры – южно-немецкий банковский дом, который был кредитором Габсбургов. Самым крупным торговым центром Австрии стала Вена, контролировавшая большую часть внешней торговли, в частности с Чехией и Венгрией.
В XV в. в Австрии появились зачатки системы всеобщего образования, проявившиеся в открытии общественных школ в крупных городах. В 1365 г. был создан Венский университет, который в скором времени после этого стал одним из крупнейших центров образования в Европе. Немецкий язык начал распространяться все активнее, проникая в административные дела и литературу. Уже в конце XIV в. В Австрии появилась первая хроника на немецком языке – «sterreichische Landesschronik». В течение следующего столетия постепенно складывалась австрийская нация, которая уже к концу XV в. начала противопоставлять себя немецкой.
В 1470-х гг. в Каринтии и Штирии вспыхнуло одно из крупнейших сословных восстаний – движение «Крестьянского союза». Началось оно как попытка оказать отпор турецким завоевателям, а через некоторое время переросло в крупное антифеодальное восстание. В 1514–1515 гг. в этих же землях разразилось еще одно восстание – Вендского союза, – которое правительственные войска смогли подавить достаточно быстро.
С середины XV в. центр Священной Римской империи окончательно переместился в Вену. В 1496 г. после еще одного выгодного династического брака к владениям Габсбургов были присоединены Испания с ее землями в Италии, Африке и Америке, хотя испанские земли было решено не включать в состав Священной Римской империи. В 1500 г. Габсбурги ввели в свою империю области Герц и Градишка.
Все земли Габсбургов в 1520 г. были поделены на две части, большую из которых составила Испания вместе со своими колониями и Нидерланды, а меньшую – коренные владения Габсбургов. После этого династия была разделена на две крупные ветви – испанских и австрийских Габсбургов.
Австрийская ветвь Габсбургов продолжила объединять свои земли вокруг герцогства. В 1526 г., когда погиб король Богемии и Венгрии, комиссия решила избрать новым правителем эрцгерцога Фердинанда I. Возглавив два новых больших владения, он стал одним из самых влиятельных монархов Европы. Однако уже в следующем году его избрали и королем Хорватии.
Земли Венгрии достаточно длительное время оставались спорными для Австрии и Османской империи. Часть венгерского дворянства избрала правителем государства Яна Запольского, поддержку которому оказывала Османская империя. После захвата в 1541 г. османской армией г. Буда центральные и южные земли Венгрии отошли к Османской империи, к Австрии же была присоединена северо-западная часть королевства. Полностью Венгрия вошла в состав Австрии лишь в 1699 г. по итогам Карловицкого мира.
В XVI–XVII вв. австрийские территории вновь были поделены между несколькими ветвями рода Габсбургов. В 1564 г. К австрийской линии отошли Австрия, Богемия и некоторые земли Венгрии и Хорватии, штирийская ветвь получила Штирию, Каринтию и Крайну, а тирольская – Тироль и Переднюю Австрию (Форарльберг, Эльзас, который в скором времени стал принадлежать Франции по условиям Вестфальского мирного договора 1648 г., а также некоторые западногерманские владения). Тирольская ветвь в скором времени лишилась своих земель, и все они были разделены между двумя другими ветвями.
В 1608–1611 гг. вся Австрия была уже практически объединена в одно государство, но в 1619 г. Тироль и Передняя Австрия вновь обособились в отдельное владение. Окончательное объединение австрийских земель произошло лишь в 1665 г.