Одними из первых из СССР вышли Прибалтийские республики. 3 июня 1988 г. в Литве было организовано движение «в поддержку перестройки», которое ставило своей целью обретение суверенитета Литовской республикой. В январе 1990 г. в Вильнюс прилетел М. С. Горбачев, которого встретила демонстрация протеста численностью около 250 000 человек. Литовское правительство в марте 1990 г. провозгласило независимость Литвы, однако ни одна страна, кроме Исландии, не согласилась признать ее суверенитет. Ответным ходом советского руководства стала экономическая блокада страны, а позже было решено использовать и военную силу. Еще раньше стала суверенной Эстония, принявшая декларацию о независимости 16 ноября 1988 г., а в марте 1990 г. Коммунистическая партия этой страны отделилась от КПСС.
Многими лидерами бывших советских республик самоопределение и выход из состава СССР понимались как свобода от прежних экономических обязательств и благодаря этому – повышение уровня жизни местного населения и экономия бюджетных средств. На практике это грозило полным разрушением экономических взаимосвязей между соседними странами и снижением производства, так как в условиях плановой экономики крупные промышленные комплексы были устроены так, что сырьевая база находилась в одной республике, обрабатывающие заводы – в другой, а координационный центр – в Москве.
3 апреля 1990 г. Верховный Совет СССР принял постановление, в котором говорилось, что декларации независимости Прибалтийских республик не имеют никакой юридической силы. Выход Эстонии был окончательно оформлен больше года спустя – к сентябрю 1991 г.
В марте 1991 г. состоялся Всесоюзный референдум, на котором большинство проголосовавших высказалось за сохранение Советского Союза. Однако процессы распада шли настолько интенсивно, что руководство СССР вместе с президентом М. С. Горбачевым было вынуждено пойти на экстренные меры: был проведен всеобщий референдум, утверждена должность президента СССР, так как КПСС постепенно утрачивала свою власть на территории государства, разработан проект нового союзного договора, исходя из которого права республик значительно расширялись.
Эстония была самой активной из Прибалтийских республик на пути к самоопределению. Это объяснялось желанием ее правительства и демократических сил как можно скорее вступить в политический альянс со странами Запада и интегрироваться в мировой рынок. На первых порах Эстонию поддержали США и европейские государства, так как рассчитывали на ее помощь в развале СССР.
Планам, касавшимся сохранения Советского Союза как единого государства, помешало избрание Б. Н. Ельцина на пост Председателя Верховного Совета РСФСР, после чего республика сама взяла курс на выход из СССР, что давало возможность сместить М. С. Горбачева с поста Президента СССР. Этого можно было добиться с помощью роспуска всех общих для союза учреждений, которыми он мог бы управлять.
Уже 12 июня 1990 г. в Верховном Совете РСФСР была принята Декларация о государственном суверенитете, по которой российские законы становились выше союзных. После принятия этого закона общесоюзные органы власти постепенно утратили контроль над большей частью государства. Чуть позже, 12 января 1991 г., Россией с Эстонией был подписан договор, касавшийся межгосударственных отношений. По этому соглашению РСФСР и Эстония признавали друг друга независимыми государствами.