После сильного кризиса Лютер открыл для себя иную интерпретацию посланий св. Павла. Он писал: «Я понял, что божественную праведность мы получаем последствием самой веры в Бога и благодаря ей, тем самым милостивый Господь оправдывает нас последствием самой веры». При этой мысли Лютер, как он сказал, почувствовал, что он родился вновь и через открытые врата вступил в рай. Представление о том, что оправдание верующий получает благодаря своей вере в милость Бога, Лютер разработал в 1515–1519 годах.
18 октября 1517 года папа Лев X выпустил буллу (важнейший вид документа, подписываемый папой) об отпущении грехов и продаже индульгенций в целях «Оказания содействия построению храма св. Петра и спасения душ христианского мира». Индульгенция — это освобождение от временной кары за грехи, в которых грешник уже покаялся и вина за которые уже прощена в таинстве исповеди. Вопреки распространённому заблуждению, индульгенция не имеет никакого отношения к отпущению грехов, которое даётся только в таинстве исповеди. Отпущение временной кары христианин получает через действие церкви.
Лютер же взрывается критикой роли церкви в спасении. В обстановке подъема общественного движения в Германии, Лютер выступил с протестом против индульгенций, выразившимся в 95 тезисах. Эти тезисы содержали основные положения его нового религиозного учения, отрицавшего основные догматы и весь строй католической церкви, в том числе догму о том, что духовенство является необходимым посредником в общении человека и Бога.
Лютер утверждал, что мирская жизнь и весь мирской порядок, обеспечивающий человеку возможность отдаваться вере, занимают важное место в христианской религии. Он отверг авторитет папских декретов и посланий и требовал восстановления авторитета Священного писания. Мартин Лютер отвергал претензии духовенства на господствующее положение в обществе.
Роль духовенства Лютер ограничивал наставлением христиан в духе смирения, осознания человеком его полной зависимости от милости божьей в деле спасения его души. Важное историческое значение имело провозглашение Лютером идеи независимости светского государства от католической церкви. Подобные тезисы были восприняты оппозиционными слоями населения как сигнал к выступлению против католической церкви и освящавшегося ею общественного строя.
Слух о тезисах распространяется молниеносно, и Лютера вызывают в 1519 году на церковный суд в Рим. Опираясь на общественное движение в Германии, Лютер отказался явиться на суд, а на Лейпцигском диспуте с католическими богословами в том же году открыто заявил, что во многом считает правильными положения, выдвинутые чешским реформатором Яном Гусом.
В 1520 году Лютер публично сжег во дворе Виттенбергского университета папскую буллу об отлучении его от церкви. В том же году в обращении «К христианскому дворянству немецкой нации» он объявил, что борьба с папским засильем является делом всей немецкой нации.
В 1520–1521 годах Лютер стал отходить от первоначально занятой им радикальной позиции, уточнив, что христианскую свободу следует понимать лишь в смысле духовной свободы, с которой телесная несвобода вполне совместима.
От преследования по Вормсскому эдикту 1521 году Лютер искал защиты у князей, укрывшись у курфюрста Фридриха Саксонского. С этого времени начинаются резкие выступления Лютера против радикально-бюргерских направлений Реформации и против массовых народных выступлений. Лютер указывал, что светская власть обязана охранять существующий общественный порядок силой меча. Например, во время Крестьянской войны 1524–1526 годов он требовал расправы над восставшими крестьянами и восстановления крепостного состояния. Лютер не был безупречен. Хотя сам он выступал против религиозной власти, он был совершенно нетерпимым по отношению к людям, которые расходились с ним в религиозных воззрениях. Возможно, взятая за образец нетерпимость Лютера частично была причиной того, что религиозные войны были более яростными и кровавыми в Германии, чем, скажем, в Англии. К тому же Лютер был неистовым антисемитом.
В 1520–1521 годах, когда интересы разных примкнувших к Реформации классов стали размежевываться и на политическую арену выступил Томас Мюнцер, показавший новое, народное понимание Реформации, Лютер стал отходить от первоначально занятой им радикальной позиции, уточнив, что христианскую свободу следует понимать лишь в смысле духовной свободы, с которой телесная несвобода (включая крепостное состояние) вполне совместима.
В историю немецкой общественной мысли Лютер вошел и как деятель культуры — как реформатор образования, языка, музыки. Большое значение имел выполненный Лютером перевод на немецкий язык Библии, в котором ему удалось утвердить нормы общенемецкого национального языка. Он не только испытал на себе влияние культуры Возрождения, но в интересах борьбы с папистами стремился использовать народную культуру и многое сделал для ее развития.