В результате напряжённейших боёв на Кубани значительная часть авиации обеих сторон оказалась выбитой, на этом участке фронта наступило временное затишье. На совещании, собранном генералом Вершининым, где присутствовали наиболее отличившиеся лётчики, командный состав и работники штабов ВВС, Покрышкин обнародовал свои тактические наработки, обосновал необходимость патрулирования на высоких скоростях, что шло вразрез с существовавшими требованиями. Здесь же он выступил с критикой старого приказа об обязательном подтверждении сбитых наземными войсками. К счастью, его выступление нашло отклик не только среди присутствовавших лётчиков, но и у командования. Вскоре официальным подтверждением факта победы согласились считать также донесения лётчиков и стрелков — свидетелей воздушного боя.
С августа 1943 г. 16-й гвардейский ИАП участвовал в боях на Миус-фронте, на реке Молочной, над Чёрным морем, над Днепром. 24 августа Покрышкину было присвоено звание дважды Героя Советского Союза. В боях на юге Украины Покрышкин сбил 18 «Юнкерсов» и Ме-109.
В ноябре, используя подвесной бак, Покрышкин ведёт поиск и уничтожение противника на воздушных коммуникациях над Чёрным морем. В четырёх «охотах» он сбивает 5 Ю-52.
В начале февраля 1944 г. гвардии подполковника Покрышкина вызвали в Москву в отдел кадров ВВС, где его поздравили с назначением начальником отдела боевой подготовки истребительной авиации. Он отказывался, не помогали ни уговоры, ни попытки соблазнить его московским генеральством. В конце марта Александру Ивановичу предложили стать командиром маршальского 176-го ИАП, но он рвался к своим, в Черниговку. Лишь в апреле его отпустили, а через несколько дней его ознакомили с приказом, которым он, Покрышкин, назначался командиром 9-й гвардейской Мариупольской авиадивизии.
В составе 2-го, а затем 1-го Украинских фронтов дивизия участвовала в воздушном сражении под Яссами. Как комдив Покрышкин с пункта наведения руководит воздушными боями, организует взаимодействие самолётов в воздухе и с наземными войсками.
Хотя Покрышкину было запрещено участие в воздушных боях, в 1944 г. он сбил 7 самолётов противника, причём 4 из них в характерном для него, как ни для кого другого, высокорезультативном воздушном бою.
14 января 1945 г., узнав о гибели своего ученика комэска В. Жердёва, Покрышкин атаковал и сбил Ю-87. Затем была работа дивизии с автострады Бреслау—Берлин, где ас и его неизменный ведомый Г.Г. Голубев первыми осуществили посадку на полосу шоссе, более узкую, чем размах крыльев их «Кобр». Свои последние боевые вылеты Покрышкин совершил над Берлином.
Официально Покрышкин провёл более 650 боевых вылетов и 156 воздушных боёв, лично сбил 59 и в группе — 6 самолётов противника.
Герой Советского Союза Г.Г. Голубев, ведомый А.И. Покрышкина, рассказывал автору, что на его глазах в последний год войны Покрышкин одержал не менее 5 личных побед, не записанных на его боевой счёт, поскольку участие в боях ему было запрещено командованием.
Когда летом 1945 г. А.И. Покрышкину предложили поступить в академию ВВС, он со свойственной ему решимостью отказался и попросил направить его в Военную академию имени М.В. Фрунзе, где он мог получить более широкие знания. Академию ас окончил в 1948 г. с золотой медалью.
Незадолго до этого произошло событие, повлиявшее на карьеру Покрышкина. Однажды его вызвали на беседу к командующему авиацией МВО Василию Иосифовичу Сталину. Прождав в его приёмной около часа, Александр Иванович, со свойственной ему решимостью, уехал и навсегда лишился расположения этого неуравновешенного человека, хотя и неплохого лётчика и командира.
После окончания академии Покрышкин был назначен заместителем командира корпуса в Ржев.
В 1953 г. А.И. Покрышкин получил генеральское звание и через год был назначен в Ростов-на-Дону заместителем командующего воздушной армией.
Окончив с отличием Академию Генштаба, он стал командующим 8-й отдельной армией ПВО и пробыл в этой должности 10 лет. И во время учёбы в академии, и позднее, до 1963 г., Александр Иванович летал практически на всех типах советских истребителей.
Александр Иванович Покрышкин автор нескольких книг. В начале 1960-х он защитил диссертацию по применению сетевого планирования в войсках ПВО.
В августе 1968 г. он был назначен заместителем Главкома ПВО страны. Отношения с командующим — маршалом Батицким не сложились, и его служба в этой должности была особенно сложной. Когда представилась возможность, он решительно перешёл на работу в ДОСААФ, на должность председателя общества, и с энтузиазмом занялся военно-патриотической работой.
В своей жизни Александр Иванович с честью выдержал испытание медными трубами и сполна хлебнул горечи их оборотной стороны — зависти чиновников к славе народного Героя. Здесь и ПВО вместо ВВС, и задержанные на десять лет генеральские звёзды. Он был заслуженным военным лётчиком Франции, но так и не стал, как не стал Кожедуб, заслуженным военным лётчиком СССР…
В декабре 1972 г. Покрышкину присвоили звание маршала авиации.