Шестью неделями позже император двинул войско на Голконду, к ближайшему ее городу Хайдарабаду, знаменитому своим богатством и развращенностью: в городе было двадцать тысяч зарегистрированных проституток, избранная часть которых каждую неделю в священный для мусульман день пятницы плясала перед королем на площади. Хайдарабад был захвачен и разграблен сыном Аурангзеба Муаззамом в 1685 году, но король Голконды теперь, как и тогда, укрылся в стенах практически неприступной крепости в пяти милях от города. Именно эту большую и хорошо защищенную высокими стенами крепость начал осаждать Аурангзеб, но крепость оправдала свою репутацию, и в течение восьми месяцев армия императора терпела немалые мучения в сезон дождей, не добившись успеха осады. Наконец, в сентябре 1687 года подкуп открыл ворота крепости, и моголы вошли в нее. Предыдущие кампании против Голконды заканчивались мирными договорами, в результате которых представители династии Кутб Шахи присягали на верность империи. На сей раз Аурангзеб не дал им такой возможности. Правители Голконды и Биджапура стали узниками, их династии были лишены наследственных прав, а земли присоединены к империи Великих Моголов.
Ниспровержение третьего врага Аурангзеба оказалось куда более простым. Шамбхуджи, ни в малой мере не унаследовавший военный гений своего отца, был самым позорным для него образом захвачен небольшим отрядом моголов в то время, как он развлекался с кучкой приспешников в городе Сангамешваре. Он был провезен на верблюде по лагерю Аурангзеба, одетый в костюм шута и в колпаке с колокольчиками, но оказался равен отцу в смелости и стойкости, отказавшись открыть, где находится семейная казна, и выдать офицеров из армии моголов, с которыми находился в тайной переписке. После двухнедельных пыток, во время которых он осыпал Аурангзеба отборной руганью, его разрубили на куски, и каждую отрубленную часть тела тут же бросали на съедение псам.
Таким образом, к 1689 году Аурангзеб торжествовал победу, а империя Великих Моголов достигла размеров, каких еще не имела в прошлом и какие ей не суждено было иметь в будущем. Однако за ее пределами возник новый дух сопротивления, семена которого были посеяны Шиваджи, и дух этот нельзя было подавить отдельными победами или физическим уничтожением отдельных вождей. Типичным его проявлением можно считать случай, когда молодой царевич из княжества Бундельханд по имени Чхатра Сал дезертировал в 1670 году из армии моголов и предложил свои услуги маратхам. Шиваджи посоветовал ему вернуться в родное княжество и поднять восстание, которое отвлекло бы и ослабило Моголов. Кстати сказать, смерть Шамбхуджи не сломила сопротивление маратхов, но лишь вынужденно разделила их на отдельные отряды под водительством своего военачальника каждый.
Тем не менее Аурангзеб твердо решил, со все возрастающим упорством, удержать за собой огромную территорию, которую он успешно завоевал. Последние годы жизни он провел в не имеющих особого смысла осадах сравнительно малых горных крепостей. Раньше или позже каждая из них сдавалась, но почти неизменно ценой подкупа либо хитрой уловки – в последней четверти столетия лишь одна из них была завоевана Аурангзебом в результате штурма, – но едва император шел походом на следующую, как маратхи возвращались в предыдущую. Аурангзеб, сохранявший солдатскую стойкость даже на девятом десятке, был похож на старого медведя, облепленного неотвязными пчелами; и он сам, и его армия терпели тяжкие муки. Местность, по которой они передвигались сами и тащили тяжелые орудия, была описана одним из современных авторов как «настоящий ад», где «каждый холм возносился к небу, а джунгли представляли собой непроходимые заросли деревьев и кустов», но воздействие такого количества людей на ландшафт было несомненно разрушительным. Согласно официальным записям количество боевой силы могольской армии составляло сто семьдесят тысяч человек, не считая тех, кто не участвовал в сражениях, и необходимой для любой армии обслуги. В целом в лагере Аурангзеба находилось примерно полмиллиона человек, и такое количество лишних ртов делало невозможной систему нормальной торговли и нормального снабжения. Вдобавок к бессмысленности всего предприятия могольские вспомогательные армии, осаждавшие ту или иную крепость в отсутствие самого императора, вскоре открыли наиболее легкий и приятный способ существования, а именно взаимопонимание с врагами. Раджа Рам, младший брат Шамбхуджи, укрылся в великолепной крепости Джинджи на юго-западе от Мадраса. Армия Моголов расположилась под стенами крепости и обитала таким образом семь лет, не озабоченная успехами осады, по обоюдному согласию с осажденными. И когда Аурангзеб наконец потребовал результатов, командующий моголов обеспечил своему приятелю бегство до того, как крепость пала.