Это смещение произошло во время его визита в Агру летом 1644 года, куда он приехал навестить свою старшую сестру Джаханару, которая играла роль первой дамы в государстве после смерти в 1631 году ее матери Мумтаз Махал. Однако в марте 1644 года она едва не погибла, когда на ней от пламени свечи вспыхнуло легкое муслиновое платье. Служанки, которые бросились на нее, чтобы сбить пламя, скончались от ожогов, а Джаханара оставалась на волосок от смерти в течение четырех месяцев, во время которых Шах Джахан появлялся на ежедневном дурбаре в дивани ам лишь на самое короткое время, а остальные часы проводил в молитвах у постели больной. Ее братья удалились с занимаемых должностей, чтобы тоже быть возле нее, и в этой обстановке всеобщей заботы Аурангзеб был смещен и унижен. Но к осени все уладилось. В конце ноября в большом дворце состоялся пышный праздник по случаю выздоровления Джаханары, и во время широкой раздачи наград, даров и чинов Аурангзеб был восстановлен в своей должности.
Причиной столь внезапного смещения Аурангзеба, вероятно, была ожесточенная вражда между ним и его старшим братом Дарой Шукохом, ключевой фактор последних лет правления Шах Джахана, который тогда проявился впервые. Подобный конфликт между двумя самыми одаренными и честолюбивыми царевичами, вероятно, был неизбежен, но он подогревался и политикой Шах Джахана, получившего в свое время тяжелый исторический урок на собственном опыте во время правления Джахангира. Будучи сам любимым царевичем, восставшим против собственного отца, он прежде всего решил обезопасить себя от бунта своего любимого сына Дары Шукоха; Шах Джахан восстал, находясь вдали от двора, когда понял, что над ним собирается гроза, спровоцированная теми, кто обладал большим влиянием на его отца и настраивал императора против сына. Именно поэтому он и принял решение держать Дару Шукоха почти постоянно при себе, баловать его родительской лаской, роскошью и почестями в культурной и безопасной обстановке имперского двора. На основании опыта, полученного в молодости, Шах Джихану следовало бы прийти к иному – и неизбежному – умозаключению, что царевич, отправленный в далекие края приобретать умение командовать и сражаться, становится способным вернуться в столицу во главе сильной армии и захватить трон. Не Дара Шукох, увлеченный своими книгами в Агре, а нелюбимый Аурангзеб, воюющий в Декане, мог пойти по стопам отца и повторить успех Шах Джахана.
Между тем пока все складывалось в пользу Дары Шукоха, и, скорее всего, протесты Аурангзеба против влияния брата и привели его к смещению летом 1644 года. После снятия с него опалы по случаю выздоровления Джаханары Аурангзеб был назначен в начале 1645 года правителем Гуджарата, и установленный им твердый порядок в этой беспокойной провинции произвел такое благоприятное впечатление на Шах Джахана, что тот в конце 1646 года поручил сыну провести кампанию в далекой Трансоксиане, незадолго до этого проваленную младшим братом Аурангзеба Мура-дом Бахшем. Шах Джахан, увлеченный читатель «Бабур-наме», грезил, как и вся династия, далеким и труднодоступным Самаркандом, и местные возмущения в Трансоксиане пробудили в нем надежду войти в город и преуспеть в том, в чем в свое время не преуспел Бабур. То была тщетная и дорогостоящая надежда. Весной 1646 года двадцатидвухлетний Мурад Бахш повел пятидесятитысячную армию в Бадахшан, находящийся в двухстах милях к северо-востоку от Кабула, однако после успешной летней кампании и он сам, и его армия захотели вернуться в более благоприятный в зимнее время климат Индии, так и не достигнув своей цели – Самарканда. Примерно то же, только в обратном направлении, случилось столетием раньше с войском Бабура, потребовавшим ухода от жаркого индийского лета в прохладный Кабул. Когда Шах Джахан приказал сыну оставаться в Бадахшане, тот бросил свою армию и уехал один в Лахор. По этому поводу император лишил Мурада его поста, запретил появляться при дворе и назначил Аурангзеба командующим брошенной армией. Тот добрался в Бадахшан весной 1647 года. Еще одно лето прошло в тяжелых сражениях, но армия моголов не добилась долговременных успехов в борьбе с партизанской тактикой узбеков, хотя именно в это лето Аурангзеб сделал наиболее памятный вклад в свою будущую репутацию набожного и отважного человека; час вечерней молитвы пришелся на то время, когда битва была в разгаре, и царевич спокойно расстелил свой молитвенный коврик и опустился на колени, безоружный, в самой гуще сражения. Осенью, почти слишком поздно, он увел армию к Кабулу через снежные перевалы Гиндукуша, потеряв по пути много людей и животных. Двухгодичная кампания стоила Моголам огромных средств и почти ничего не принесла. То была последняя и самая высокая дань магии Самарканда и первое из серьезных поражений Шах Джахана как императора.