В 1918 году монастырь был закрыт, некоторое время здесь находился музей. Насельники продолжали жить при монастыре, образовав сельхозартель. 6 марта 1922 году, при попытке местных властей изъять монастырские ценности, у ворот монастыря начались крестьянские волнения. На следующий день из Калуги и Боровска прибыли отряды ГПУ, которые стали производить аресты. В 1923 году Пафнутьев Боровский монастырь был окончательно закрыт, братия разогнана, монастырские иконы, утварь и другие ценности частью переданы в музеи, частью расхищены. Иконы XVI в. иконостаса храма великомученицы Ирины использовались для изготовления клеток для кроликов. В помещениях монастыря была размещена исправительная колония. В 1930 году был снесен храм в честь Всех святых, а в 1932 году с монастырской колокольни сброшен и разбит один из древнейших колоколов, отлитый в 1488 году.
После Великой Отечественной войны в монастыре разместились Историко-художественный музей и школа трактористов и механизаторов, которая в 1954 году была преобразована в заочный сельскохозяйственный техникум. В ночь на 14 мая 1954 года, в день памяти преподобного Пафнутия Боровского, обрушился центральный купол собора Рождества Богородицы. После этого в монастыре начались реставрационные работы, что спасло его от дальнейшего разрушения, поскольку многие из них были в аварийном состоянии. В результате внешний облик Свято-Пафнутьева Боровского монастыря сохранился до 90-х годов, когда в нем снова начала возрождаться монашеская жизнь.
В 1991 году монастырь был возвращен церкви. Его здания передавались постепенно, по мере передачи шло их восстановление. В настоящее время полностью восстановлено 5 храмов: собор в честь Рождества Пресвятой Богородицы, в притворе которого устроен и освящен в марте 1997 года придел преподобного Пафнутия Боровского; храм великомученицы Ирины; храм Рождества Христова при Трапезной палате; больничный храм Пророка Илии; храм святителя Митрофана, Патриарха Цареградского.
С 2000 года при монастыре действует детская воскресная школа, кроме того, братия преподает основы православного вероучения в общеобразовательной школе села Рябушки. Собрана монастырская библиотека и действует читальный зал, с 1998 года еженедельно издается «Вестник Боровского монастыря». Летом здесь организуются лагеря для детей-инвалидов, проводятся многочисленные экскурсии. В нескольких метрах от монастыря находится святой источник преподобного Пафнутия Боровского, над которым построена купальня.
Ежегодно 14 мая, в день памяти преподобного Пафнутия из Благовещенского собора города Боровска в обитель совершается Крестный ход.
В монастыре хранятся следующие святыни: святые мощи преподобного Пафнутия, а также имеются частицы мощей преподобного Нила Столобенского, благоверной княгини Анны Новгородской, мученика бессеребренника Иоанна, преподобного Феофила, благоверной княгини Анны Кашинской, святителя Тихона, Патриарха Московского, преподобного Симеона Верхотурского, святителя Луки Одесского, преподобномученицы Елисаветы, преподобного Серафима Саровского, преподобных Старцев Оптинских. Особо чтимой является древняя икона Рождества Пресвятой Богородицы.
Спаса Нерукотворного пустынь. Мужской монастырь
История основания монастыря берет свое начало в 1924 году, когда после разорения Свято-Введенской Оптиной пустыни часть братии во главе с казначеем игуменом Пантелеимоном (Аржаных) поселилась в селе Клыкове Козельского района. Центром духовной жизни этой общины стал местный храм в честь Спаса Нерукотворного.
По преданию, во время свирепствовавшей холерной эпидемии в 1830 году в этом селе, образ Спасителя из села Курынич был принесен в Клыково. С крестным ходом обнесен был Курыничский образ Спасителя вокруг села, и холера, дотоле поглотившая немало жертв, постепенно стала ослабевать, а к 16 августа и совсем прекратилась. В благодарность Спасителю был воздвигнут каменный храм в селе Клыково помещиком Александром Федоровичем Полторацким вместо деревянного ветхого в честь святителя Николая. Новый храм был по желанию Полторацкого посвящен в честь Господа Иисуса Христа, Нерукотворного Его образа.
Церковь была каменная, теплая, с каменной колокольней, которая стояла отдельно. Ограды не было. Престолов было четыре: во имя Спаса Нерукотворного, во имя святителя Николая Чудотворца, в честь Покрова Пресвятой Богородицы, в честь Казанской иконы Божией Матери.
В 1937 году храм был закрыт, а игумен Пантелеимон был арестован и расстрелян. Колокольня была разобрана в 1930 году.