Поворотным в истории монастыря стал 1764 год, когда в результате церковной реформы обитель лишилась основных земельных и рыболовных угодий, за ней оставлена лишь небольшая часть. Причислен монастырь был к третьему классу и стал получать ежегодное денежное содержание от государства.
В 1921 году монастырь был ликвидирован, его здания были переданы детскому дому, который занимал их до 1929 года, а после этого строения монастыря пустовали. В 1932–1936 годы здесь размещался Восточно-Сибирский санаторий юных пионеров, а затем, до 1938 года, помещалась детская психоколония облздрава и в дальнейшем открыто подобное же спецучреждение для взрослых, существующее по настоящее время.
После ликвидации монастыря монастырские постройки и исторический комплекс в целом претерпели значительные утраты. В последние годы некоторые из строений не использовались вообще (Никольская церковь, западная башня ограды и др.) или занимались лишь частично (Троицкий собор и др.), а какая-то их часть представляет из себя руины. На территории монастыря имеются также построенные в последние десятилетия, а также заброшенные и недостроенные капитальные здания. Большая часть территории предельно захламлена, действующий въезд только один – через арку надвратной церкви в южной стене, другой же ранее существовавший въезд в северной стене в настоящее время не используется и заброшен.
С 1998 года по заказу Научно-производственного центра охраны памятников Минкультуры Бурятии и Благочиния бурятского округа Читинской и Забайкальской епархии в связи с подготовляемой передачей бывшего монастыря в ведение благочиния ведется поэтапное инженерное обследование сохранившейся каменной ограды, Никольской церкви, Троицкого собора, дома настоятеля и других прежних строений.
Ныне монастырь начинает возрождаться.
Спасо-Геннадиев мужской монастырь
До 1647 года он назывался Новой Корнилиевой пустынью и до 1787 года находился в Костромской губернии. Монастырь находится в 26 верстах от города Любима, на восточном берегу Сурского, или Сурбского, озера, близ двух рек Обноры и Костромы. Монастырь основан преподобным Геннадием, учеником преподобного Корнилия, по желанию Великого князя Василия Ивановича в 1529 году. Поначалу здесь была только одна келья, в которой некоторое время жили затворниками преподобные Корнилий и Геннадий после того, как удалились из Комельской пустыни. Здесь были бортные леса, принадлежащие великокняжеским крестьянам. Простые люди, посещая свои леса, заметили святых отшельников, полюбили их, построили им кельи и делились с ними хлебом и медом. Так продолжалось до 1529 года, когда Великий князь Василий Иванович с супругой по дороге в белоозерский монастырь заехал в Комельскую пустынь и не нашел там преподобного Корнилия. Он тот час послал за ним и упросил снова стать игуменом, а преподобному Геннадию позволил устроить монастырь во вновь заведенной подвижниками пустыне на берегу Сурского озера. Геннадий, своими руками очистив место на берегу, осушив это место четырьмя прудами и колодцем, при помощи новой братии воздвиг деревянный храм Преображения Господня, к которому впоследствии пристроили другой – теплый в честь преподобного Сергия Радонежского. Так основалась обитель Спасо-Геннадиевская. Преподобный Геннадий преставился после болезни в 1565 году. В 1644 году при разборке старого деревянного храма произошло обретение мощей преподобного Геннадия. Прославленные целебной силой мощи долго почивали в Преображенском храме открыто, но потом по неизвестным причинам и неизвестно когда сокрыты под спуд. В те годы состоялось прославление преподобного Геннадия.
К середине XIX в. на территории монастыря были следующие здания.
Посреди монастыря соборный храм Преображения Господня, построенный в 1647 году, вместо второго, деревянного, сгоревшего в 1639 году. На правой стороне алтаря, на месте диаконика, установлен придел Благовещения Пресвятой Богородицы. Арка пробита к клиросу следующего за ней придела в честь преподобного Сергия Радонежского. Придел этот пристроен к правой стороне соборного храма в 1843 году, в память издавна пристроенного к этому же храму такого же придела еще самим преподобным Геннадием.
Ко входу соборного храма с западной стороны пристроен в 1805 году теплый пятиглавый храм. В нем два придела: первый с правой стороны в честь преподобного Геннадия. Второй придел с левой стороны, в честь преподобного Корнилия Комельского.
На юго-восток от соборного храма находится отдельно стоящий храм в честь Алексия, человека Божия, каменный, построенный вместо деревянного в 1751 году, над прежними монастырскими воротами, которые уже давно заложены, а на место их под церковью сделана монастырская хлебная кладовая.