В конце жизни матушка Александра стала устраивать общину, чтобы вполне исполнить указание Божией Матери. В 1788 году местная помещица, услышав об обители, пожертвовала ей полдесятины своей усадебной земли. Преподобная Александра построила на этой земле три кельи с общей оградой. Одну заняла сама, в другой пригласила жить трех послушниц, а третью предоставила для паломников, идущих в Саров. Жила община по строгому Саровскому уставу. Наставником сестер был саровский старец Пахомий. Пища привозилась один раз в сутки с саровской трапезы. Сестры шили и вязали для саровской братии, вели жизнь нестяжательную, в трудах и молитвах.
В 1789 году матушка заболела и по ее желанию была пострижена в схиму. Через несколько дней ее навестили Саровский строитель иеромонах Пахомий с двумя монахами, бывшие в Дивееве проездом. Получив извещение от Господа о скорой кончине, она умоляла отцов-подвижников попещись об обители, обетованной ей Царицей Небесной. Ссылаясь на свой преклонный возраст, строитель Пахомий указал ей на молодого иеродиакона Серафима, известного своей духовностью. Матушка Александра просила отца Серафима заботиться об обители, как Сама Царица Небесная изволит его на то наставить. В 1793 году отец Серафим был рукоположен в сан иеромонаха. Вскоре после кончины старца Пахомия подвижник удалился в Саровский лес.
Пройдя пустынножительство, невинное страдание, столпничество (моление на камне), молчальничество и затвор, преподобный Серафим в 1825 году по благословению Царицы Небесной вышел на служение людям.
Казанская община, основанная матушкой Александрой, к этому времени разрослась: число сестер в ней достигло 50 человек. Строгий устав, скудная пища, принимаемая раз в день, тяжелые работы и ежечасное молитвенное правило были не под силу многим из поступавших в обитель сестер (принимались и девицы, и жены, и вдовы). Батюшка Серафим просил настоятельницу смягчить строгость устава, но она не согласилась.
Вскоре в Саровском лесу было Батюшке видение Царицы Небесной, давшей ему заповедь об основании в Дивееве особенной девичьей общинки. В декабре 1826 году состоялась закладка мельницы на месте, указанном преподобному Серафиму Царицей Небесной. Новая общинка стала называться Мельничной. Сестры должны были вести строгую жизнь и кроме духовных подвигов заниматься физическими трудами.
После смерти батюшки Серафима Мельничная девичья обитель самостоятельно просуществовала всего десять лет. В мирную жизнь сестер двух общин – Мельничной и Казанской – самовольно стал вмешиваться саровский послушник Иван Тихонов (впоследствии иеромонах Иоасаф). Батюшка Серафим при жизни запрещал ему это, но честолюбивый послушник в мечтах видел себя попечителем и духовником обители.
В 1842 году Иван Тихонов выхлопотал указ об объединении двух общин. 29 лет продолжалась смута, результатом которой стали нищета и долги: в обители нечем было даже замесить хлеба, а главное – разладилась духовная жизнь. Смута завершилась после личного вмешательства государя Александра II и Святейшего Синода в 1862 году, когда община была возведена в монастырь и была назначена игумения.
В 1927 году на праздник Рождества Богородицы начался разгон монастыря. В недельный срок монастырь (трудовую артель) закрыли. Большинство сестер рассеялось по округе, некоторые уехали домой.
Молитвенная дивеевская жизнь не прекращалась все эти годы ни на один день. Сестры тайно собирались на молитву, правила не оставляли. До закрытия (1937 год) ежедневно ходили на службу в Казанскую церковь. Многих арестовывали и ссылали в лагеря. В рассеянии монастырь просуществовал до конца 40-х гг. Сроки заключения и ссылок заканчивались, и сестры снова постепенно собирались вокруг обители, устраивались на работу. Наступали хрущевские гонения. Службы и требы совершались тайно по домам заезжими священниками. По благословению Святейшего Патриарха Пимена были и постриги.
Возрождение в Дивееве церковной жизни началось в 1988 году, когда верующим разрешили купить дом над Казанским источником и перестроить его для церкви. В апреле 1989 года освятили деревянную церковь в честь Казанской иконы Божией Матери. Затем в апреле 1990 года был вновь освящен Троицкий собор.
21 июля 1991 года было объявлено решение Священного Синода о возобновлении Серафимо-Дивеевского монастыря. 29 июля в Дивеево торжественно прибыли святые мощи преподобного Серафима Саровского, обретенные в Санкт-Петербурге в Казанском соборе, бывшем тогда музеем атеизма и религии.