Однако после секуляризации монастырских земель Екатериной II (1764 год) для процветающей обители наступили времена бедности и запустения. Печерский монастырь при составлении духовных штатов был включен в первый класс, степенью седьмым. Вместо вотчин и земель монастырю, как и прочим первоклассным, было определено жалование в 2017 рублей 50 копеек в год и, дополнительно, «по особому благоволению императрицы», по 300 рублей в год. Этих средств для содержания монастыря было явно недостаточно. Монастырские строения ветшали, не обновляясь длительное время. Лишь стараниями и молитвами оставшейся братии, весьма малочисленной, да пожертвованиями нижегородцев храмы и иные постройки в обители сохранились от полного разрушения.
Только с середины XIX в. обитель стала постепенно возрождаться, а число братии росло. С этого времени настоятелями монастыря назначаются правящие архиереи – Нижегородские и Арзамасские, а с 1866 года – епископы Балахнинские, викарии Нижегородской епархии.
В 1888 году при Печерском монастыре открыто было Свято-Владимирское духовное училище для мальчиков из бедных семей священнослужителей.
Славилась обитель и своей благотворительностью. В годы Первой мировой войны Печерский монастырь содержал у себя девяносто пять беженцев из западной части России. В иноческих кельях был обустроен лазарет для воинов-инвалидов.
После 1917 года монастырь разделил участь большинства православных святынь – был закрыт. В 1925 году он со всеми постройками и землей был передан в ведение Губмузея. Организация эта по своим функциям была призвана охранять исторические и культурные ценности, однако в отношении монастыря произошло обратное: ризница была разграблена, здания стали использоваться под жилье и различные хозяйственные нужды. В 1931 году сотрудники Губмузея сдали на переплавку девять уникальных монастырских колоколов и все кованые ограды и кресты с монастырского погоста. В Вознесенском соборе расположилась столярная мастерская артели «Маяк», а в подвалах сделали овощехранилище. Успенская церковь была занята под архив, в архимандритском корпусе расположился кинотеатр «Колхозник», а братские корпуса и даже башни были приспособлены под жилые квартиры.
Только в 1960 году советские власти присвоили ему статус памятника архитектуры республиканского значения. Работы по реставрации начались после перевода сюда в 1971 году Горьковской специальной научно-реставрационной мастерской, трудами коллектива которой были частично восстановлены Вознесенский собор, Успенская церковь, архиерейский корпус, стены и башни.
В 1994 году монастырь был возвращен Русской Православной Церкви. Первым храмом, который был освящен вновь, стала надвратная церковь во имя преподобного Евфимия Суздальского. В ноябре 1999 года был освящен престол в теплом храме в честь святого апостола Петра и Павла, при братском корпусе, где в дальнейшем совершались богослужения.
В престольный праздник Вознесения Господня в 2000 года состоялось освящение главного Вознесенского собора. Осенью того же года на колокольню был поднят вновь отлитый колокол, изготовленный в городе Сарове (точная копия сохранившегося в Суздальском музее-заповеднике старинного колокола, пожертвованного в XVI в. Печерскому монастырю государем Иваном Грозным). В монастырском соборе находятся в ковчегах частицы мощей святого преподобного Симеона Верхотурского, святой блаженной старицы Матроны Московской и ряда других святых угодников Божиих.
Всего за три года были отремонтированы игуменский и келейные корпуса, открыта иконно-книжная лавка. Осуществляется восстановление внутреннего убранства главного Вознесенского собора, ведутся работы по росписи монастырской трапезной. На колокольне зазвучали новые колокола, отлитые по благословению наместника монастыря в городе Каменск-Уральске.
Свято-Успенская Саровская пустынь. Мужской монастырь
Летописи свидетельствуют, что первым монахом-отшельником, избравшим Саровскую гору для подвижнической жизни, был пензенский монах Феодосий, пришедший на Старое городище в 1664 году. Продолжателем его подвигов через два десятилетия стал молодой инок Арзамасского Введенского монастыря Исаакий, впоследствии в схиме Иоанн. Он обладал хорошими организаторскими и хозяйственными способностями, был начитан, красноречив и владел даром убеждения. К 1700 году Иоанн сумел организовать совместное житие монахов, пожелавших остаться на Саровской горе. Первые монахи селились самостоятельно, и их поселение не имело какого-либо статуса. К 1706 году Иоанн добивается разрешения Петра I и благословения местоблюстителя Патриаршего престола митрополита Стефана Яворского на устройство монастыря и на строительство церкви во имя Пресвятой Богородицы и Ее Живоносного Источника. В мае 1706 года началось строительство церкви, а уже 16 июня того же года первый храм Саровской Пустыни был освящен. Эта дата считается днем основания Саровского монастыря.