16 сентября 1970 года король Хусейн объявил в стране военное положение. В тот же день Арафат стал главнокомандующим «Армией освобождения Палестины», военного крыла ООП. Началась гражданская война. В течение полутора десятилетий Ясир Арафат отдавал приказы, в результате исполнения которых погибли тысячи людей.
В 1972 году члены группировки «Чёрный сентябрь» захватили 11 израильских спортсменов на Олимпийских играх в Мюнхене и при попытке освобождения уничтожили всех заложников. Это преступление вызвало осуждение всей мировой общественности; Арафат публично заявил о непричастности ООП к нападениям такого рода. В 1974 году ООП продолжала наносить удары по мирному населению Израиля.
В конце 1970-х годов возникли многочисленные левые палестинские организации, наносившие удары по гражданским целям как в самом Израиле, так и за его пределами; многие из них не входили в ООП или вышли из её состава. Арафат отрицал свою причастность к терактам.
В то же время он предлагал вести переговоры с политическим крылом ООП, большинство которого создавало у европейцев и американцев впечатление умеренных, цивилизованных, европейски образованных людей, трезвых политиков, согласных сесть за стол переговоров.
В 1974 году была принята новая политическая программа ООП, которая призывала бороться за создание палестинского государства «не вместо, а наряду с Израилем», то есть на территории Западного берега реки Иордан и в секторе Газа. После этого ООП признали более ста государств, а её лидер стал центральной фигурой на ближневосточной политической сцене.
В результате принятия программы, предусматривающей готовность признать Израиль, а также пользуясь широкой мировой поддержкой борьбы палестинцев за создание своего государства, Арафат становится первым представителем неправительственной организации, выступившим на пленарной сессии Генеральной Ассамблеи ООН. 13 ноября 1974 года он произносит с трибуны Генеральной Ассамблеи ООН историческую фразу, обращенную к Израилю: «Я пришёл к вам с оливковой ветвью в одной руке и оружием борца за свободу в другой. Не дайте оливковой ветви выпасть из моей руки».
ООН признала ООП «единственным законным представителем палестинского народа».
В 1976 году ООП стала членом Лиги арабских государств.
В 1975 году в Ливане разгорается гражданская война, позволившая палестинскому командованию взять под контроль весь юг страны.
Подразделения ООП стали одной из сторон в многолетней гражданской войне. В качестве своих союзников в гражданской войне Арафат и ООП выбрали вооружённые отряды, состоявшие из боевиков различных мусульманских и левых партий и группировок.
Арафат подвергался нападениям со всех сторон – за ним охотились Израиль, ливанские христиане-марониты, их вооружённые отряды фалангистов, и даже президент Сирии Хафез Асад, который натравливал просирийские палестинские группировки на ООП.
Израиль, взаимодействуя с ливанскими христианами, провёл две военных операции на территории Ливана против палестинцев.
В ходе этого вторжения июле 1982 года израильские войска вошли в Бейрут и осадили силы ООП и её союзников в Западном Бейруте. Город подвергался бомбардировкам и артиллерийским обстрелам, что приводило к сотням жертв. Ситуация вызвала высокую озабоченность в мире, что привело к договорённостям между силами ООП и Израилем при американском и европейском посредничестве. Арафат и силы ООП покинули Бейрут под наблюдением международных вооруженных сил, а Израиль обязался не продолжать наступление в Ливане. Следующей страной, предоставившей убежище ООП, стал Тунис. С сентября 1982 года до 1993 года штаб-квартира ООП была размещена там.
В 1980-е годы с помощью арабских государств (Ирака и Саудовской Аравии) Арафату удалось воссоздать движение палестинского сопротивления в изгнании.
В декабре 1987 года, когда началось первое стихийное палестинское восстание против израильской оккупации (интифада), Арафат уже через несколько недель взял на себя руководство восстанием, и акции гражданского неповиновения на Западном берегу Иордана смогли продолжаться во многом лишь благодаря поддержке ФАТХ.
15 ноября 1988 года ООП провозгласила независимое Государство Палестина – правительство палестинцев в изгнании, заявившее свои права на всю территорию Палестины, какой она была установлена британским мандатом на Палестину, и отвергшее идею разделения Палестины на арабское и еврейское государства.