В октябре 1510 г. Албукерки решил вновь отправиться в Гоа, на этот раз с более крупными силами. Для поддержки он собирался привлечь торговые корабли, пришедшие из Португалии специально за пряностями. На военном совете, обсуждавшем этот вопрос, присутствовало 16 человек, в том числе Магеллан. Его участие в совете говорило о том, что он вошел в круг лиц, с которыми считался вице-король. Мнения участников совета разошлись; многие из них, включая Магеллана, были против привлечения торговых кораблей к походу. Как свидетельствует протокол совета, Магеллан заявил, что для отправки торговых кораблей в обратный путь, к Восточной Африке, конец года — благоприятное время, и, упустив его, коммерсанты понесут чувствительные убытки. Албукерки в конце концов вышел в поход без торговых кораблей, что не помешало ему взять верх над гоанцами, разграбить и сжечь их город, который затем был вновь отстроен, чтобы стать столицей португальской Индии.
Следующей военной операцией стал захват Малакки, куда Албукерки отправился в середине 1511 г. с 19 кораблями, на одном из которых был Магеллан. Осада города продолжалась полтора месяца. Португальцы получили поддержку жителей немалайских кварталов Малакки — китайцев и яванцев, недовольных поборами султана. Китайцы были испытанными воинами в рукопашном бою, яванцы превосходно стреляли отравленными стрелами из духовых ружей. Когда Албукерки одержал победу, китайские и яванские союзники стали не нужны. Их изгнали из Малакки, причем руководителя яванцев казнили.
В Лиссабоне широко отмечали успехи португальского оружия на Востоке. В Рим было отправлено с богатыми восточными дарами посольство во главе с Тристаном да Кунья (его именем названы острова в Южной Атлантике). При огромном стечении народа папа отслужил благодарственный молебен. Присланный по этому случаю из Лиссабона слон трижды становился на колени перед наместником Бога на земле.
Сведения о том, что делал Магеллан после захвата Малакки до 1514 г., противоречивы. Часть историков XVI–XVII вв. писала, что он был в составе экспедиции, направленной Албукерки к Молуккским островам из Малакки сразу после ее захвата. Достоверно лишь то, что в этой экспедиции одним из кораблей командовал его Круг Серран, тот самый, которого он спас от малайцев, напавших на спутников Секейры. Оставив военную службу и занявшись торговлей, Магеллан мог уйти в плавание к Молуккам на свой страх и риск. Если это так, то, начиная с 1505 г. и до своей смерти в 1521 г., он пересек все меридианы западного и восточного полушарий, впервые в истории объехал вокруг света, правда, не за одно плавание.
Архивные документы свидетельствуют, что в 1514 г., покинув Индию, Магеллан провел десять месяцев в Марокко. Экспедиция, в которой он там участвовал, захватила город Аземмур, в приатлантической низменности, к юго-западу от современной Касабланки. Мавры Аземмура, торгового центра на побережье, куда шли караваны из Сахары, разрешали португальцам там селиться, но не желали платить им дань, что стало поводом для экспедиции. Теперь мавров разоряли контрибуциями, угоняли их скот. В апреле 1514 г. были разбиты шейхи Феса и Мекнеса, объявившие, что помогут аземмурцам, но пригнавшие с собой такое многочисленное войско, что оно быстро объело все кругом и предпочло отступить, мучаясь голодом. Магеллан не раз участвовал в боях. В одном из столкновений он был ранен в колено, в другом — под ним убили лошадь. За ее гибель он получил небольшое вспомоществование, которое его не устроило. Сохранилось письмо мореплавателя королю с просьбой — о ее последствиях ничего не известно — возместить ущерб полностью.
В 1514 или 1515 г. Мануэл отказал Магеллану в другой, более существенной просьбе. На этот раз речь шла об увеличении мурадии (кормовых денег), которые ему причитались как придворному. Отказ стал причиной, или одной из причин, побудивших Магеллана покинуть Португалию и отправиться в Испанию.
Со своим ходатайством об увеличении мурадии Магеллан прибыл в Лиссабон без разрешения войскового начальства. Возможно, он считал, что после завершения военных действий ему, раненому, можно отправиться в короткий отпуск без особых формальностей. В Лиссабоне ему было объявлено, что он ошибался и что по этой причине его ходатайству не будет дан ход. Более того, ему было сообщено, что он обвинен в расхитительстве, о чем Магеллан слышал еще в Марокко, где ему удалось опровергнуть обвинение.