Ушинский в течение первых трех месяцев своей работы создал новый, детально обоснованный план организации учебной части института. После обсуждения в разных инстанциях план был принят, он должен был быть проведен в жизнь с начала 1860 года. Девятилетний срок обучения был заменен семилетним, причем каждый год учащиеся переходили из класса в класс. Окончившие семь классов могли по желанию обучаться еще в течение двух лет в 8-м дополнительном классе для подготовки к педагогической работе. Учебные планы и программы были переделаны в соответствии с требованиями научной педагогики: впоследствии эти планы послужили основой для учебных планов женских гимназий.
В первую очередь было устранено то нелепое положение, что с первого класса начиналось изучение иностранных языков и не изучался русский язык. Теперь на русский язык было отведено шесть часов в неделю; уроки не сводились к простому разучиванию грамматических правил, но педагог должен был сообщать учащимся ясные и правильные понятия об окружающих предметах, без чего немыслимо правильное развитие устной и письменной речи.
Было увеличено количество уроков по естествознанию. Преподаватель географии не должен был ограничиваться только номенклатурой гор, рек и городов; ему следовало знакомить учащихся с землей, как поприщем человеческой деятельности, с теми влияниями, которые внешняя природа оказывает на развитие человека, и теми изменениями, какие произвел на земле человеческий гений. При изучении литературы ставилась задача знакомить учащихся (вместо прежней схоластической пиитики и риторики) прежде всего с действительной, живой литературой — с образцами всякого рода литературных произведений. Так должны были складываться у учащихся понятия о родах и видах литературных произведений.
В младших классах было введено наглядное преподавание, в старших — организованы кабинеты и лаборатории для занятий. Ко всем преподавателям предъявлялось требование о пробуждении и поднятии активности и самодеятельности учащихся.
Реформируя институт, Ушинский убедился, что придется обновлять педагогический персонал. Он сумел привлечь лучшие преподавательские силы Петербурга. В институте начали работать Модзалевский, Миллер, Косинский, Водовозов, Семенов и другие. Смольный институт быстро вошел в славу и стал считаться образцовым заведением, куда приходили знакомиться с постановкой учебного дела.
В своих воспоминаниях о Смольном институте того времени («На заре жизни») известная писательница Е. Н. Водовозова пишет: «Я воспитывалась в Смольном тогда, когда в него не проникала ни одна человеческая мысль, когда в него не долетал ни один стон, вызываемый человеческими страданиями; при мне в его стенах в качестве инспектора появился Ушинский, что и дало мне возможность представить, как этот величайший русский педагог вместе с введенными им новыми учителями начал подрывать гнилые устои института и водворять в нем новые порядки, всколыхнувшие весь строй стоячего институтского болота, перевернувшие вверх дном все установившиеся в нем понятия о воспитании и образовании».
Ушинскому пришлось резко столкнуться с многими застарелыми предрассудками о жизни заведения.
Ушинский считал, что классные дамы не должны вскрывать и прочитывать писем, получаемых ученицами из дому; что совершенно нецелесообразно заставлять учениц в угоду этикету сидеть во время уроков, несмотря на холод, с обнаженными плечами; что ученицы имеют право и обязанность задавать преподавателям вопросы относительно содержания уроков и т. п. «Если классная дама требует, — писал Ушинский, вспоминая свой опыт в Смольном, — чтобы маленькие дети сидели неподвижно, как куклы, если они не смеют открыть рта, чтобы заговорить с учителем, и если голос учителя бубнит одиноко, как дождь в стекло, то и одного такого часа достаточно, чтобы измучить дитя, и измучить совершенно бесполезно».
Всякое вмешательство педагогически несведущих классных дам в учебную жизнь Ушинский резко обрывал, не щадя ничьего самолюбия.
Весь «женский персонал» института был возмущен неслыханным вмешательством «шального инспектора» в то, что до него «вовсе не касается», — в права воспитательниц, упрочивавшиеся десятилетиями. Была оскорблена и начальница: в один из очередных приездов императрицы Ушинский сам стал докладывать ей о ходе реорганизации института, вместо того чтобы предоставить эту честь согласно установившемуся ритуалу начальнице.
Трудно сказать, чем кончилось бы готовившееся решительное столкновение между Ушинским и всем консервативным, что было в институте. Назревавший конфликт был до этого столкновения разрешен анонимным доносом на Ушинского, обвинявшим его в атеизме и политической неблагонадежности. Донос сделал законоучитель Гречулевич, поддержанный начальницей. За ними стояла вся реакционная часть института, с которой неумолимо воевал Ушинский.