После отпуска Суворов получил в командование войска, расположенные в Коломне, и в ноябре 1776 г. был откомандирован в корпус Прозоровского в Крым. Однако боевые действия с турками не возобновлялись, и Суворова томили безделье и лихорадка. Он даже просил князя Потемкина, с которым был в переписке со времени подавления восстания Пугачева, о переводе в другую дивизию. Прошение не было удовлетворено. Тогда Суворов в июне 1777 г. отправился в отпуск в Полтаву, где проживали его жена с дочерью. По окончании отпуска он переехал в Опошню, где и прожил до зимы. Пребывание здесь ознаменовалось для Суворова крупными семейными неприятностями. Но и Варваре Ивановне приходилось нелегко: она то жила в Опошне, то следовала за своим беспокойным мужем. Бесконечные походы не прошли для нее бесследно: в 1776 и 1777 гг. у нее произошли преждевременные роды, она потеряла двоих детей. В Крыму, в нездоровом климате, 8 месяцев она не вставала с постели из-за лихорадки, а Суворов, занятый своими делами, полгода не видел жену. Молодая красивая женщина поддалась искушению. Летом 1777 г. у нее завязался роман с секунд-майором Петербургского драгунского полка Николаем Суворовым. Внук И. И. Суворова, сводного брата Василия Ивановича, он приходился полководцу внучатым племянником и долгое время пользовался его расположением. Под началом Суворова он служил в Суздальском полку и выказал недюжинную храбрость при осаде Кракова.
Суворов был потрясен, узнав об отношениях между его женой и внучатым племянником. После краткого и бурного объяснения супруги разъехались. В сентябре 1779 г. Суворов подал в Славянскую духовную консисторию прошение о разводе. Он винил жену в том, что она, «презрев закон христианский и страх Божий, предалась неистовым беззакониям явно с двоюродным племянником моим… о каковых ее поступках доказать и уличить могу». Одновременно с этим он определил свою дочь в Смольный институт благородных девиц.
За время отсутствия Суворова дела в Крыму обострились и открылись военные действия. Ему не хотелось возвращаться в Крым, так как отношения его с Прозоровским были крайне неприязненными. Он вторично обратился к Потемкину с просьбой о переводе. На этот раз просьба была уважена: в январе 1778 г. Суворов был назначен начальником войск на Кубани, которыми командовал до 1779 г. За это время он превосходно организовал оборону Крымского полуострова на тот случай, если последует десант со стороны турок. За это же время он устроил выселение из Крыма греческих и армянских обывателей.
В 1779 г. Суворов получил в командование Малороссийскую дивизию. Нет сомнения в том, что сама императрица вмешалась в его ссору с женой (не без участия Потемкина). В 1780 г. состоялась их встреча в Москве, где Суворов получил секретный ордер Потемкина, предписывающий ему немедленно отправиться в Астрахань для подготовки военной экспедиции за Каспий. Вместе с женой он приехал в Астрахань в первой половине февраля 1780 г. Ненадолго во взаимоотношениях супругов воцарился мир и спокойствие. Но уже в марте Варвара Ивановна призналась мужу в том, что некий «ризомаратель» напал на нее и, угрожая двумя пистолетами, овладел ею. Суворов поверил ей и обратился к своему покровителю Турчанинову, требуя наказать виновника, оставшегося потомкам неизвестным. Окончательный разрыв между супругами произошел в 1783 г. Новые подозрения вынудили Суворова обратиться в синод с челобитной. На этот раз он обвинил жену в связи с секунд-майором И. Е. Сырохневым. Суворов расстался с ней навсегда, назначив сначала содержание в 1200 рублей, а затем увеличив его до 3 тысяч рублей. Варвара Ивановна поселилась в Москве, где 4 августа 1784 г. родила сына Аркадия, долгое время не признаваемого Суворовым (впоследствии он признал сына и даже брал его в свои последние походы).
В 1782 г. Суворов получил в командование Кубанский корпус, а после присоединения Крыма к России (1783) ему было поручено покорить ногайских татар, что он и сделал, несмотря на значительные трудности. В 1786 г. он был произведен в генерал-аншефы и назначен начальником Кременчугской дивизии. В начале 2-й турецкой войны 1787—1791 гг. Суворова назначили начальником Кинбурнского корпуса. На него была возложена оборона Черноморского побережья, от устья Буга до Перекопа. Основательность сделанных им распоряжений обернулась блистательной победой под Кинбурном. Однако участие Суворова в осаде Очакова (1788) прекратилось вследствие разногласий с Потемкиным. В 1789 г. Суворов командовал дивизией в армии Репнина и разбил турок при Фокшанах и Рымнике, за что был награжден орденом Святого Георгия 1-й степени и титулом графа Рымникского, а от австрийского императора – титулом графа Священной Римской империи Германской нации.
В декабре 1790 г. Суворов штурмом овладел Измаилом. Этот подвиг из-за усилившихся разногласий с Потемкиным не принес Суворову долгожданного фельдмаршальского жезла. Он был награжден лишь званием подполковника лейб-гвардии Преображенского полка.