В это время в городе появился некто, объявивший себя «антихристом», будораживший умы легковерных людей. В народе было немалое смятение. Отец Иона призвал своих прихожан к молитве о том, чтобы человек этот сам пришел к нему в Церковь. Тот не заставил себя долго ждать. Придя на литургию и растолкав людей, он вошел прямо в алтарь и просил разрешения выйти к народу в качестве «антихриста». На это батюшка сказал, указывая на главную святыню храма: «Вот престол и на нем восседает Царь Славы, поэтому ты, бес, молчи, а ты, Андрей, говори» — и стал с ним говорить и исповедовать его. Во время исповеди отец Иона несколько раз запрещал бесу и, наконец, совсем изгнал его. Выйдя из храма, человек этот, измученный и утомленный, поплелся вверх по Потемкинской лестнице и, сев на одну из верхних ступенек, долго еще вытирал пот с лица. Он снова стал прежним Андреем, ушедшим от родных несколько лет назад и молитвами праведного Ионы возвращенным в лоно родной Православной Церкви. «Я уверен, — говорил батюшка, — что этот человек станет серьезным подвижником».
Отец Иона окормлял женский Михайловский монастырь, в котором у него много было духовных чад. Однажды фельдшер монастырской больницы монахиня Галина, будучи чем-то очень взволнована, допустила ошибку: вместо 0,06 граммов какого-то ядовитого вещества взяла 6 граммов. Дав выпить больной монахине это лекарство и увидев появление признаков отравления, монахиня Галина бросилась в Портовую церковь. Увидев отца Иону выходившим из храма, она упала к его ногам со словами: «Батюшка, я отравила сестру!» — и стала просить его молитв. Выслушав объяснение и просьбу, отец Иона стал молиться, сказав лишь кратко: «Молитесь и вы». Вернувшись в монастырь, матушка Галина увидела больную в добром здравии. «Напрасно ты ходила за врачом, — сказала она, — мне минут через сорок вдруг стало совсем хорошо». По времени это был момент молитвы праведного Ионы.
И другой случай исцеления. Служил в Михайловском монастыре молодой священник отец Никанор. Жил он там вместе с семьей и болел скрытой формой туберкулеза. В ту суровую осень он простудился. После долгой болезни туберкулез перешел в открытую форму. Началось сильное кровохарканье, больной метался в жару, и окружающие ничем не могли ему помочь. Опытный врач, осмотрев больного, сказал: «Поднимается температура. Если дойдет до сорока и выше, знайте, что наступает агония». Услышав такой приговор и видя уже грозные признаки наступающего конца, матушка Галина снова поспешила за помощью к отцу Ионе. Праведник, несмотря на усталость после богослужения, обещал прийти. Молча вошел он с надвинутой на глаза скуфией. Ни на кого не глядя и не здороваясь, он тихо шептал про себя молитву: «Ныне силы небесныя с нами невидимо служат». Когда окончилась исповедь, все присутствующие, стоявшие в коридоре у двери, явственно услышали громко произнесенные слова: «Отче, брате и чадо: прощаю, разрешаю, и... исцеляю!» Эти слова произвели на всех потрясающее впечатление. Ушел праведник так же молча, ни с кем не попрощавшись. А у больного прекратилось кровохарканье, упала температура. Через короткое время он уже поднялся, стал ходить. И на первом же после смертельной болезни богослужении ему сослужил его спаситель и молитвенник отец Иона Атаманский.
Отец Иона окормлял не только Михайловский монастырь, находящийся в городе, но и Благовещенский, стоявший в двадцати пяти верстах от Одессы. Батюшка любил его и называл «мое Благовещенское чадо». Монахиня этого монастыря матушка Онуфрия [в мантии Антония (Журова)] рассказывала: «Однажды приходит в монастырь женщина и спрашивает: „А кто здесь отец Иона?“ Когда ей объяснили, она рассказала свой сон. Явилась ей покойная мать и сказала: „Все забыли о нас, никто не молится, не посещает. И только отец Иона проездом навестил нас и мы получили великое утешение“».
Оказывается, действительно, отец Иона, проезжая мимо старого заброшенного кладбища, был тронут жалким его видом и остановился там помолиться.
В последние годы жизни, предвидя будущие скорби, праведный Иона в храме Благовещенского монастыря сказал: «Я вижу двести венцов мученических над сестрами». Во время гонений двести монахинь были замучены.
Великосветское общество города также духовно окормлялось у отца Ионы. Одна из его духовных дочерей, муж которой занимал большой пост, вспоминала: «Мы сидели в театре, когда того требовало служебное положение мужа, — в парижских шляпках, но творили молитву Иисусову».