По благословению киевского старца Ионы, известного своей прозорливостью и чудотворениями, будущий старец поехал на Афон, где жил под руководством опытных духовных наставников. Здесь он приобщился к неоценимому достоянию древней святоотеческой мысли, прошел школу монашеской жизни. А ведь тогда это был Афон преподобного Силуана, Афон, в котором подвизались в молитвенном трезвении десятки тысяч русских монахов, Афон в пору своего расцвета!
Вернувшись в родное Отечество, будущий старец поселился в Киево-Печерской лавре и, подобно преподобному Антонию Киево-Печерскому, принес на нашу землю духовность Святой горы.
Прошли годы. В пятьдесят шесть лет он неожиданно тяжело заболел, как думали, безнадежно. Решено было немедленно постричь умирающего в схиму. 8 апреля 1931 года при пострижении в схиму нарекли ему имя священномученика Кукши, мощи которого находятся в Ближних пещерах. Конечно, душа преподобного и тогда уже была готова ко вселению в небесные обители, но Господь продлил дни его земной жизни для служения людям во спасение их. После пострига отец Кукша стал поправляться и вскоре совсем выздоровел.
С 1917 года для святой Православной Церкви и всего народа наступило время огненных испытаний. Эти испытания всецело разделил со своим народом и преподобный Кукша.
3 апреля 1934 года отец Кукша был рукоположен в сан иеродиакона, а 3 мая того же года — в сан иеромонаха. После того, как Киево-Печерскую лавру закрыли, батюшка служил до 1938 года в Киеве, в церкви на Воскресенской Слободке. Надо было иметь великое мужество, чтобы служить священником в то время. С 1938 года для батюшки Кукши начался тяжелый восьмилетний исповеднический подвиг — его, как «служителя культа», приговаривают к пяти годам лагерей в Молотовской (Пермской) области, а после отбытия этого срока — к трем годам ссылки.
Так в возрасте шестидесяти трех лет отец Кукша оказался на изнурительных лесоповалочных работах. Труд был очень тяжелым, особенно в зимнее время, в лютые морозы. Работали по четырнадцать часов в сутки, получая очень скудную и плохую пищу. Но всегда содержа в своей памяти, что «многими скорбями подобает нам внити в Царство небесное» (Деян. 14, 22), что «недостойны страсти нынешняго времене к хотящей славе явитися в нас» (Рим. 8, 18), батюшка, споспешествуемый благодатью Божией, не только терпеливо и благодушно сносил мучительную жизнь в заключении, но всегда духовно укреплял окружающих.
Господь, взирая на мужество исповедников, вот как однажды явно для всех утешил и укрепил присных Своих в терпении и уповании. Вместе с преподобным Кукшей в лагере содержалось много духовенства и иночествующих, как монахов, так и монахинь. В то время Киевским епископом был преосвященный Антоний, который хорошо знал отца Кукшу и почитал его. Однажды отец Кукша, будучи в заключении, получил от преосвященного Антония посылку, в которую владыка вместе с сухариками умудрился положить сто частиц просушеных запасных святых Даров. Проверяющие не обнаружили святые Дары или сочли их за сухари.
«Но разве мог я один потреблять святые Дары, когда многие священники, монахи и монахини, долгие годы находясь в заключении, были лишены этого утешения? — рассказывал впоследствии батюшка. — Я сказал некоторым священникам, что получил святые Дары. Верующие с большой осторожностью оповестили «своих», чтобы те в назначенный день в определенном месте незаметно для конвоя готовы были принять святое причастие. Мы сделали из полотенец епитрахили, нарисовав на них карандашом кресты. Прочитав молитвы, благословили и надели на себя, спрятав под верхнюю одежду. Священники укрылись в кустарнике. Монахи и монахини по одному, по одной подбегали к нам, мы быстро накрывали их епитрахилями-полотенцами, прощая и отпуская грехи. Так в одно утро по дороге на работу причастилось сразу сто человек. Как они радовались и благодарили Бога за Его великую милость!»
Батюшка вспоминал: «Это было на Пасху. Я был такой слабый и голодный — ветром качало. А солнышко светит, птички поют, снег уже начал таять. Я иду по зоне вдоль колючей проволоки, есть нестерпимо хочется, а за проволокой повара носят из кухни в столовую для охранников на головах противни с пирогами. Над ними вороны летают. Я взмолился: „Ворон, ворон, ты питал пророка Илию в пустыне, принеси и мне кусочек пирога“. Вдруг слышу над головой: „Кар-р-р!“ — и к ногам упал пирог, — это ворон стащил его с противня у повара. Я поднял пирог со снега, со слезами возблагодарил Бога и утолил голод».
Весной 1943 года, по окончании срока заключения, отца Кукшу освободили, и он отправился в ссылку, в деревню близ города Кунгура. Взяв благословение у епископа в Соликамске, он часто совершал богослужения в соседнем селе. Как к светильнику, в ночи зажженному, стекались к нему люди.
Так в труде, в терпении, в деннонощной молитве старец подвизался до своего освобождения.
В 1947 году окончилось время ссылки и преподобный Кукша вернулся в Киево-Печерскую лавру, где был с великой радостью принят братией. Нес он послушание свечника в Ближних пещерах.