Братия лавры с любовью относилась к старцу, но ненавистник всякого добра, лукавый враг спасения посеял зависть и злобу в одном из них. На преподобном, всю жизнь терпевшем человеческую зависть и недоброжелательство, вполне исполнились слова Священного Писания: «Несть пророк без чести, токмо во отечествии своем, и в дому своем» (Мф. 13, 57). Старец благодушно и терпеливо переносил чинимые препятствия к духовному руководству людей. В период с марта по апрель 1957 года церковное священноначалие определяет ему пребывать в затворе «для совершенствования аскетической жизни и несения высшего схимнического подвига», и в конце апреля 1957 года старца на Страстной седмице Великого поста переводят в Крещатицкий Иоанно-Богословский монастырь Черновицкой епархии.
В небольшом Иоанно-Богословском монастыре было очень тихо и просто. Приход старца Кукши в эту обитель был для нее благотворным — ожила духовная жизнь братии. Как за пастырем спешат овцы, куда бы он ни направлялся, так и за добрым пастырем — старцем Кукшей сюда, в тихую обитель апостола любви, устремились духовные чада, а за ними — народ Божий. Целыми днями по горной тропе, как трудолюбивые муравьи, тянулись вереницей богомольцы — одни в гору, другие навстречу. В основном на средства, передаваемые отцу Кукше, которые он сразу отдавал в монастырь, были возведены некоторые строения в обители. Сам он, несмотря на старческую слабость, чувствовал здесь себя хорошо. Он часто повторял: «Здесь я дома, здесь я на Афоне! Вон внизу сады цветут, точно маслины на Афоне. Здесь Афон!» И действительно, чувствовалась особая благодать Божия в этой святой обители, где люди получали утешение и исцеление по молитвам преподобного Кукши.
К концу своей жизни старец снова претерпел много зла, скорбей и преследований от богоборческой власти. В начале 60-х годов диавол воздвиг на Церковь новую волну гонений. Стараниями новых богоборцев-правителей закрывались храмы, обители, духовные школы. Святой апостол Павел говорит, что все, «хотящии благочестно жити о Христе Иисусе, гоними будут» (2 Тим. 3, 12). У безбожной власти лютую ненависть вызывали духовный авторитет, всеобщее почитание и народная любовь, какими пользовался старец Кукша.
Незадолго до расформирования монастыря во время Божественной литургии отец Кукша находился в алтаре Покровского храма. Вдруг на жертвенник с подсвечника упала свеча, загорелись покровцы и воздух, которыми были накрыты потир и дискос. Огонь тут же загасили, а батюшка сказал: «Враг и отсюда меня выживает», что вскоре и сбылось.
В 1960 году закрыли Черновицкий женский монастырь. Монахинь перевели в мужской Иоанно-Богословский монастырь, монахов отправили в Почаевскую лавру, а отца Кукшу — в Одесский Свято-Успенский мужской монастырь.
19 июля 1960 года старец прибыл в Одесский монастырь, где провел последние четыре года своей страдальческой подвижнической жизни. Но «любящим Бога вся поспешествует во благое» (Рим. 8, 28). Перемещения из монастыря в монастырь для старца были лишь «демонов немощными дерзостями». Господь злобу демонов и тщетные усилия богоборцев обратил во благо для спасения душ человеческих. Благодаря перемещениям батюшки по разным монастырям овцы стада Христова всего юга страны окормлялись у благодатного старца.
В Одесском Успенском монастыре отца Кукшу с любовью встретили насельники обители. Ему определено было послушание исповедовать людей и помогать вынимать частицы из просфор во время совершения проскомидии.
Всей душой желая «приметатися в дому Бога» (Пс. 83, 11), батюшка любил храм Божий и стремился всегда бывать на монастырских богослужениях. Старец вставал рано утром, читал свое молитвенное правило, старался причащаться каждый день. Он любил литургисать, причем любил особенно раннюю литургию, говоря, что ранняя литургия для подвижников, а поздняя для постников. К святой чаше старец не разрешал подходить с деньгами, чтобы «не уподобиться Иуде». Так же и священникам запрещал с деньгами в кармане стоять у престола и совершать Божественную литургию. Ежедневно, идя в храм, старец под одежду надевал свою афонскую власяницу из белого конского волоса, которая больно колола его тело.
Келия старца в монастырском корпусе примыкала к Никольской церкви. С ним поселили и послушника-келейника, но старец, несмотря на немощи своего преклонного возраста, не пользовался посторонней помощью и говорил: «Мы сами себе послушники до самой смерти».
Несмотря на запрет властей посещать святого старца, люди и здесь не лишились его духовного окормления. Отца Кукшу очень любил Святейший патриарх Московский и всея Руси Алексий I. Еще будучи в Иоанно-Богословском монастыре, старец, бывало, садясь пить чай, возьмет в руку портрет святейшего Алексия I, поцелует его и скажет: «Мы со святейшим чай пьем». Слова его исполнились, когда он жил в Одесском монастыре. Сюда каждый год летом приезжал патриарх Алексий I, который всегда приглашал благодатного старца «на чашку чая», любил беседовать с ним, спрашивал, как было в Иерусалиме и на Афоне в старое доброе время.