Приняв 4-й морской полк, корабли 8 апреля вышли в море и направились к Анапе. В составе эскадры находились линейные корабли «Ратный» (флаг контр-адмирала С.А. Пустошкина, капитан 1 ранга П.М. Макшеев), «Ягудиил» (капитан 1 ранга Т. Мессер), «Правый» (капитан 2 ранга К.А. Твент), «Исидор» (капитан 2 ранга Т.Г. Перский), «Победа» (капитан 2 ранга М.И. Ратманов), «Варахаил» (капитан 2 ранга А.Н. Сальков), фрегаты «Крепкий» (капитан 2 ранга К.Ю. Патаниоти), «Назарет» (капитан-лейтенант А.И. Перхуров), «Поспешный» (капитан-лейтенант К.Г. Гайтани), «Воин» (капитан-лейтенант С.В. Подгаецкий), «Иоанн Златоуст» (капитан-лейтенант С.А. Велизарий), бриги «Диана» (капитан-лейтенант И.И. Стожевский), «Елизавета» (лейтенант АФ. Хомутов), брандер и 5 канонерских лодок.
Однако 11 апреля разыгрался сильный шторм, в результате многие корабли получили такие повреждения, что повернули назад, и 13 апреля эскадра вернулась в Севастополь, а корабли приступили к ремонту.
21 апреля эскадра в составе четырех линейных кораблей (два — «Правый» и «Победа» остались в Севастополе ремонтироваться), четырех фрегатов, двух бригов и пяти малых судов вновь вышла в море. На следующий день бриг «Диана» был отправлен в Феодосию с донесением командующему флотом. Желая лично присутствовать при взятии Анапы (чтобы затем доложить императору), И.И. де Траверсе на бриге прибыл к эскадре и наблюдал за ее действиями с безопасного расстояния.
27 апреля эскадра подошла к Анапе и стала на якорь. На следующий день фрегат «Воин» снялся с якоря и направился к берегу с целью вызвать огонь турецких батарей и засечь их расположение. Около 17 часов одна из батарей открыла сильный огонь, но была быстро сбита артиллерией «Воина». Из-за маловетрия эскадра в этот день стояла на якоре. 29 апреля десант, высаженный с эскадры при поддержке огнем линейного корабля «Варахаил» и фрегата «Воин», взял крепость. Русскими взято было 98 орудий со снарядами и на рейде два небольших судна. Потери составили: убиты 1 офицер и 6 нижних чинов, ранены 11 нижних чинов. Потери турок около 100 человек. И.И. де Траверсе на бриге «Диана» ушел в Феодосию.
Крепость Анапа была разрушена: пушки, оружие, годные снаряды и материалы были погружены на суда эскадры, все, что нельзя было погрузить, было испорчено, сброшено в колодцы и засыпано землей. 6 мая эскадра ушла от Анапы и 12 мая бросила якорь на Севастопольском рейде.
В конце мая С.А. Пустошкин с эскадрой (4 линейных корабля, 5 фрегатов, 5 канонерских лодок, 2 бомбардирские лодки, 6 мелких судов и 8 наемных транспортов с 2,5 тыс. чел. десанта) был отправлен в Трапезунд с целью овладеть городом и, укрепившись в нем, установить связь с главнокомандующим кавказским корпусом графом И.В. Гудовичем. По словам находившегося в Трапезунде нашего консула, овладение городом не могло представить трудности по малочисленности находящихся там войск и еще потому, что местное немусульманское население было очень недовольно вновь присланным пашой и готово содействовать русским.
Подойдя 6 июня к Трапезунду, С.А. Пустошкин после неудавшейся попытки вступить в переговоры с местными властями действовал крайне нерешительно. Эскадра бомбардировала Трапезунд и соседний с ним город Платану, но попытка высадить десант не удалась. Было взято одно купеческое судно и потоплено другое. Между тем засвежевший северо-западный ветер со шквалами мешал успешному действию артиллерии, а грунт рейда оказался до того нехорош, что якоря не держали, и суда дрейфовали. Такая опасная якорная стоянка и недостаток пресной воды заставили эскадру перейти в Феодосию, а затем 10 июля возвратиться в Севастополь.
Этой неудачной экспедицией начальник ее С.А. Пустошкин навлек на себя «
В 1807 году Черноморский флот не встречался с турецким флотом, действовавшим против эскадры Д.Н. Сенявина у Дарданелл.
25 июня 1807 г был заключен Тильзитский мир между Россией и Францией. Турция лишилась своего могущественного союзника. Успешные действия эскадры Д.Н. Сенявина и Дунайской армии вынудили Турцию вступить в переговоры с Россией. 12 августа в Слободзее между Россией и Турцией было заключено перемирие с августа 1807 по март 1808 года, в действительности продолжавшееся, по политическим обстоятельствам, еще целый год. Военные действия возобновились только весной 1809 года, когда Турция, заключившая союзный трактат с Англией, в надежде на значительную ее помощь, получила полную уверенность в успехе. Но надежды эти не оправдались.