Несмотря на перемирие, с ранней весны 1808 г. Черноморский корабельный флот, под начальством контр-адмирала И.Л. Трескина, находился в готовности к выходу в море, и главному командиру маркизу И.И. де Траверсе было дано министром право «распоряжаться движением флота по востребованию надобности». Флот пополнился тремя судами, построенными в Херсоне — 74-пушечные линейные корабли «Анапа» и «Мария» и 36-пушечный фрегат «Лилия».
Мирная деятельность флота ограничивалась тем, что в продолжение всего лета команды судов обучались управлению парусами и действию артиллерией, а на Севастопольском рейде стояли в готовности линейный корабль и фрегат, сменявшиеся через две недели; отряды мелких судов также по очереди высылались в крейсерство к Сулинским гирлам Дуная.
После возобновления в 1809 году военных действий, в Севастополе, под начальством того же контр-адмирала И.Л. Трескина, в полной готовности к выходу в море находилось 7 линейных кораблей, 7 фрегатов и 8 мелких судов (3 брига, 1 шхуна, 1 требака и 3 брандера). В ожидании нападения турецко-английского флота укреплялись наиболее нуждавшиеся в защите порты, особенно Севастополь. Для защиты Одессы были отправлены 5 канонерских лодок, а к Очакову — 10 лодок и 3 плавучие батареи. Отряды же из фрегатов и мелких судов посменно крейсировали близ устьев Дуная.
Для занятия уже успевшей отстроиться крепости Анапы был направлен отряд под начальством капитан-лейтенанта А.И. Перхурова (линейные корабли «Варахаил» и «Победа», фрегаты «Лилия» и «Назарет», бомбардирское судно «Евлампий», военный 26-пушечный транспорт и требака) с десантом в 1170 человек. 15 июня крепость была обстреляна, после чего занята без сопротивления. Оставив в крепости русский гарнизон, отряд 23 июня вернулся в Севастополь.
Получив сведения о занятии нашими войсками приморских городов Кюстенджи и Мангалии, к румелийскому берегу 22 сентября 1809 г. был направлен отряд — фрегаты «Назарет», «Лилия», «Воин» и бриг «Алексей» под командованием капитан-лейтенанта С.И. Стулли, которому предписывалось «
Один только 36-пушечный фрегат «Назарет», входивший в отряд С.И. Стулли, не разобрав поднятого флагманом сигнала о повороте, отделился от отряда и с рассветом 4 октября оказался среди неприятельских судов. Два корабля (один из них 100-пушечный), пройдя с подветренной стороны фрегата, сделали по нему несколько выстрелов, но, не продолжая боя, дали ему возможность удалиться. В донесении командира фрегата «Назарет» лейтенанта П.И. Ланге этот случай представлен таким подвигом, каким впоследствии прославился бриг «Меркурий». На самом же деле раскрытые следствием подробности этого случая доказали растерянность командира и готовность его сдаться неприятелю, отсутствие на фрегате должной дисциплины, ссоры и интриги, бывшие между П.И. Ланге, начальником отряда С.И. Стулли и также между офицерами фрегата. После разбора дела генерал-аудиториат присудил командира фрегата и четырех офицеров разжаловать в матросы, но впоследствии офицеры были помилованы и разжалован только один командир.
На помощь отряду С.И. Стулли из Севастополя 9 октября вышли два линейных корабля «Анапа» и «Правый» и требака «Константин». Прибыв 16 октября к Варне, они не обнаружили ни турок, ни первого отряда и 26 октября возвратились в Севастополь.
Дело затянулось, из Севастополя 23 октября был послан к Варне еще отряд под командованием капитана 1-го ранга П.М. Макшеева (линейные корабли «Ратный» и «Мария», фрегаты «Воин» и «Лилия», бриги «Алексей» и «Елизавета», шхуна «Экспедицион»). Обнаружив в Варне 6 турецких линейных кораблей, П.М. Макшеев не решился атаковать сильнейшую турецкую эскадру, ушел к Одессе, а затем вернулся в Севастополь.
В июне 1809 г. адмирал П.В. Чичагов оставил пост морского министра и на его место был назначен главный командир Черноморского флота и портов адмирал маркиз И.И. де Траверсе, а исправляющим должность последнего — вице-адмирал Н.Л. Языков. На характере боевых действий флота это никак не отразилось.