27 июня 1811 года эскадра (10 линейных кораблей: «Полтава», «Ратный», «Ягудиил», «Мария», «Анапа», «Правый», «Дмитрий Донской», «Победа», «Азия», «Варахаил», 3 фрегата: «Крепкий», «Воин», «Назарет», бриг «Царь Константин» и бомбардирский корабль «Евлампий») под командованием вице-адмирала P.P. Галла вышла из Севастополя к Варне на поиск неприятеля, но не нашла его там. Получив известие, что турецкий флот в полной готовности стоит в Босфоре, эскадра осталась в крейсерстве между Варной и Босфором. 19 июля P.P. Галл направил в Пендераклию, где, как он узнал, находились вновь построенные турецкие фрегат и корвет, капитана 1-го ранга М.Т. Быченского с двумя кораблями «Мария», «Анапа» и бомбардирским кораблем «Евлампий». 24 июля два корабли подошли к Пендераклии, «Евлампий» из-за повреждений вернулся к эскадре. При входе в порт русские корабли подняли турецкие флаги и стали на расстоянии картечного выстрела: «Мария» (М.Т. Быченский) против фрегата, «Анапа» (капитан 2-го ранга С.И. Стулли) — против корвета. Корвет пытался уйти под прикрытие батарей, но С.И. Стулли зашел ему под корму на расстояние пистолетного выстрела и, спустив турецкий флаг и подняв русский, открыл огонь с обоих бортов и принудил корвет стать на якорь и спустить флаг, а береговые батареи замолчать. Фрегат спустил флаг, как только на «Марии» был поднят русский флаг. На турецких судах были взяты в плен 35 офицеров и 239 матросов. Назначив на пленные суда своих офицеров и команду, М.Т. Быченский с увеличившимся вдвое отрядом ушел к эскадре, затратив на всю операцию всего 8 часов. Захваченные фрегат и корвет долго служили в нашем флоте под их настоящими именами «Магубей-Субхан» и «Шагин-Гирей». Так и не дождавшись выхода турецкого флота из Босфора, Р.Р Галл, из-за недостатка на судах воды, 15 августа вернулся в Севастополь.
После возвращения флота в Севастополь высылались только крейсеры к Дунаю для поддержания сообщения с находящейся там флотилией и для наблюдения за движением турецкого флота и к восточному берегу для воспрепятствования сношениям неприятеля с местными жителями, а также и для доставки провианта и разных припасов сухумскому гарнизону При осенних бурях эти крейсеры получили значительные повреждения, а один из них, бриг «Царь Константин», разбился между Анапой и Редут-Кале.
В конце февраля 1807 года Черноморский гребной флот в составе 42 канонерских лодок направился из Одессы к устьям Дуная. На пути в нескольких местах он имел перестрелки с турецкими береговыми батареями. Овладев Сулинским укреплением, флот вошел в Дунай. После того как Черноморский гребной флот перешел на Дунай, он стал называться Дунайской флотилией.
Содействуя сухопутным войскам, канонерские лодки участвовали в бомбардировке крепостей Тульчи, Исакчи и Измаила. Суда флотилии перевозили войска на правый берег Дуная.
После заключения в августе 1807 г. перемирия флотилия отошла к крепости Килия. Однако в марте 1809 военные действия возобновились.
Главнокомандующий русской армией генерал-фельдмаршал князь A.A. Прозоровский, оценивший важное значение гребной флотилии, обеспечил выделение средств, на которые в 1808 г. в Галаце было построено 20 бомбардирских баркасов, 10 понтонов и 4 катера. С этими судами и судами, взятыми у турок, Дунайская флотилия насчитывала 85 судов разных типов: канонерских лодок и бомбардирских баркасов, катеров, транспортов и др. Из числа судов 8 занимали брандвахтенные посты, а прочие составляли действующую флотилию.
При возобновлении военных действий, осенью 1809 г. Дунайская флотилия, действовавшая совместно с сухопутной армией, оказывала ей существенную помощь, разрушая неприятельские береговые укрепления, нанося сильные поражения их лагерям, располагавшимся близ берега, и не допуская к месту военных действий турецких судов. Не менее важно и полезно было успешное содействие флотилии при переправе наших войск через Дунай, где ей поручалось наведение и охрана мостов и т. п.
В апреле отряд флотилии под командованием капитан-лейтенанта Д.С Акимова бомбардировал Браилов, а 20 апреля огнем прикрывал отход войск после неудачного штурма. В конце июля флотилия блокировала крепости Тульча и Исакча, которые вскоре были взяты армией.
С 20 августа по 14 сентября большой отряд Дунайской флотилии под командованием капитана 2-го ранга С.А. Попандопуло содействовал сухопутным войскам при осаде и взятии Измаила. Суда артиллерийским огнем разрушали крепостные укрепления. 14 сентября крепость сдалась.
1 октября флотилия блокировала осажденный войсками Браилов, перекрыв все сообщения крепости водой и энергично действуя со стороны реки. Суда ее бомбардировали крепость в течение десяти дней, что способствовало ее сдаче 21 ноября. Взятые в Измаиле и Браилове турецкие военные суда поступили в состав флотилии.