Реакция научного сообщества и любителей истории была столь же непредсказуема, как и само открытие. Глава отдела антропологии лондонского Музея естественной истории Крис Стрингер сказал: «Многие исследователи (в том числе и я) оспаривают эти заявления» и добавил, что во флоресийских карликах его ничего не удивляет. Он также утверждал, что длинные руки могут свидетельствовать лишь о том, что человек флоресийский проводил много времени на деревьях: «Возможно, если бы вокруг вас были комодские вараны, вам бы тоже захотелось взобраться на дерево со своими детьми в поисках безопасности».
И сегодня остается немало противников выводов, сделанных по результатам изучения находок из пещеры Лианг Буа. Известный полинезийский палеонтолог Теуку Якоб заявил, что ЛБ1 вообще не была представительницей нового вида, а принадлежала к австрало-меланезийской расе человека современного типа и ее возраст составляет приблизительно 1300–1800 лет. Якоб и некоторые другие известные исследователи полагали, что кости в действительности принадлежат современному человеку (homo sapiens), карлику с дефектом мозга, называемым микроцефалия (патологическое нарушение, которое характеризуется небольшим размером головы и мозга и часто связано с проблемами в умственном развитии). В поддержку этой теории анатом Мацией Хеннеберг заявил, что череп ЛБ1 практически идентичен критскому образцу микроцефала. Однако адъюнкт-профессор [В странах Европы соответствует должности доцента; обычно ученый со степенью магистра, который работает над докторской диссертацией.] университета Новой Англии в Новом Южном Уэльсе Питер Браун, работавший над статьей, опубликованной в журнала «Нейчер», не согласен с таким объяснением. Свою точку зрения он аргументировал тем, что небольшое количество людей с подобными нарушениями доживают до совершеннолетия, и черепа микроцефалов имеют ряд специфических признаков, но ни один из них не был обнаружен у ЛБ1. Браун также отметил, что поскольку все останки, найденные в пещере Лианг Буа, имеют признаки карликовости, сложно предполагать, что вся популяция страдала от микроцефалии.
В начале 2005 г. независимая группа экспертов под руководством доктора Дина Фолка из университета штата Флорида занялась изучением черепа ЛБ1. Результаты исследования были опубликованы в журнале «Сайенс» в марте 2005 г. Ученые сопоставили трехмерное изображение мозга ЛБ1 с головами других видов: шимпанзе, современного человека (в том числе современных карликов), микроцефалов с человеком прямоходящим. Потом провели сравнение с примитивными человекообразными существами, такими как австралопитек африканский (Australopithecus africanus) и парантроп эфиопский (Paranthropus aethiopicus), а также с современными гориллами, и пришли к выводу, что мозг ЛБ1 абсолютно не похож на мозг карликов или микроцефалов, а имеет нечто обшее с головным мозгом человека прямоходящего и что «это действительно новый вид человекообразных». Однако эти результаты не убедили тех, кто заявлял, что доктор Фолк обследовал череп с признаками микроцефалии. Таким образом, дискуссии продолжаются.
Вполне возможно, вопрос о происхождении флоресийских людей прояснится после проведения анализа ДНК. Сравнительно небольшой возраст скелетного материала, который несомненно является подлинным, дает надежду на успех. Однако известно, что высокая температура негативно воздействует на ДНК, а значит, тропический климат Индонезии значительно снижает шансы. Вероятно, новые находки и более полные скелетные материалы из Лианг Буа позволят провести анализ ДНК, чтобы вычленить эту составляющую у ЛБ1. Тем не менее ученые не теряют надежды: если когда-нибудь удастся извлечь ДНК человека флоресийского. может возникнуть новое представление о ходе эволюции человека.