О детстве ее до нас дошло очень мало достоверных сведений. Очевидно, она получила хорошее для своего времени образование: разбиралась в музыке, живописи, поэзии, истории и, как ни странно, алхимии (которая тоща была модным занятием). Также Лукреция свободно владела несколькими иностранными языками. Однако главными «университетами» для девочки стала придворная жизнь с ее интригами, кознями и амурными похождениями. Испанская кровь, удивительная красота и рано проснувшаяся чувственность были предпосылками того, что Лукреция рано стала одной из главных фигур в дворцовых интригах. Мы уже упоминали, что братья Борджиа испытывали к ней совсем не братскую любовь и ходили сплетни, что сам Папа не смог устоять перед ее обаянием. Ходили слухи, что от связи с братом Лукреция родила дочь, после чего ее красота расцвела с удвоенной силой. Что же касается папской политики, то дочь Александра VI должна была стать залогом надежности союзов, выгодных Ватикану. Когда Лукреции исполнилось 12 лет, понтифик решил выдать ее замуж. К 13 годам Лукреция была уже дважды обручена, но обе помолвки не закончились свадьбой, поскольку были невыгодны ее отцу. Когда Родриго Борджиа стал Папой Александром VI, Лукреции пришлось в первый раз выйти замуж — за Джованни Сфорца. Этот брак должен был обеспечить крепкий союз с наиболее сильной и богатой семьей в Милане. Ходили слухи о том, что отец выгодно использовал красоту дочери, не слишком интересуясь ее собственным мнением. Роскошную свадьбу с Джованни Сфорца сыграли через год, однако не прошло и недели, как муж покинул молодую супругу. Говорили, что Лукреция предупредила Джованни о том, что на него готовится покушение. Но, возможно, это был просто политический ход, способ избавиться от мужа. Так или иначе, Лукреция осталась «соломенной вдовой» и вовсе не испытывала неудобств от своего положения. Папа окружил ее роскошью и предоставил полную свободу. Сфорца редко напоминал о себе. Так прошло пять лет, и связь с миланским правящим домом стала невыгодной и обременительной. Папа решил освободить дочь от уз брака, но Джованни Сфорца отказался от развода, открыто обвинив жену в инцесте с отцом и братом. В ответ на это заявление Папа объявил зятя больным и супружески несостоятельным. В то время это была очень веская причина для развода. Таким образом, мы видим, откуда пошли слухи о предосудительных связях Лукреции. Ведь Джованни Сфорца объяснял причину развода тем, что Римский Папа решил оставить красавицу дочь для себя, после чего сплетни об этом пошли гулять по свету, обрастая немыслимыми подробностями.
Пока шел бракоразводный процесс, Лукреция укрылась в монастыре Святого Сикста. Там у нее завязался роман с камергером понтифика Педро Кальдероном по прозвищу Перотто, который был приставлен к ней для надзора и выполнял обязанности посыльного. Любовникам довольно долго удавалось скрывать свои отношения — пока не стало очевидно, что Лукреция ждет ребенка. В это же время она на бракоразводном процессе под присягой заявила папской комиссии, что к ней не прикасался ни один мужчина! Кардиналы и не подумали ставить под сомнение ее слова и дали потрясающее заключение — «девственница». В положенный срок ребенок появился на свет, получил имя Джованни.
Перотто признал свое отцовство, вызвав жгучую ревность Цезаря. Уже в 1501 г. увидели свет две папские буллы, касающиеся сына Лукреции. Для того чтобы не опорочить честь дочери, в первой Папа назвал мальчика незаконным ребенком Цезаря, а во второй — собственным. Буллы противоречат друг другу, но Лукреция не упоминалась ни в одной из них и якобы не имела отношения к рождению ребенка. Это и неудивительно, ведь малыш увидел свет незадолго до заключения нового брака Лукреции — с Альфонсо Арагонским, — который состоялся в 1498 г.
Участь истинного отца малыша печальна — в порыве ревности Цезарь зарезал Перогго прямо в покоях понтифика. Он гнался за беднягой по залам дворца, а когда тот укрылся в объятиях Папы — сделал выпад, оросив кровью папский престол. Но месть Цезаря на этом не закончилась. Подозревая своего брата Джованни в связи с Лукрецией, Цезарь лелеял мечту избавиться от него, а когда стало известно, что отец видит преемником именно старшего сына, по приказу Цезаря его убили, а тело бросили в Тибр. После этого случая Цезарь, опасаясь гнева отца, покинул город, но вскоре был прощен и возвратился в Рим. В знак примирения была устроена грандиозная охота, размах и роскошь которой, как утверждали современники, описать просто невозможно.