В 1492 г., после завоевания Гранады и завершения изгнания мавров с Пиреней, Торквемада внушил королеве мысль о необходимости изгнания евреев из всех своих земель. Евреям надлежало или принять крещение, или покинуть королевство. Им запрещалось вывозить золото и серебро, и несчастные вынуждены были продавать имущество за бесценок. Еврейские общины объединились и предложили королеве тридцать тысяч дукатов за отмену указа об изгнании. Казна была истощена гранадской войной, и Изабелла была склонна принять выгодное предложение, но вмешался Торквемада. Он ворвался в зал, где Изабелла и Фердинанд принимали делегацию евреев, и публично заявил, что монархи, подобно Иуде, готовы продать Христа. Упрек возымел действие, и короли отказались пойти навстречу делегатам. Евреи покинули Испанию. Последствия были ужасны. Страну покинуло более четверти миллиона людей, большинство из которых было интеллектуальной и торговой элитой государства. Тысячи беженцев погибли. Оставшиеся крещеные евреи также подвергались гонениям. Не возымели действия на фанатика даже увещевания Папы. Только Александр VI, сам испанец, нашел управу на своевольного инквизитора — он назначил еще четверых инквизиторов. Оскорбленный Торквемада посчитал это проявлением недоверия и демонстративно удалился от дел. Он умер в 1498 г. в монастыре Санта-Крус. В XX в. католическая церковь признала его преступником, посмертно первого Великого инквизитора Испании исключили из доминиканского ордена. Торквемаду считают одним из величайших злодеев в истории человечества, ставя в один ряд с Гитлером. Это официальная версия жизнеописания Томаса де Торквемады. Но все ли в ней правдиво? Ведь некоторые хроники, рукописи и мемуары современников Торквемады показывают нам личность Великого инквизитора Испании в совсем ином свете. Прежде всего напомним: точная дата рождения Томаса де Торквемады неизвестна. Он родился около 1420 г. или в Вальядолиде, или в Торквемаде — небольшом городке в его окрестностях.
С раннего детства Томас проявлял наклонности к духовной карьере — он был неприхотлив, сообразителен и красноречив. Поскольку брат отца Томаса, Хуан де Торквемада, был кардиналом, выбор юноши нё встретил сопротивления у родных. Примерно в 14 лет Томас поступил в доминиканский монастырь в Вальядолиде.
Легенда о юношеском увлечении мавританкой абсолютно нереальна. В самом сердце Кастилии мавров практически не было. Если какой-то купец и приезжал с семьей на ярмарку, девушек держали взаперти, и увидеть их Торквемада просто не мог. Но даже если предположить, что в легенде описаны реальные события, почему Томас ополчился также и на евреев и маранов? Почему он не отправился в Гранаду воевать против мавров, а выбрал духовную карьеру? Все это кажется совершенно нелогичным. И самый главный аргумент против романтической версии — занимая должность верховного инквизитора, Торквемада никогда не применял репрессий к мусульманам вообще и к маврам в частности. Также не выдерживает никакой критики и миф о маранском происхождении Торквемады. Нет ни одного документального подтверждения этой версии. Судя по хроникам, Торквемада был чистокровным кастильцем, вероятнее всего — светловолосым и голубоглазым, что указывает исключительно на чистоту дворянской крови, не смешивавшейся ни с иудейской, ни с мавританской. Кстати, сертификат «чистоты крови» был введен в употребление задолго до рождения Торквемады и подтверждал, что в предках до третьего колена у человека не было маранов, мавров и еретиков. Без такого сертификата человек не мог занимать ряд церковных должностей, зато мог занимать практически любой государственный пост. Поэтому человек без сертификата точно не мог стать инквизитором. Слово «инквизиция» происходит от латинского «расследую». Организация была создана для борьбы с различными ересями. Поначалу инквизиторы не вправе были выносить приговоры; это упущение было вскоре исправлено, но приговаривать преступников к телесным наказаниям было запрещено. Инквизиторы могли назначить различные виды епитимьи, штрафы и конфисковать имущество, изгнать, отлучить от Церкви, лишить монашеского сана, должностей, принудить к ношению сан-бенито (особого позорного одеяния). К телесным наказаниям или к смертной казни инквизиция приговорить не могла — это была прерогатива светских властей. В каких случаях грешника казнили? В тех и только тех, когда он не признавал за Церковью права судить его, ибо к ней не принадлежал. Учитывая, что в те времена законом была религия, человек, отрицавший Церковь, считался преступником вне закона, то есть приравнивался к разбойнику. Он был носителем бунтовских идей и подлежал казни, так как нес опасность для жизни и благополучия граждан.