Церковь, стремившаяся безраздельно владеть умами и душами прихожан, не одобряла такую практику. Светская власть не признавала магические ритуалы преступлением, если они не являлись причиной смерти, тяжелых увечий, болезней или порчи имущества. Например, в 580 г. были казнены колдуньи, которых обвинили в причастности к гибели трех королевских сыновей. Сперва в этом ужасном преступлении заподозрили епископа, и тот под пыткой признался, что получил от неких колдуний чудодейственную мазь и напиток, которые должны были не лишить жизни молодых людей, а всего лишь привлечь к епископу милость короля и королевы. Раскаявшийся священник был лишь сослан, а женщины, признавшие себя ведьмами, были колесованы и сожжены. Подобные случаи до X в. были редкостью, но со временем их становилось все больше.
В 1090 г. женщин, обвиненных в колдовстве, несколько раз публично избивали плетьми, но поскольку несчастные упорно отрицали свою вину, их в конце концов сожгли живьем. Подобный случай описан и в хрониках 1128 г. — во Фландрии по подозрению в колдовстве сожгли женщину, преступление которой заключалось лишь в том, что она брызнула водой на одного вельможу, который вскоре слег от болей в сердце и почках и через некоторое время умер. Примерно в это же время в германском городе Зоэст был сожжен молодой священник. В колдовстве его обвинила красавица прихожанка, которая заявила, что после долгих неудачных ухаживаний он околдовал ее и склонил к прелюбодейству. Случай этот, конечно, примечательный, но не уникальный. До нас дошли неопровержимые свидетельства того, что в те времена колдовство широко практиковалось и самой Церковью. Многие Папы, например Лев III или Бенедикт VIII, не только считались колдунами, но даже писали магические книги, как это делал и Гонорий III. Про Сильвестра II и Бонифация VI и вовсе говорили, что ради того, чтобы взойти на папский престол, они продали душу дьяволу.
Однако время колдунов и ведьм в Европе подходило к концу. В XIV в. католическая церковь совладала с большинством еретических движений, и, чтобы утвердить власть и объединить людей под знаком креста, требовалось только одно — найти врага внутреннего. Им и стали ведьмы и колдуны. Началу притеснения пережитков язычества способствовала и социально-политическая обстановка, и расцвет церковной и светской культуры и искусства.
Многие историки признают, что главная задача охоты на ведьм состояла в том, чтобы укрепить пошатнувшийся авторитет Церкви и усилить ее влияние. В данном случае под Церковью следует понимать не только католиков — в охоте на ведьм активное участие принимали и протестанты. Некоторые исследователи объясняют это тем, что колдовство являлось пережитком язычества и вера в духов и силы природы подрывала авторитет священников-христиан независимо от течения. Известно, что Церковь в преследовании ведьм поддерживали светские власти. Им было очень выгодно иметь под рукой «козлов отпущения», которых можно было обвинить во всех проблемах и несчастьях, причиной которых на самом деле были жадность, халатность и глупость самих правителей. Кроме того, бросается в глаза, что большинство пострадавших во время преследования ведьм составили женщины. Это явление ученые трактуют как попытку мужчин подавить потенциальную женскую активность и сохранить в условиях постоянно меняющейся обстановки авторитет и господство. Это было не так легко, поскольку многочисленные крестовые походы, междоусобицы и войны с еретиками привели к тому, что мужчины в средневековом обществе остались в меньшинстве. Следует учесть, что часто в сельских общинах руководство брали на себя женщины. Согласно христианским верованиям, дочери Евы, виновницы грехопадения, могли принести только вред. Однако ведовство было своеобразным способом самоутверждения женщин в мужском мире, где им были отрезаны все пути к реализации своих талантов и возможностей. Интересной представляется и гипотеза, согласно которой женщин обвиняли в ведовстве потому, что они оставались главными и единственными хранительницами ценностей устной дохристианской культуры и насаждали веру в языческих богов среди молодежи — то есть рассказывали детям сказки, прибаутки, пели народные песни.
Массовые преследования ведьм начались в XIII в. В 1275 г. в Тулузе произошло первое сожжение ведьм, и вскоре костры запылали по всей Европе. В 1320–1350 гг. в Каркасоне уничтожили более 200 женщин. Не щадили никого: богатые и бедные, красивые и уродливые, умные и недалекие — все они были обречены на позорную казнь. В своей «Булле о ведовстве» Папа Иннокентий VIII призывал беспощадно истреблять ведьм. Инквизиторы, вооруженные таким напутствием, взялись за дело. В Германии за несколько лет на костер взошли более 100 человек. В Вюрцбурге при одном епископе было сожжено 209 человек. Жертвами фанатика стали дети от четырех до четырнадцати лет, самые толстые мужчина и женщина города и самая красивая девушка. По мнению священника, как физические недостатки, так и достоинства свидетельствовали о связях с дьяволом.