Прошло несколько столетий. В 1740 году иранский завоеватель Надир-Шах одержал победу над ханами Бухары и Хивы. Самарканд тогда входил в состав Бухарского ханства. Для усмирения мятежных узбеков шах приказал ввести в город 20-тысячный отряд. Помимо основной задачи его воинам было поручено специальное задание: снять с могилы Тамерлана нефритовое надгробие и семисплавные ворота соборной мечети, известной под названием Биби-ханум. Эти священные реликвии Тимуридов должны были быть доставлены в Мешхед. Придворный историк иранского завоевателя пишет, что из надгробного камня предполагалось сделать пол и облицовку стен одного из святых зданий столицы Персии. Легенда гласит, что это ужасное святотатство было совершено в 1747 году. Но при снятии казавшихся монолитом нефритовых плит они раскололись на четыре части. Все же их вместе со створками ворот погрузили на пушечные лафеты и ценный груз доставили в Мешхед. Когда все это было доставлено в Иран, Надир-Шах испытал противоречивые чувства. Будучи мусульманином, он прекрасно понимал, что осквернение могилы — огромный грех. Но он также хорошо знал, сколько горя принес его народу эмир Самарканда, предавая огню и разрушению иранские города и уничтожая их жителей. Возможно, своим поступком Надир-Шах тешил свое самолюбие: он наконец-то отомстил великому завоевателю, хотя и не самым удачным способом. Сохранились воспоминания современника тех далеких событий, визиря из города Мевр Мухаммада Казима. Он писал, что при осмотре трофеев Надир-Шах на некоторое время задумался. Затем он прочитал фатиху для успокоения души эмира и сказал: «Ныне мир, подобно шару, вертится в моей руке. Он (Тимур) сделал камень своей гробницы из нефрита; мы выделываем одну кольчугу из стали, другую из красного золота, осыпанного драгоценными камнями, и сделаем из нефрита пол и облицовку нижней части стены куполообразного здания [51]
».Однако задуманное иранский владыка так и не исполнил. По словам одного из его придворных историков, во сне к Надир-Шаху якобы явился духовный учитель и наставник Тамерлана Береке, который сказал ему, что камень необходимо вернуть на место. Наутро устрашенный правитель распорядился отвезти надгробие в Самарканд и поместить «на своем месте, как было раньше». Вот тогда-то по дороге нефритовая плита будто бы упала и раскололась на два куска. Самаркандские мастера соединили их и закрепили надгробие в усыпальнице эмира. Но, возможно, не только вещий сон, приснившийся Надир-Шаху, позволил священной реликвии вернуться на прежнее место. Есть сведения о том, что в 1747 году Иран был разрушен землетрясением, а сам шах сильно заболел и в том же году скончался. Но перед смертью он успел отдать приказ о возвращении камня в усыпальницу Тамерлана.
По другой легенде, надгробие Тамерлана было разбито неизвестными грабителями, искавшими в усыпальнице эмира несметные сокровища. Как показало впоследствии исследование надгробия учеными, оно действительно состояло из двух больших частей. Они сохранились до наших дней и находятся на своем месте. Отсутствуют лишь добавочные вставки от малой боковой грани. Скорее всего, поскольку нефрит был известен своими целебными свойствами, шейхи, которые постоянно находились подле усыпальницы Тамерлана, могли сами отбивать мелкие кусочки от камня, чтобы потом толочь их в порошок и продавать желающим исцелиться от болезней.
В 1868 году, почти сразу же после занятия Самарканда русскими войсками, генерал-губернатором К. П. фон Кауфманом было отпущено более трех тысяч рублей на приведение в порядок мавзолея Гур-Эмир. Но охрана памятника осуществлялась недостаточно хорошо. В 1905 году с него была украдена плита с мозаичной надписью, которая располагалась снаружи, над боковым входом в мавзолей. Пропажу обнаружили не сразу, а лишь когда турки перепродали плиту Берлинскому музею. По поручению русского царя стали требовать возвращения реликвии. Немцы начали торговаться и «отдали» плиту за шесть тысяч марок. Ее удалось вернуть в Россию лишь в 1910 году, но попала она не в Самарканд, а в Эрмитаж.