В резолюции наркома Шахурина отмечалось:
Письмо наркома от 6 февраля 1945 года стало отправной точкой для начала работ по малой модернизации самолета Ер-2. К разработке рабочих чертежей приступили в середине февраля. Основой опытных самолетов Ер-2ММ стали машины № 7063901 и № 7023901, к доработке которых приступили в апреле.
Входная дверь с приставной лестницей Ер-2ОН
На самолете № 7063901 с моторами АЧ-30Б и винтами АВ-5ЛВ-116 диаметром 4,1 метра, в частности, заменили жалюзи водорадиаторов заслонками ЦАГИ, маслорадиаторы перенесли с передней кромки отъемной части крыла под мотогондолы, установили обтекатель на нижнюю стрелковую точку, механический стопор хвостового колеса и упоры колес шасси в убранном положении, новый нижний входной люк с лестницей и переделали капоты, коки винтов и выхлопные насадки. Тогда же герметизировали самолет.
В мае исследовали самолет в натурной аэродинамической трубе Т-101 ЦАГИ, и вслед за этим начались его летные испытания. Из-за вышедшего из строя левого двигателя и последовавшей его замены испытания затянулись до середины сентября. За этот период на самолете выполнили 28 полетов общей продолжительностью 20 часов 28 минут.
Не дожидаясь составления отчета о результатах заводских испытаний, на этой же машине моторы заменили форсированными АЧ-30БФ, установили флюгерные винты, вертикальное оперение большей площади, электрифицированную турель СЭБ-7 и выполнили ряд мелких доработок. Второй этап летных испытаний машины начался 9 декабря 1945 года. Но он продолжался недолго. Производство АЧ-30БФ завершилось в 1946 году выпуском лишь 11 моторов.
В январе 1946 года в стране все наркоматы были преобразованы в министерства, а Наркомат авиационной промышленности стал министерством, которое вместо репрессированного Шахурина возглавил М.В. Хруничев. Новый руководитель авиапрома с огромной энергией начал наводить свой порядок, для начала ликвидировав многие конструкторские бюро. Попал под эти «жернова» и коллектив П.О. Сухого. В итоге все работы по самолету Ер-2 прекратили. Исключение сделали только для Ер-2ММ, испытывавшегося по особой программе с разрешения заместителя министра С.Н. Шишкина. Но и она продолжалась недолго. 22 апреля (тогда еще не готовили подарки к очередному дню рождения Ленина) на самолете вышел из строя правый двигатель.
Другой Ер-2 (заводской № 7023901) с моторами АЧ-30БФ и винтами АВ-3ЛВ-116 диаметром 3,95 метра оборудовали новым вертикальным оперением, системой радиоопознавания, командной радиостанцией, кислородными приборами легочного типа с измененной схемой питания, коническим стопором хвостового колеса и фильтрами в электрической цепи, устранившими помехи при работе радиооборудования.
Общий вид Ер-2 с комбинированной силовой установкой
Самолет проходил совместные контрольные испытания в Научно-испытательном институте ВВС летом 1945 года, в ходе которых выявилась необходимость увеличения аэродинамической компенсации элеронов и рулей высоты с установкой флетнеров, предназначенных для снижения нагрузок на штурвал. После доработок испытания продолжались и завершились 13 октября.
К большой модификации Ер-2 приступили весной 1945 года. Параллельно с рабочим проектированием строился макет Ер-2БМ, предъявленный макетной комиссии в последний день августа. В ее протоколе отмечалось, в частности, что для улучшения летно-технических данных