Учитывая это, М.В. Хруничев 5 июля 1946 года докладывал заведующему особым сектором ЦК ВКП(б) т. Поскребышеву:
Лишь несколько самолетов сохранили и впоследствии использовали для летных испытаний различных изделий, в частности, при доводке пульсирующих воздушно-реактивных двигателей для самолетов-снарядов В.Н. Челомея.
Так завершилась биография самолета Ер-2.
Ближайшим аналогом Ер-2 с моторами АЧ-30Б был дальний бомбардировщик С.В. Ильюшина Ил-6 с экипажем из шести человек. Сравнивая обе машины, причем по Ил-6 имеются лишь расчетные данные с заниженным километровым расходом горючего на 15–20 %, видно, что Ер-2 с дизельными двигателями несколько уступал в скорости, имел худшие взлетно-посадочные данные, слабое оборонительное (три против пяти крупнокалиберных пулемета) и наступательное вооружение. Но по дальности и практическому потолку немного превосходил «ильюшина». Опять же хочу повториться, что Ил-6 хотя и проходил летные испытания, но снять необходимые характеристики не удалось из-за плохой работы силовой установки, и по нему имеются лишь расчетные данные, которые, как правило, всегда завышались.
Единственным объяснением, вызвавшим решение об утилизации Ер-2, помимо дефектов машины могут быть развернувшиеся широкомасштабные работы по копированию американской «Сверхкрепости» В-29 компании «Боинг», будущего Ту-4.
Подобно тому как в основу Ер-2 положили гражданский самолет «Сталь-7», в 1944 году ОКБ В.Г. Ермолаева разработало несколько пассажирских вариантов бомбардировщика. Один из них, сохранив основные агрегаты Ер-2, предусматривал их стыковку с фюзеляжем пассажирского самолета Ли-2. В итоге должен был получиться авиалайнер, рассчитанный на перевозку 21 пассажира при пяти членах экипажа. Его постройка предполагалась на заводах № 134 и № 39. Ожидалось, что гибридный самолет будет развивать скорость до 435 км/ч на высоте 6000 метров и летать на расстояние до 3000 км. Но произошло непредвиденное.
Случается, что у самолетов, как и у людей, меняются имена и «родители», и виноваты в этом внешние обстоятельства. В декабре 1944 года скоропостижно скончался главный конструктор завода № 134 генерал-майор инженерно-авиационной службы В.Г. Ермолаев. Последней его работой стало создание самолета особого назначения Ер-2ОН.
Постановлением Государственного Комитета Обороны от 13 января 1945 года и последовавшим за ним приказом Наркомата авиационной промышленности
Летно-испытательная станция предприятия находилась на аэродроме Тушино, и туда из Иркутска поступили четыре бомбардировщика Ер-2 с дизельными моторами, один — с МБ-100 и пара Ер-2ОН.
П.О. Сухому поручили не только дальнейшее сопровождение бомбардировщика, но и доводку его пассажирского варианта. Так, постепенно самолет сменил трех главных конструкторов: Р.Л. Бартини, В.Г. Ермолаева и П.О. Сухого.
От гибрида с Ли-2 отказались (видимо, из-за разрабатывавшегося в то время пассажирского Ил-12 с дизельными двигателями АЧ-30Б), сосредоточив все усилия на самолете особого назначения ОН, создававшемся в соответствии с майским 1944 года приказом Наркомата авиационной промышленности.