Несмотря на это, Ер-2 передали на войсковые испытания, проходившие на аэродроме Белая Церковь (Украина), и завершились 23 августа с неудовлетворительной оценкой из-за большого количества дефектов, в том числе и дизелей. Отмечались невозможность полета на одном моторе и тяжелое управление. Более того, 10 августа один самолет (заводской № 7013907) потерпел катастрофу в районе Полтавы.
В августе 1945 года командование 18-й воздушной армии подготовило обзор работы самолетов Ер-2 с моторами АЧ-30Б за период с августа 1944-го по июль 1945 года. За это время количество боевых машин возросло с 13 до 185, а общий налет составил 6477 часов. Средний налет на один дефект по самолету — 29,2 часа, а по мотору — 14,4 часа. Чаще всего ломались коленчатые валы и разрушались поршни двигателей, выходили из строя шасси и появлялись трещины в топливных баках. Заказчик потребовал устранить все дефекты, установить флюгерные винты и передать на государственные испытания три самолета и в декабре 1945 года передать на войсковые испытания 20 машин. В августе вышло соответствующее постановление ГКО, но, несмотря на все усилия, предприятия Наркомата авиационной промышленности не смогли справиться с поставленной задачей.
На состоявшемся 14 ноября заседании коллегии НКАП отмечалось, что
На основании постановления правительства от 26 февраля 1946 года Ер-2 сняли с производства, а затем и с вооружения. К этому времени на заводском аэродроме находилось 94 готовых самолета, в сборочном цехе — 49, а остальные — в агрегатных и заготовительных цехах.
К весне 1946-го в ВВС числилось 233 самолета Ер-2, которые в соответствии с постановлением Совета Министров СССР от 22 марта того же года были списаны и утилизированы.