Но были и приятные сообщения. 23 марта 1945 года Ер-2, пилотировавшийся капитаном Коростылевым, пролетел из Иркутска до Москвы за один день с промежуточной посадкой в Новосибирске. За 15 часов 25 минут летного времени пройдено расстояние 4600 км. Вслед за этим началась подготовка к беспосадочному перелету по тому же маршруту.
Эти перелеты и предшествовавшие им тренировки выявили из-за неудовлетворительного обзора невозможность ночных полетов.
В результате по требованию командования АДД и НИИ ВВС на Ер-2 с № 7083901 стали устанавливать новые фонари кабины пилотов, а с № 71001 понизили кабину штурмана, что улучшило обзор. Тогда же на самолетах начали размещать бомбардировочные прицелы конструкции Деренковского.
К концу сентября 1945 года устранили дефекты, выявленные при войсковых испытаниях, а с октября эти доработки стали внедрять на серийных, в том числе и на ранее выпущенных, бомбардировщиках.
Эксплуатация самолетов с дизелями существенно отличалась от машин с карбюраторными моторами. Пока в кабинах бомбардировщика находились испытатели с их знаниями, квалификацией и огромным опытом, трудностей в эксплуатации не возникало. Но настало время, и за штурвалы боевых машин сели строевые летчики, которым пришлось изменять отработанным привычкам.
Особенностью эксплуатации дизелей стал иной способ контролирования их работы и управления ими в полете. Раньше достаточно было послать вперед сектор газа, и карбюратор автоматически дозировал подачу горючего в цилиндры. Летчику оставалось лишь поработать высотным корректором и осуществлять контроль числа оборотов и давления наддува. Теперь же основными параметрами, кроме оборотов двигателя, становились часовой расход топлива и температура выхлопных газов, давление наддува устанавливалось автоматически. При этом летчик должен был постоянно помнить, что дизель по сравнению с бензиновым мотором ничем не защищался от перегрузки, и сектор газа разрешалось давать вперед до упора лишь на взлете. На других режимах полета этот рычаг требовалось устанавливать в строгом соответствии с инструкцией, и особенно при полетах выше границы высотности двигателя.
Кроме иркутского, сборкой Ер-2 занимался завод, а точнее сборочная база № 456, организованная на территории бывшего завода № 84 в подмосковных Химках. В 1944 году, начиная с августа, на этом предприятии собрали из агрегатов завода № 39 десять самолетов при плане 15. Оставшиеся пять перешли на 1945 год. Сколько же всего они выпустили, архивы пока умалчивают. Заниматься сборкой Ер-2 в соответствии с решением ГКО и приказом НКАП № 323 от 12 мая 1944 года предписывалось и заводу № 86 в Таганроге, куда после войны перевели Бартини, с использованием агрегатов и оснастки из Иркутска. Оснастку завод так и не получил, и все пришлось делать самим, но новых самолетов на предприятии не построили, хотя выпуск некоторых агрегатов, в том числе хвостового оперения, освоили. Кроме этого, заводские бригады участвовали в доработке Ер-2 непосредственно в частях, в частности устанавливали новые фонари кабины пилотов.
12 января 1945 года нарком А.И. Шахурин сообщал И.В. Сталину:
На 26 марта 1945 года 33 бомбардировщика Ер-2 находились в 1-м и 3-м авиакорпусах и 77 — в 8-й гвардейской авиадивизии. До конца войны оставалось полтора месяца. Тем не менее, несмотря на недостаточный боевой опыт, Ер-2 успели совершить два боевых вылета.
Дизельный вариант Ер-2 с пониженным фонарем кабины штурмана
Летом того же года в 8-й гвардейской авиадивизии должны были начаться войсковые испытания Ер-2, однако эти планы пришлось корректировать. 12 июля нарком А.И. Шахурин писал командующему 18-й воздушной армией (6 декабря 1944 года АДД переименовали в 18-ю воздушную армию) А.А. Новикову: