По решению Государственного Комитета Обороны от 21 сентября того же года Ер-2 с М-30Б запустили в серийное производство на заводе № 39 по образцу, прошедшему государственные испытания согласно акту НИИ ВВС от 23 июня 1943-го. При этом предписывалось устранить отмеченные в акте дефекты и замечания по макету, утвержденному 3 сентября командующим АДД.
Главный конструктор Ер-2 В.Г. Ермолаев (справа) и летчик-испытатель Герой Советского Союза А.Д. Алексеев
Доработки оперативно выполнили, и в декабре 1943 года две серийные, еще сырые машины вышли из сборочного цеха. На первой, кроме новых двигателей, вынесенных вперед на 145 мм, увеличили экипаж, введя второго пилота. В связи с этим расширили кабину пилотов, посадив их в ряд. Больше стали площади крыла — на 1,62 м2, вертикального и горизонтального оперения — на 1,39 и 0,62 м2 соответственно. Возрос размах центроплана на 290 мм, и удлинили на 102 мм грузовой отсек. На моторах первоначально стояли винты ВИШ-24, замененные впоследствии на АВ-5ЛВ-116.
Существенно улучшилось оборонительное вооружение. Носовую стрелковую установку конструкции Торопова с пулеметом калибра 12,7 мм с боезапасом 220 патронов и непрерывным питанием заменили на НУ-134 шарового типа с пятью магазинами по 65 патронов в каждом. На фюзеляже поставили сначала серийную турель ТУМ-5, а затем — модифицированную ТУМ-5М с электроприводом по горизонту и пушкой ШВАК с боезапасом 200 патронов и более совершенным прицелом ОПТ-3. В люковой установке вместо пулемета БТ с ручной перезарядкой и 240 патронами появился УБК того же калибра, но с пневматической перезарядкой и боекомплектом 275 патронов. Доработали и бомбардировочное вооружение, в частности, вместо прицела ПС-1 поставили ОПБ-1Р и ночной НКПБ-7.
Объем внутренних топливных баков, оснащенных системой заполнения нейтральным газом, возрос на 540 литров, а подвесного бака внутри бомбового отсека — на 60 литров. При этом все баки стали вмещать до 6420 литров керосина. Установка жидкостного антиобледенителя на винты и лобовые стекла пилотской кабины благоприятно сказалась на пилотировании машины в сложных метеоусловиях. В итоге всех доработок значительно возрос взлетный вес машины, что потребовало установки новых колес главных опор шасси размером 1325х485 мм и хвостового — 700х300 мм.
Государственные испытания доработанного и одновременно первого серийного самолета начались в феврале 1944 года в Иркутске. Ведущими по машине были инженер Н.М. Кокорин, летчик В.В. Лисицын и штурман Литвинчук. Со 2 по 5 апреля экипаж Лисицына совершил перелет по маршруту Иркутск — Красноярск — Новосибирск — Омск — Свердловск — Москва (аэродром Чкаловская) с промежуточными посадками в указанных пунктах. Испытания проходили довольно тяжело из-за многочисленных дефектов и шесть раз прерывались для доводки как самой машины, так и двигателей, в том числе и для их замены. В конечном счете, выполнив 66 полетов, в октябре пришлось прекратить испытания до полной доводки самолета.
На новой модификации Ер-2 так и не устранили его раскачку в горизонтальном полете с крыла на крыло. По-прежнему на скоростях меньших 240 км/ч по прибору самолет не мог сохранять горизонтальный полет с брошенным управлением и переходил в спираль с быстрым нарастанием скорости, но при максимальном полетном весе позволял выполнять виражи с креном до 50 градусов, демонстрируя устойчивость и легкость в управлении.
Серийный четырехместный Ер-2 с двигателями АЧ-30Б
В конце 1944 года была предпринята попытка улучшения летных характеристик самолета путем установки на Ер-2 № 7023901 форсированного двигателя АЧ-30БФ. Испытания, проведенные экипажем летчика А.Д. Алексеева, показали значительное улучшение его взлетных свойств, как с нормальным, так и перегрузочным весом. Однако недостаточная надежность силовой установки не позволила не только запустить этот вариант самолета в серийное производство, но провести его государственные испытания.
Самолет № 7053911, прошедший контрольные испытания в декабре 1944 года, стал эталоном для серийного производства.
В отличие от самолетов с карбюраторными двигателями, на Ер-2 выходные жалюзи системы охлаждения дизелей АЧ-30Б расположили в центроплане между фюзеляжем и мотогондолами
Несмотря на это, в августе 1944 года после доработки моторов бригадой завода № 500 Ер-2 стали сдавать заказчику. Машины перегоняли из Иркутска на подмосковный аэродром Остафьево летчики 73-й вспомогательной авиадивизии. Это было их главное предназначение, и им доводилось перегонять самолеты с сибирских заводов и ленд-лизовской техники с Аляски с промежуточными посадками через каждые 700–900 км.
Ер-2 с моторами АЧ-30Б и четырехлопастными воздушными винтами
Даже по меркам военного времени подобные перегоны сопровождались драматическими событиями. Например, на 4 апреля 1945 года из 169 самолетов, отправленных с завода, 14 нуждались в замене 20 моторов, на шести требовалась отладка моторов и замена отдельных агрегатов. Девять машин совершили вынужденную посадку на трассе с убранным шасси.