Иван IV не только защищал еретиков, но и приблизил к себе некоторых из них. Он зачислил на опричную службу и сделал своими советниками ливонских дворян Таубе и Крузе, Эберфельда и Кальпа.
Особым влиянием в опричнине пользовался доктор права из Петерсхагена Каспар Эберфельд. Грозный охотно слушал рассказы ученого-правоведа, расспрашивал его об обычаях и нравах его страны. Эберфельд присутствовал на совещаниях царя с Боярской думой. Ходили слухи, что Иван хотел поручить Эберфельду деликатную миссию — сосватать в Германии невесту для наследника престола. Православный люд боязливо взирал на дружбу великого государя с иноземцами. Дьяк Иван Тимофеев с негодованием писал о царе, что «вся внутреняя его в руку варвар быша».
Царь Иван знал о приверженности королевы Елизаветы протестантскому вероучению, но это нисколько не помешало ему затеять сватовство. В конце жизни он завел переговоры с английским двором об устройстве брака с английской «принцессой» Мэри Гастингс. Готовясь к новому браку, самодержец повелел английскому послу, чтобы состоявший в его свите проповедник доктор Коули написал для него, государя, «тезисы англиканской веры». Затем монарх приказал прочесть эти тезисы публично перед многими из своей думы и знати. Подробности царского диспута с представителем англиканской церкви неизвестны. Можно полагать, в новом диспуте государь проявил сдержанность. Косвенным доказательством тому был эпизод с сыном боярским Захарием Болтиным. Будучи приставом у сэра Боуса, Болтин из чрезмерного усердия помянул, что тому было бы неплохо креститься в православие. Узнав об этом, Грозный велел бросить пристава в тюрьму. Болтин не навязывал англичанину веру и действовал из лучших побуждений. Его арест мог вызвать у придворных и духовенства разве что недоумение и досаду. Но жест Грозного имел в виду не собственных подданных, а английский двор. Паства англиканской церкви, в особенности же будущая невеста царя, получила доказательство, что в России англичане не будут подвергаться притеснениям на религиозной почве.
В середине 70-х годов Грозный разрешил ливонским немцам построить кирху в двух верстах от православной столицы. В то время Немецкая слобода под Москвой процветала. Положение переменилось после того, как ливонский король Магнус перешел на сторону Батория и проект создания в границах России вассального протестантского королевства рухнул, а самые видные из служилых немцев — Фаренсбах, Таубе и Крузе — изменили царю.
В условиях тяжелого военного поражения и подозрений насчет новой измены — «шатости в людях» — Грозный не мог более игнорировать требования церковного руководства. В конце Ливонской войны Немецкая слобода подверглась погрому. Некий купец Бохиус из Любека, нечаянный свидетель происшедшего, сообщает, что санкции против немцев были проведены по указке митрополита и духовенства. В беседах с царем митрополит указывал на то, что немцы, получившие привилегию на торговлю вином, спаивали государевых служилых людей в своих трактирах. В конце концов Грозный велел сжечь протестантский храм.
Благословляя поход Грозного на Полоцк, митрополит Макарий объявил, что цель православного воинства — священная борьба против «прескверных лютор» на древних русских православных землях. По взятии Полоцка Иван IV отпустил на родину католиков — польских капитанов и 500 польских солдат. Местное православное население получило разрешение остаться в своих домах, зато литовцы были уведены пленными в Россию.
Вскоре же царь дал Литве веские доказательства своей «веротерпимости». Он приказал рубить головы монахам-бернардинцам из местного католического монастыря.
В глазах Грозного католики были опасными врагами, и он решил искоренить рассадник католической веры в Белоруссии.
Жалкая участь постигла местное еврейское население. Благочестивый царь, отслужив молебен в честь победы над безбожными «люторами», отдал приказ о расправе с евреями. Согласно записи псковского летописца, «которые были в городе жили люди жидове, и князь велики велел их с семьями в воду в речноую въметати, и оутопил их».
Ответственность за происшедшее лежала не на одном царе Иване. В походе на Полоцк его сопровождал игумен Иосифо-Волоколамского монастыря Леонид. Архиепископом полоцким царь поставил Трифона Ступишина, потому что тот был постриженник «Иосифа игумена Волоцкого». Основоположники осифлянства новгородский архиепископ Геннадий и игумен Иосиф Волоцкий вели длительную борьбу с жидовствующими в России. Их старания поначалу были не очень удачными по той причине, что еврейское население в пределах России отсутствовало. Тем не менее ортодоксам удалось добиться осуждения новгородских вольнодумцев как тайных иудеев и отправить их на костер. Геннадий был поклонником методов испанской инквизиции.
Расправа с евреями, исповедовавшими иудаизм, была показателем того, сколь сильным было влияние на молодого царя осифлян.
Грозный не видел нужды в новых подданных — «богоборном» еврейском населении.