Война наложила большой отпечаток и на жизнь партийной организации комбината. С первого же дня войны сотни коммунистов ушли на фронт. В течение только второго полугодия 1941 года ушло в армию 22 секретаря первичных партийных организаций. В 25 парторганизациях проведены довыборы состава партийного бюро. Состав партгрупоргов сменился на 60—70 процентов. Инструкторы парткома, и в первую очередь Ф. С. Иванова, обеспечивали своевременность проведения выборов новых секретарей парторганизаций. Можно смело сказать, что на Магнитогорском металлургическом комбинате боеспособность партийной организации в дни войны еще более возросла, роль первичных партийных организаций в решении хозяйственно-политических задач в цехах стала более солидной и решающей. В связи с ростом новых цехов в 1941 году создано еще 19 первичных партийных организаций. При парткоме был проведен семинар вновь избранных секретарей, партгрупоргов. Регулярно проводились инструктивные совещания. Секретарям парторганизаций помогали работники горкома, райкома, парткома. В практике партийных организаций завода в первые месяцы войны было ценно то, что сравнительно регулярно проводились партийные собрания. Не нарушались сроки проведения отчетно-выборных собраний. В повестке дня собраний появились такие вопросы, как «О выполнении заказов для фронта», «О стахановской вахте — все для фронта», «Авангардная роль коммунистов в дни войны», «О движении двухсотников и задачах парторганизации», «Об охране цехов», «О бдительности», «О путях повышения производительности труда в дни войны», «О работе с вновь пришедшими на завод кадрами» и многие другие.
Партком не только следил за практикой проведения партийных собраний в цехах, но и сам показывал пример организации и проведения общезаводских партийных собраний. В апреле 1941 года проведена первая заводская партийная конференция, а до конца года состоялось еще три общезаводских партийных собрания. Они проводились в две смены, чтобы дать возможность принять участие в этих собраниях всем коммунистам.
Особенно запомнилось общезаводское партийное собрание, состоявшееся 18 ноября 1941 года. Это было трудное время для Родины. Враг рвался к Москве. Большая территория страны была оккупирована гитлеровскими захватчиками. Завод работал с перебоями. И в этих условиях коммунисты показали свою сплоченность, боевитость, готовность отдать все силы на выполнение заказов для фронта. На собрании было принято решение, послужившее основой для улучшения работы в цехах, в целом на комбинате.
В 1942 году состоялось три общезаводских партийных собрания и в августе отчетно-выборная вторая заводская партийная конференция, которой предшествовали отчетно-выборные партийные собрания в цехах. На общезаводских партийных собраниях обсуждались вопросы: «Усиление революционной бдительности», «Задачи парторганизации в выполнении заказов для фронта», «О состоянии трудовой дисциплины».
В течение 1941 года в кандидаты в члены партии принято на заводе 111 человек, в том числе в течение второго полугодия — 40 человек. В 1942 году рост партийных рядов заметно увеличился. В числе принятых были передовики завода — машинист паровоза Н. А. Сухаревский, оператор блюминга В. Е. Спиридонов, начальник цеха ремонта промышленных печей Т. Г. Шунин, М. А. Филиппова, К. М. Пикалова, М. И. Палагина и другие.
При парткоме работала сменная школа кандидатов, где раз в месяц для кандидатов в члены партии читались лекции, доклады. Кроме этого, партком провел кустовые совещания молодых коммунистов, на которых обсуждены доклады на тему: «Чего требует партия от коммунистов в военное время».
В дни войны, когда все сложнее было созывать цеховые партийные собрания, партком центр тяжести партийной работы стал переносить на сменные партийные организации, на партийные группы. В первые дни войны на заводе было 94 партгруппы, в дальнейшем их количество возросло.
В целях повышения уровня работы партгрупп партком провел семинар с партгрупоргами по вопросам: «Как организовать соревнование в дни войны», «Авангардная роль коммунистов в военное время», «Содержание и организация работы партгрупп в новых условиях». Регулярно раз в квартал созывались инструктивные совещания партгрупоргов, где выступали работники горкома, райкома, парткома комбината. Партком установил, что партгрупорги основных цехов должны утверждаться на заседании парткома. Многие партийные группы находились под контролем парткома. Работники парткома присутствовали на собраниях партгрупп в доменном, мартеновских, прокатных цехах. Партком заслушивал отчеты о работе партгрупп на стане «500», в основном механическом цехе, доменном цехе, мартеновском цехе № 2 и других.