А мимо них спешно проходили части армии, бессильные оказать какую-либо помощь. Потерпев поражение на линии реки Тобола, 2-я и 3-я армии безостановочно отходили на восток, задерживаясь лишь для коротких, изнурительных арьергардных боев. Главное командование требовало упорной обороны, вначале для защиты Омска, а после сдачи его – для прикрытия эвакуации. Регулярная Красная армия вела энергичное преследование, наступая главным образом вдоль железной дороги и в стоверстной полосе к югу. С отходом на правый берег Иртыша армии вступили в сферу действия партизанских отрядов. Базой и центром сосредоточения партизан являлся огромный треугольник Камень – Барнаул – Славгород, откуда производились налеты в сторону магистрали, к Семипалатинску и на Алтайскую железную дорогу. Здесь действовала целая партизанская армия, разделенная на четыре корпуса, насчитывавшая в своем текучем составе от 40 до 75 тысяч бойцов. Их до дерзости смелые налеты оказались наиболее чувствительными для 3-й армии и Степной группы, отходивших южнее железной дороги; однако и в непосредственной близости от магистрали тыл был насыщен партизанами. В районе Татарска, в непосредственном тылу сибирской столицы, штаб 8-й дивизии провел одну ночь в хате, откуда только что ушел штаб 9-го революционного полка с каким-то странным местным названием. В этот период оказались разгромленными несколько войсковых штабов, сильно пострадала часть обозов, а 8-я дивизия потеряла целиком одну из батарей, отведенную в тыл вследствие порчи орудий и ночевавшую в 20 верстах за штабом дивизии. Дрались зачастую на все стороны, спокойных ночлегов больше не было.
Остатки 2-й армии отходили вдоль железной дороги значительно спокойнее, но здесь сильнее чувствовался нажим регулярных красных частей. Обе армии несли огромные потери, особенно от болезней. Уже в этот период началось отсеивание от частей всех ненадежных элементов, отстававших на походе или переходивших на сторону красных. Снабжение расстроилось полностью. С потерей Омска исчезли ближайшие к армии склады боеприпасов, продовольствия и одежды, а вместе с ними сразу же перестали действовать армейские органы снабжения. Все, что оставалось в глубоком тылу, оказалось прочно отрезанным от армии великим хаосом на железной дороге: ни один поезд на запад не был пропущен чехами. Та же участь постигла и санитарные учреждения, что вынудило таявшие части везти своих многочисленных больных и раненых при войсковых обозах. Ближайший армейский тыл оказался до крайности загроможденным огромными обозами своих и чужих частей, иногда уже переставших существовать, армейских учреждений и даже отделов Ставки, не погруженных в поезда. Все это теперь шло в хаотическом беспорядке, без плана и часто без приказов, поедая все на своем пути и до крайности затрудняя довольствие строевых частей.