На этот раз экспедиция была скромнее, чем в 1505 году. Значение, однако, ей придавалось не меньшее, потому что командующего для нее назначал сам португальский король. Он надеялся, что Лопиш де Сикейра наладит торговлю с Малаккой. Как Аден в западной части Индийского океана контролировал поток товаров в Европу, Египет и Турцию, так Малакка играла ту же роль в восточной части океана. Там проходил узкий коридор, через который везли грузы с Островов Пряностей и предметы роскоши из Китая и Японии. В апреле 1509 года флотилия прибыла в Кочин, пополнила запасы, подлатала корабли и 19 августа, с летним муссоном, двинулась на восток, в неведомые для европейских моряков воды. В Малакку они прибыли уже через 23 дня, 11 сентября.
В тот день и португальцы, и азиаты испытали смешанные чувства удовольствия, отвращения, любопытства и ужаса. Даже чудеса Индии не смогли подготовить европейцев к зрелищу буйных тропических красот, изобилия, необъятных флотилий торговых судов, тысяч лавок и торговцев, смешения культур, десятков народностей — величайшего перевалочного пункта эпохи. Пришельцы думали о том, что скоро все это станет их владениями, и о том, что, возможно, за это придется платить страшную цену. А малаккские аристократы и купцы в этот момент видели всего лишь горстку европейцев. Этого, однако же, хватило, чтобы они узнали о португальской жестокости.
Внешне все выглядело спокойно и по-дружески. Можно представить, как наслаждались моряки, много месяцев прожившие в ужасных условиях на борту кораблей и на верфях. Теперь они радовались сочной пище, сладким напиткам и экзотическим женщинам самого восхитительного в мире порта. Только Гарсиа де Суса — капитан одного из португальских кораблей — слонялся в гавани, присматривая за этими сотнями улыбчивых туземцев, которые карабкались со своих катамаранов на корабли и предлагали на продажу местные товары. Капитану мерещилась засада, и он послал на флагман Магальяниша, как самого опытного и надежного моряка, чтобы предупредить Сикейру. Добравшись до флагмана, Магальяниш обнаружил, что Сикейра играет в шахматы, а позади каждого из игроков стоит по туземцу с кривым малайским ножом — смертоносным крисом. Магальяниш шепнул Сикейре предостережение, и тот отправил наверх дозорного.
В этот самый момент над царским дворцом показался клуб дыма — сигнал к нападению. Флот едва успел спастись. Магальяниш, Сикейра и другие португальцы схватили малайцев в каюте прежде, чем те успели пустить в дело свои крисы, затем побросали их за борт и расстреляли приближавшиеся катамараны из пушек.
Людям, которые польстились на берегу на удовольствия Малакки, повезло меньше. Многие пытались бежать, но тщетно, потому что их лодок на месте уже не оказалось. В тот день выжил только один португалец из тех, кто оставался на берегу — Франсишку Серран. Дом, где он находился, окружили малайцы, но его спас Фернан, приславший лодку на выручку брата. Оставшиеся в живых спешно уплыли.
До этого момента Магальяниш отлично зарекомендовал себя как верный и способный солдат, но в Португальской Индии подобные качества не были чем-то исключительным. События в Малакке позволили ему выдвинуться в командиры. В 1510 году сам Альбукерки назначил Магальяниша офицером и направил с королевским флотом, который в следующем году взял Малакку, отхватив таким образом добычу, равную Венеции или Константинополю. В чисто европейской манере устанавливать контроль над узкими местами португальцы тут же пережали горло богатой торговле с Китаем, Японией и, конечно, Островами Пряностей, расположенными среди Молуккских островов, в 1800 милях к востоку от Малакки.
В этот момент высшего триумфа два брата разделились. Магальяниш решил, что с него довольно. Его доля прибыли от груза пряностей и прочей добычи, полученной в Малакке, была велика. Он заслужил отличную репутацию, или так ему казалось. Он остался в живых, получил жалование и вернулся домой в сопровождении рабов-малайцев, о которых будет рассказано позже. Серран решил еще попытать удачи и принял командование над одним из трех кораблей соединения, которое вел Антониу де Абреу. Корабли направились к Островам Пряностей.