В том же 1547 г. случилось ужасное. Страшным пожаром была уничтожена почти вся Москва! Деревянная наша столица подвергалась пожарам нередко. Но страдали от них всегда лишь какие-то отдельные части великого града. А такого пожара, какой случился в этот раз, москвичи и не помнили и не знали. Огонь бушевал в апреле, мае, июне, пожирая то один конец города, то другой, не пощадил и Кремля с его святыми соборами. «Железо яко олово разливашеся, и медь яко вода растаяваше», — говорят летописцы. А по словам англичан, Москва в XVI в. превосходила тогда самый большой город Лондон; было в ней 40 тысяч дворов и 75 вёрст по округе.
Бедствием этим воспользовались бояре — противники Глинских, научив кого-то из черни кричать, что пожар случился по колдовству Анны Глинской, бабушки Государя. Толпа кинулась на дядю Царя Юрия Глинского, и убили его прямо в Успенском соборе, затем разнесли имения Глинских, умертвив множество их ни в чём не повинных слуг. В это ужасное время от страха трепещущий Царь (а был он весьма малодушным, что не редкость для жестоких натур) находился на Воробьёвых горах. Сюда к нему явилась толпа, требуя выдать им Анну и иных Глинских. Наиболее сильных крикунов из толпы велено было схватить и казнить, остальные бежали. Мятеж прекратился. Но Глинские власть потеряли. Вдруг к Царю неизвестно откуда явился простой священник из Новгорода Сильвестр и в духе пророка стал обличать Государя за легкомыслие и злострастие, напомнил ему из Писания заповеди царям, грозил страшными видениями и Божиим судом, призывал блюсти Божии Законы и быть справедливым и милосердным, и тем совершенно потряс душу Ивана IV! Он заплакал в раскаяньи, просил Сильвестра дать ему силы исправиться и не отпустил от себя. С этой минуты Царь резко переменился! Конечно, сказалось теперь и воздействие доброй жены и Митрополита Макария и ещё одного человека, незнатного, но одарённого — Алексея Адашева, бывшего другом Царя.
В 1550 или 1549 г. Царь приказал созвать на Москву представителей всех земель Великороссии. По существу, это был первый Земский Собор. К нему Государь обратился с речью, в которой, возложив всю вину за беззаконие в государстве
В 1550 г. был составлен новый царский Судебник. В 1551 г. созван Поместный Церковный Собор, где разбирались вопросы, предложенные особой Запиской самим Государем, желавшим исправления жизни церковной в разных её сторонах. Постановления Собора составили 100 глав, от чего и Собор получил название Стоглавого (или Стоглава).
Судебник был представлен как на Земский Собор, так и на Церковный. Он значительно расширял права местного самоуправления, ограничивал власть царских бояр, имевших за своё управление землями «кормление» с этих земель, что часто вело к обиранию люда. Вскоре обычай кормления и вовсе был отменён. Наместники Государя стали получать жалование, или поместья, а все текущие дела, в том числе и судебные решались «губными» (губа — область, край) начальниками,