Отец поэта не унаследовал буйного нрава предков и не пошел по торговой части. Он окончил Санкт-Петербургский университет (отделение биологии естественного факультета). «Отец — поклонник Дарвина и Толстого, большой знаток царства птиц, изучавший их целую жизнь», — писал Хлебников. Владимир Алексеевич служил по ведомству Министерства земледелия и государственного имущества, опубликовал девятнадцать научных работ, собрал уникальную коллекцию птиц Астраханской губернии, за что получил Большую серебряную медаль на Казанской промышленной выставке 1890 года, возглавлял Петровское общество исследователей Астраханского края.[4] Он вышел в отставку в чине статского советника, имел ордена Святой Анны 3-й степени и Святого Станислава 3-й и 2-й степени. В табели о рангах этот чин соответствовал 5-му классу и давал право на получение личного дворянства. Следующий чин — действительный статский советник — уже дал бы право на потомственное дворянство.
В 1882 году, выйдя из университета со степенью кандидата естественных наук, Владимир Алексеевич Хлебников женился на Екатерине Николаевне (1849–1936), дочери капитана гвардии, действительного статского советника Николая Иосифовича Вербицкого. Она училась в Смольном институте, затем в детском приюте обучала сирот русскому языку, арифметике, географии и естественной истории; в 1877 году во время Русско-турецкой войны ухаживала за ранеными. Она была близка к «Народной воле», ее двоюродный брат — известный народоволец Александр Михайлов, за участие в заговоре приговоренный к смертной казни. Через Екатерину Вербицкую шла переписка арестованных народовольцев с родными. Образ матери отразился в поэме Хлебникова «Ночь перед Советами» (1921).
Правда, Екатерина Николаевна не окончила Смольный институт, но ее сестра Варвара действительно окончила его с золотой медалью. Когда Е. Н. Вербицкая вышла замуж за В. А. Хлебникова и уехала с ним из Петербурга в калмыцкую степь, ей было тридцать три года, мужу — двадцать пять лет. Ни друзья, ни родители молодоженов не одобряли этот брак. Несмотря на то что и материальные и прочие трудности преследовали Хлебниковых всю жизнь, брак их был посвоему счастливым. Их письма во время вынужденных разлук всегда полны нежности и тревоги.
Виктор (Велимир — литературный псевдоним) Хлебников родился 28 октября (9 ноября по новому стилю) 1885 года. Его крестили 1 августа 1886 года в Тундутовской Вознесенской церкви Черноярского уезда Астраханской губернии. Восприемниками стали Борис Лаврентьевич Хлебников и Екатерина Петровна Левитова. Б. Л. Хлебников приходился двоюродным братом Виктору, но он был старше его. К тому времени у Владимира Алексеевича и Екатерины Николаевны уже родились дочь Катя (1883) и сын Борис (1884). Затем в 1887-м родился Александр, а в 1891-м — Вера. В поэме «Ночь перед Советами» Хлебников дает такую характеристику своим братьям и сестрам: