Ощутив сладчайший аромат, разлившийся от мощей Марка по всему городу, язычники насторожились и обыскали могилу, но успокоились, увидев одежду на теле, которое сочли телом святого Марка. Правда, неугомонные александрийцы все же заподозрили, что венецианцы задумали неладное, и пришли с обыском на корабль. Похитители тем временем прикрепили святого Марка к мачте, между двумя четвертями свиной туши. Увидев свинину, неверные закричали «
Базилика IX века, пострадавшая, но не разрушенная пожаром 976 года, была немедленно отремонтирована и частично перестроена. Что касается масштабных работ по переустройству, они начались в 1063 году и привели к созданию той церкви, освященной в 1094-м дожем Витале Фальером, какой мы знаем ее сегодня. Работы по реконструкции закончились, и вскоре после освящения чудесным образом вернулось тело святого Марка, которое пропало, очевидно, после того, как его отправили в безопасное место во время пожара 976 года (о возвращении тела повествует фрагмент мозаики 1303 года, расположенный в конце правого трансепта). В новой церкви кирпичные своды пришли на смену деревянной крыше, появился новый притвор и склеп. Святого похоронили в склепе, где его мощи и оставались до 1836 года, пока их не перезахоронили под высоким алтарем.
И снова церковь Святых Апостолов в Константинополе стал основным образцом, и теперь у Венеции доставало и средств, и мастерства, чтобы скопировать оригинал с большей точностью. Правда, в наши дни сравнивать их довольно сложно, поскольку церковь Святых Апостолов была разрушена в XV столетии. Базилика Сан-Марко соединила в себе западные и византийские традиции: на него оказали влияние самые разные аспекты римских и православных обрядов, что проявилось, в первую очередь, во внутреннем убранстве. Мозаика, например, отличается более линейным, повествовательным характером построения и более широким спектром сюжетов, чем это позволяла греческая традиция, а главный алтарь находится не в центре, а на востоке. Архитектор, вероятнее всего, был грек, но работу выполняли и контролировали, похоже, итальянские каменщики, художники по мозаике и другие. У базилики пять куполов полусфер, один в центре и четыре по сторонам, вместе они образуют греческий крест. Сами купола — их видно изнутри церкви — сохранили изначальную форму, но примерно в 1230 году поверх них надстроили еще одни — меньшего размера, покрытые свинцом. Вдохновением для этого нового украшения, должно быть, послужила исламская традиция — скорее всего египетская.
Другие изменения XIII века тоже отражают влияние широких связей с внешним миром. В основном перемены сводились к тому, что к убранству храма добавляли все новые и новые трофеи, которые стали прибывать из Константинополя после четвертого крестового похода. Большую часть добычи поместили на южном фасаде, тем более что он очень удачно просматривался из окон Дворца дожей. Здесь есть рельефы и колонны из Константинополя. В юго-западной части находится то, что осталось от трофея более поздней войны — порфировой колонны, известной как Пьетра дель бандо. Ее привезли в 1258-м из Акры, где она символизировала генуэзское правление. (Она была уничтожена, когда в 1902 году обрушилась Кампанила.) Дальше стоят еще две колонны. Ранее считалось, что их тоже доставили из Акры, но, как выяснилось, они попали в Венецию из Константинополя наряду со многими другими предметами.