Стефану Дубчеку как известному коммунисту пришлось перейти на нелегальное положение, и Александр за годы войны видел его лишь тайно и всего дважды – в 1940 и 1943 годах. Сам Александр вместе с братом Юлиусом до августа 1944 года работал токарем на заводах «Шкода», которые в основном выполняли заказы вермахта. Хотя Дубчек писал позднее, что состоял в нелегальной группе Сопротивления на заводе, не совсем ясно, чем эта группа занималась. Впрочем, определенная пассивность (по меркам Греции или Югославии) была характерна для всего движения Сопротивления в Чехии и Словакии. Акты саботажа были редкостью, так как жестко подавлялись нацистами и словацкой полицией. До весны 1944 года не было в Словакии и организованного партизанского движения (в Чехии оно вообще так и не появилось), да и потом его в основном создавали переброшенные с востока советские десантные группы.
С 17 лет Александр Дубчек был членом подпольной компартии Словакии.
Александр работал на заводе вместе с симпатичной девушкой Анной Ондрисовой, которую знал еще по Киргизии. С лета 1941 года они уже регулярно встречались.
Словацкая полиция между тем регулярно громила нелегальное руководство компартии Словакии. В апреле 1942 года после ареста второго состава подпольного ЦК в третий состав вошли отец Дубчека, а также Ян Осога и Йозеф Литавец. Но через три месяца арестовали и их. Отец до ареста скрывался у одной вдовы в Топольчанах. Между ними возникли близкие отношения, и в семью Стефан Дубчек уже не вернулся. Его арестовали на конспиративной встрече в одном из братиславских парков в июле 1942 года и отправили в тюрьму в город Нитра. Там его навестил Александр.
В конце августа 1944 года под руководством Словацкого национального совета, куда от компартии входили Гусак и Новоместский (будущие «буржуазные националисты»), вспыхнуло Словацкое национальное восстание. Но немцы вовремя разоружили словацкую армию на карпатских перевалах, и Красная армия так и не смогла, несмотря на огромные потери, пробиться в Словакию.
Александр и Юлиус Дубчек немедленно присоединились к восставшим, и Юлиус погиб. Александр был рядовым бойцом и, согласно его воспоминаниям, в крупных боях участия не принимал. После разгрома основных сил повстанцев в конце октября 1944 года раненный в ногу Дубчек скрывался у доктора Бойко (сына русских эмигрантов, приехавших в Чехословакию после революции 1917 года).
Дубчека-старшего немцы в феврале 1945 года переправили в концлагерь Маутхаузен в Австрии. По пути во время бомбежки авиацией союзников колонны узников Стефану удалось бежать, но его поймали. При освобождении лагеря американцами в мае 1945 года Стефан Дубчек весил менее 50 килограммов.
15 сентября 1945 года Александр Дубчек и Анна Ондрисова сыграли свадьбу. Свидетелем был тот самый Александр Транчик, в честь которого Дубчек и получил свое имя. Отец и мать пришли на торжество уже по отдельности.
Александр работал в городе Тренчин на заводе по производству дрожжей оператором дистилляционной системы, его отец после войны никакой роли в политике не играл. Дубчека-младшего тогда, видимо, политика тоже не интересовала. Он занимался только семьей: в 1948 году у Александра и Анны родился сын Павел (первенец умер в младенчестве зимой 1947-го от воспаления легких), в 1950 году – Петер, а в 1953 – Милан.
Мощная политическая борьба за власть в Словакии между компартией и демократической партией осенью 1947 – зимой 1948 года прошла без всякого участия будущего лидера ЧССР.
Однако друзья отца все же помогли Дубчеку перейти на партийную работу. В июне 1949 года его пригласили в райком компартии в Тренчине и предложили стать партийным работником – вести все организационные дела райкома. Дубчек вспоминал, что колебался – ведь он терял в зарплате по сравнению со своим местом на заводе почти в два раза. Это весьма характерно для Дубчека и ясно показывает, насколько глубокими были его коммунистические убеждения. Тот же Новотный до войны годами работал на заводе, а партийной работой (причем гораздо более ответственной, чем та, что предложили Дубчеку) занимался бесплатно по вечерам в свободное время. Тем более что в 20-30-е годы КПЧ не была правящей партией и время от времени подвергалась преследованиям властей.
Дубчек же всегда любил спокойную, комфортную жизнь. Они с женой решили, что временная потеря в заработке с лихвой компенсируется перспективами карьерного роста.
Через три месяца молодого партийного функционера направили на шестимесячные курсы политической учебы в Братиславу. В это же время под поезд бросился брат отца Михал, которого несправедливо обвинили в растрате средств кооператива портных, где он работал.