Как самый преданный императору человек перешел в лагерь его врагов? По-видимому, искушение папским престолом оказалось слишком сильным. Кроме того, зная, что отношения между Отгоном и Григорием опасно накалились, Филагат, быть может, надеялся, что император воспользуется возможностью сместить своего неудачного протеже.
С римлянами, провозгласившими его антипапой, Филагат заключил договор, предоставивший Кресченцию и знати все светские полномочия. Он, вероятно, потребовал признания верховной власти греческого императора, без поддержки которого не имел никакой опоры.
Григорий V обосновался в Павии. Вся Католическая церковь была на его стороне. Там вместе с архиепископами Миланским и Равеннским он провел синод, на котором заклеймил переворот, совершенный в Риме. По согласованию с находившимися с ним прелатами папа отлучил от церкви лжепапу Иоанна Филагата.
Понтификат Иоанна XVI продлился недолго. Отгон показал строптивому племяннику всю его беспомощность без германской поддержки. Затем император, не спеша, направился на Апеннинский полуостров и в Павии встретился со смещенным папой Григорием V. Вместе они двинулись на Рим. Город не оказал ни малейшего сопротивления.
Кресченций искал убежища в замке Св. Ангела. Он победоносно отбил несколько штурмов, и Отгон был принужден вести осаду по всем правилам военного искусства. Немецкое оружие восторжествовало. Итальянские летописцы рассказывают, что взятому в плен Кресченцию сначала вырвали глаза, переломали руки и ноги и волочили его, изувеченного, на коровьей шкуре по улицам Рима. Затем на глазах собравшейся толпы отрубили голову. Обезглавленный труп и тела двенадцати его соратников повесили вверх ногами на виселицах на высоком холме, чтобы Риму было неповадно восставать против императора.
Перепуганный Филагат бежал в Кампанью и скрылся в прибрежном замке, чтобы затем сушей или морем переправиться к грекам. Императорские всадники быстро разыскали его.
Конец папы Иоанна XVI был ужасен. В издевательстве над старым Иоанном обычно винят немецких воинов. Действительно, трудно поверить, что Отгон III приказал сотворить такое со своим старым учителем греческого языка. Его обстригли, отрезали ему нос, язык, уши, выдавили глаза, отрубили руки. Святой отшельник старец Нил, повсеместно глубоко почитаемый, умолял папу и императора позволить ему забрать несчастного в свою келью, чтобы они вместе замаливали грехи свои и мира. Отгон склонен был согласиться, но Григорий желал насладиться местью в полной мере. Он приказал провезти Иоанна в разодранных одеждах на осле по всему Риму, затем отправить в Германию. Филагат жил в таком жалком состоянии до 1013 г.
Это был уже не первый случай, когда папа действовал вопреки воле своего родственника-императора. Отношения между ними становились все холоднее.
Прямолинейный Григорий V проявлял заботу о нравственности паствы, невзирая на лица.
В 998 г. на Римском соборе был осужден брак французского короля Роберта I с его родственницей Бертой. Эта женитьба наделала так же много шума, как много лет назад увлечение Лотаря Вальрадой.
Едва получив корону государства франков, Гуго Капет занялся поисками супруги для семнадцатилетнего сына Роберта. Брак являлся средством, с помощью которого можно было увеличить владения, усилить влияние, завязать полезные связи. Король Гуго сосватал Роберту «престарелую итальянку», вдову графа Фландрского, дочь бывшего короля Италии Беренгара. Не прошло и года, как Роберт оставил супругу, несмотря на то, что Церковь всегда настаивала на незыблемости брака. Он глубоко и нежно полюбил Берту, жену графа Шартрского, ненадежного вассала франкского короля. Граф интриговал против Гуго Капета с целью передать королевство франков Отгону III, но неудачно. Вскоре он умер. Но вдова, прекрасная Берта Бургундская, согласно церковным законам не могла стать женой Роберта: они были троюродными кузенами. Кроме того, молодой король крестил одного из сыновей Берты, то есть любимая приходилась ему еще и кумой.
Папа Григорий всеми возможными средствами стремился помешать этому неканоническому браку. Но как только умер, вероятно, от оспы, король Гуго, Роберт заставил французских епископов обвенчать его с Бертой.
Григорий собрал в Павии синод, наложивший на короля и Берту семилетнюю епитимью; турский архиепископ Аршамбо, благословивший этот брак вопреки каноническим постановлениям, был отлучен от причащения. Понтифик пригрозил Роберту церковным проклятием, если он не отошлет жену. Но Роберт не устрашился, видя в отлучении германским папой лишь происки имперского двора. Он оказал Риму более упорное и продолжительное сопротивление, чем обычно принято думать. Папе пришлось отступить.
Он вознаградил себя, запретив брак завоевателя Англии Вильгельма Незаконнорожденного с Матильдой Фландрской. До сих пор неизвестно, по какой причине Григорий и его преемники отказывали в разрешении на этот союз — английские историки недоумевают.