Всего через восемь дней после коронации произошли ожесточенные стычки немцев с местными жителями. Начавшись на одном из мостов через Тибр, сражение продолжалось до самой ночи, унеся множество жизней. Император не решился дольше оставаться в этом опасном для себя городе. Его биограф утверждает, что Генрих
Между тем его помощь была остро необходима папе.
Бенедикт настаивал, чтобы Генрих сам повел крупные военные силы в Италию. Там его войска должны были соединиться с папскими; сообща они могли противостоять византийцам. Генрих в принципе был согласен со своим другом, но целый год колебался. В это время греки вступили на территорию Италии и, несмотря на яростное сопротивление Даттуса и верных ему лангобардов, принудили их сдаться. Даттуса отвезли в Бари, провезли по улицам на осле, затем зашили в мешок вместе с петухом, обезьяной и змеей и бросили в море.
Эти вести быстро достигли Рима и Бамберга. Бенедикт считал Даттуса своим личным другом, и тон писем, которыми он забрасывал Генриха после своего возвращения в Рим, стал более резким. Генрих более не колебался. На сейме в Ниймагене в июле 1021 г. было решено, что император поведет свою армию в Италию. Настоятель Монте-Кассино, зная, как велик гнев папы, сел на корабль, чтобы бежать в Константинополь, но возмездие его не миновало — судно, на котором он спасался, пошло ко дну.
Генрих шел быстро. Вместе с армией архиепископа Аквилейского Поппо фон Бриксена он направился к Беневенто, возле которого их ждал папа, и 3 марта 1022 г. союзники торжественно вступили в город. Суровая решимость папы и набожная стойкость императора вели их еще дальше — они осадили Трою, практически неприступную крепость на границе византийских владений. Троя не сдавалась. Немецкую армию одолевала малярия, и Генрих решил снять осаду. Сильно страдая от почечных камней, император свернул лагерь и медленно двинулся в горы во главе своего огромного, но павшего духом войска. Это был не первый и не последний случай, когда итальянское лето победило могущественную европейскую армию.
Король и папа направились на север. Бенедикт ввел в должность нового аббата Монте-Кассино, а Генрих просил св. Бенедикта об исцелении. Затем союзники отправились через Рим в Павию, чтобы присутствовать на Соборе, который понтифик созвал по поводу церковной реформы.
Обсуждался вопрос, в равной мере актуальный как для империи, так и для папства: какие меры необходимо принять для недопущения утраты Церковью ее владений? Усмотрев главную причину обеднения Церкви в несоблюдении духовенством безбрачия, вновь приняли запрещение священникам жениться и содержать любовниц. Участники синода утвердили ужесточение наказаний за нарушение целибата, что и было оформлено в виде императорского эдикта. Нарушителям грозил церковный и светский суд. Очередной раз была сурово осуждена симония, которая продолжала процветать не только на тучной итальянской почве, но и на имперских землях.
Папа не переставал стремиться к исправлению нравов клира в духе Клюнийской реформы.
В римскую литургию была включена молитва «Credo» («Верую») в соответствии с текстом, употреблявшимся во Франкской и Германской церквах, т.е. с добавлением слова «филиокве», подчеркивавшего веру в то, что Святой Дух исходит как от Бога-Отца, так и от Бога-Сына. В Восточной церкви это добавление было признано еретическим и не согласующимся с первоначальной традицией христианской веры.
Для Генриха посещение такого собрания представляло неодолимый соблазн, и только в августе он уехал в Германию.
Поддержка императора значила для папы очень многое. Но не менее значимую помощь оказывало своему выдвиженцу сильное и уважаемое в Риме семейство графов Тускулумских. Его главой в то время была замечательная женщина, Эмилия Гаэта, римская сенатрисса, жена графа Джованни III, регент сначала при сыне Джованни IV, а затем при внуке Джованни V. Она всегда готова была оказать содействие папе и лангобардам против Византии. Опираясь на авторитет Тускулумского дома, Бенедикт продолжил внутриполитические преобразования.
Во время его неспокойного понтификата в Риме произошло землетрясение. Суеверные римляне увидели в природном катаклизме Божью кару. Но папа находчиво направил народное возмущение на евреев. Действительно, после их избиения землетрясение прекратилось.