Биограф Генриха III приписывает ему все добродетели христианского государя, однако в начале своего правления он также прибегал к услугам порочного Бенедикта IX. Это касалось главным образом вопроса, связанного с его женитьбой на Агнессе, дочери герцога Аквитании и Пуату Вильгельма V. Этот союз должен был послужить сохранению мира на западе и обеспечению власти Генриха над Бургундией и Италией. Король французский дал согласие на брак, но крайне неохотно. Протесты аббата Зигфрида Горцского по поводу близкого родства жениха и невесты — оба являлись потомками Генриха I — не были приняты во внимание. Бенедикт IX, подчинившийся королю Генриху III точно так же, как его предшественник подчинялся его отцу, через двух своих легатов санкционировал этот не соответствующий церковным канонам брак. Так же покорно папа благословил военную кампанию Генриха против Венгрии в 1044 г.
Поддерживая императора в незначительных вопросах, Бенедикт IX, тем не менее, проводил довольно самостоятельную церковную политику. Так, например, на синоде, собранном в апреле 1044 г., он отменил решение своего дяди папы Иоанна XIX относительно Аквилейского патриархата, принятое под давлением императора Конрада II. Несмотря на свои сомнительные моральные устои, Бенедикт IX стремился укрепить дисциплину и благочестие Церкви. Он брал под защиту некоторые монастыри, которые порой испытывали притеснения от местного епископата. Иногда он прислушивался к советам Петра Дамиани: например, отлучил от церкви нескольких епископов, обвинённых в симонии.
Племянник Бенедикта VIII, папа по его примеру принимал участие в жизни Церкви не только в Италии. По его инициативе в 1037 г. состоялась встреча епископов Вьенна, Безансона и Лозанны, на которой обсуждались достижения Божественного перемирия[32]
. В октябре 1040 г. Бенедикт IX лично отправился в Марсель для ведения переговоров о распространении Божественного мира. Он занимался церковными вопросами и в Германии. Ему пришлось также решать спор между поляками и чехами, похитившими из Гнезно мощи св. Войцеха (Адальберта).За время первого понтификата Бенедикт IX совершил две канонизации. К лику святых им были причислены аббат Адалард, умерший в 826 г., и современник, монах Симеон, живший отшельником в «Porta Nigra» в Трире. Известны имена тридцати восьми кардиналов, назначенных Бенедиктом IX. Среди них — Джованни, кардинал-епископ Сабины, ставший впоследствии антипапой Сильвестром III.
При этом понтифик отличался утонченным распутством, его жизнь являлась сплошным позором для папского престола. Про его успехи у женщин рассказывали такие чудеса, что в конце концов стали подозревать в колдовстве. По словам современника, Бенедикт[33]
В начале сентября 1044 г. в Риме вспыхнул мятеж, вызванный недовольством римлян правлением Тускулумского рода. Это возмущение, направленное, в первую очередь, против папы Бенедикта IX, было спровоцировано родом Стефани, боковой ветвью знаменитого семейства Кресченциев. Горожане, которые уже однажды пытались убить папу в алтаре, в 1044 г. с собаками выгнали его из города и заставили отречься.
Но 10 января 1045 г. Бенедикт вернулся с большим войском и нанёс поражение восставшим. Римляне, вдохновляемые родом Стефани, не захотели подчиниться порочному папе и 21 января 1045 г. избрали новым понтификом кардинала-епископа Сабины Джованни, который тут же был интронизирован под именем Сильвестра III (20.1.1045
–10.3.1046). Бенедикт же укрылся у немцев, а затем меньше чем через два месяца с помощью императорских войск сумел изгнать Сильвестра и снова утвердиться на Св. Престоле. Он немедленно отлучил ставленника конкурирующего рода, и тот вынужден был в марте 1045 г. бежать из Рима и обосноваться в Сабине, где продолжал считать себя законным папой.Вечный город остался за Бенедиктом, но ненадолго; его дебоши были чересчур шокирующими даже для Рима IX столетия. Кроме того, он влюбился в свою двоюродную сестру и подумывал о женитьбе. Формальные препятствия к браку устранились без труда: папа дал самому себе в силу своей власти нужное разрешение, так называемую диспенсацию, которые в то время за приличное вознаграждение выдавались очень легко. Но отец невесты поставил условием отречение папы от сана. В результате Бенедикт опять отрекся, на этот раз в пользу своего крестного отца Джованни Грациана. Считается, что он согласился с уговорами аббата очень влиятельного монастыря Гроттаферраты и решил продать свой папский титул, что и сделал 1 мая 1045 г. Грациан выплатил огромную сумму, которая, однако, не досталась бьшшему папе, но пошла в качестве компенсации за потерю Св. Престола семье графов Тускулумских. Правда, к тому времени Бенедикт не обладал уже практически никакой властью, будучи лишь орудием в руках этого отчаянно борющегося за власть некогда могущественного рода.