Сотрудник спецслужб отказался и уведомил Березовского о планах ФСБ. После чего его судьба оказалась неразрывно связана с судьбой олигарха. Имя Александра Литвиненко впервые стало известно широкой публике 17 ноября 1998 года, когда он с группой сослуживцев (подполковник Александр Гусык, подполковник Михаил Трепашкин
и майор Андрей Понькин) выступил на пресс-конференции и обвинил российские спецслужбы в подготовке покушения на медиамагната Березовского. Литвиненко утверждал, что помимо убийства Березовского его принуждали и к другим подобным операциям, например к похищению брата бизнесмена Умара Джабраилова.После этого Литвиненко работал в должности советника отдела по вопросам безопасности Исполнительного секретариата СНГ (его тогда возглавлял Березовский) и был арестован за превышение служебных полномочий. 26 ноября 1999 года он был оправдан военным судом и исчез. Пока Литвиненко не объявился в Лондоне, никто не знал, где он прячется.
15 мая 2002 года получил политическое убежище в Великобритании.
В мае-июне 2002 года его заочно судили в России, обвинив в злоупотреблении служебным положением, хищении взрывчатых веществ, а также в незаконном приобретении и хранении огнестрельного оружия и боеприпасов и приговорили к 3,5 года лишения свободы условно с испытательным сроком в течение одного года.
В июле 2002 года Федеральная служба безопасности России обратилась к британским спецслужбам с просьбой допросить Александра Литвиненко по поводу его связей с главным подозреваемым по делу о взрывах в России в 1999 году Ачимезом Гочияевым
. В интервью BBC Литвиненко сказал о том, что «готов... исполнить английский закон и явиться в правоохранительные органы Англии для дачи показаний». НоЛитвиненко хотел бы дать показания полиции, а не MI5, что он как бывший офицер российских спецслужб считает «некорректным».В феврале 2003 года руководство уголовно-исправи тельной инспекции номер 5 Управления исполнения наказания УИН Минюста РФ по Москве обратилось в Чертановский суд столицы с требованием отменить назначенное Литвиненко условное наказание и заменить его реальным. Свою просьбу органы Минюста мотивировали тем, что «Литвиненко злостно укрывается от контроля со стороны органов ГУИН, не является на вызовы, а также не проживает по месту регистрации в Москве». Однако Чертановский суд счел, что у него нет «достаточных оснований для отмены условного осуждения Литвиненко».