Но в начале XX века положение ссыльных вновь ухудшилось. В последние годы поднялась могучая волна рабочего движения, и лицо ссылки, социальный состав отбывающих наказание изменились. До 1897 года преобладающим элементом являлись революционеры-интеллигенты. После этого года в Сибирь во главе с Ульяновым попала значительная группа рабочих и интеллигентов-марксистов из «Союза борьбы». Ленин и его соратники рассматривали тюрьму и ссылку как «временный отпуск из армии революции», который следовало использовать, чтобы отточить идейное оружие для новой борьбы. Но не только идейным самообразованием занимались революционеры-ленинцы, находясь в ссылке. Они продолжали, если позволяли обстоятельства, вести революционную работу среди местного населения. Правда, делать; это приходилось очень осторожно. В 1901–1903 годах в связи с подъемом рабочего революционного движения резко увеличилось число рабочих, попавших в ссылку. Но одновременно увеличилось и число побегов не только с места ссылки, но и из тюрем. В столице империи — Петербурге — заволновались. Военного генерал-губернатора Восточной Сибири Пантелеева заподозрили в либерализме, он подвергся опале и получил отставку. Покидая свой беспокойный пост и желая хоть чем-то обелить себя в глазах царского двора, Пантелеев издал циркуляр, нарушавший даже законоположения, разработанные министерством внутренних дел о порядке содержания ссыльных. По этому циркуляру политические ссыльные после окончания срока наказания должны были ехать в Центральную Россию не за казенный, а за свой счет.
«Пусть еще поживут в Сибири, — рассуждал ретивый царский служака Пантелеев. — Если у них нет денег на проезд, что ж, тем лучше».
Но это решение Пантелеева было лишь цветочками. Ягодки ожидали ссыльных впереди. На место Пантелеева по рекомендации одного из самых черносотенных царских министров, фон Плеве, назначили графа Кутайсова. Еще в пути новый генерал-губернатор Восточной Сибири обратил внимание на недозволенное общение политических (которых гнали по этапу в Сибирь) с местным населением. И, добравшись в августе 1903 года до Иркутска, Кутайсов разразился потоком циркуляров, возвращавших политическую ссылку к «добрым временам» якутской бойни. Чего только не запрещал Кутайсов: общение на железнодорожных станциях всех следующих в ссылку с теми, кого сослали раньше, встречи ссыльных с местным населением, запрещалось отлучаться без специального разрешения местных властей с места ссылки. Их появилось много, очень много этих циркуляров, которые отнимали у людей последние права. За нарушение новых правил ссыльных отправляли в самые отдаленные, самые тяжелые по климату и бытовым условиям районы Якутии. А следом из Иркутска прислали новые циркуляры: о наказаниях ссыльных за попытки установить связи с местными рабочими организациями или подпольными социал-демократическими комитетами. Потом родилась на свет «форма сведений» о политических ссыльных, которая ежедневно направлялась в Иркутск. Надзирателей и инспекторов обязали по нескольку раз в день посещать ссыльных и в письменном виде Докладывать: кто у них бывает, какие ведутся разговоры, каково поведение ссыльного. Видавшие виды полицейские и жандармы и те пришли в смятение от требований нового начальства. В конвои для сопровождения ссыльных по инструкциям из Иркутска назначили самых озлобленных царских служак.
Бурная деятельность графа Кутайсова не замедлила принести свои плоды: начались столкновения политических с конвойными и жандармами. Канцеляристы Кутайсова уставали подшивать к делу то донесение об избиении поднадзорных в Верхоленске, то сообщение о заключении политических в «холодную» в Якутске, то доклад об избиении ссыльных конвойными в пути… На всех этих документах обычно красовалась кутайсовская резолюция: «Продлить ссыльным срок пребывания в ссылке». Делалось все это без суда и следствия, и революционеров ссылали куда-нибудь на «полюс холода».
Особенно возмутило всю ссылку усть-кутское дело. В конце января 1904 года партия ссыльных, продвигаясь по Ленскому тракту, обратилась к конвою с просьбой сделать остановку у села Усть-Кут, так как в дороге заболел один из товарищей. Но в Усть-Куте жило, несколько ссыльных. Поэтому, руководствуясь инструкциями Кутайсова, конвойные отказали в законной просьбе. Ссыльные запротестовали. Стража, набранная из местных казаков-кулаков, по приказу урядника зверски избила всю партию. Весть об избиении в Усть-Куте мгновенно разнеслась по всей Сибири и переполнила чашу терпения ссыльных. Особенно много скопилось их в это время в Якутске после революционных событий на юге России и известной ростовской стачки. Кое-как разместившись в городе, ссыльные ждали решения своей судьбы: оставят ли их здесь или отправят в далекие якутские улусы, затерявшиеся в снежном безмолвии.