Хронология войн в Мэне не совсем ясна. Ордерик Виталий утверждает, что нижеследующие события происходили непосредственно после войны 1073 г. вплоть до 1076 г. Вполне возможно, он ошибался, тем более что он связывает с ними смерть епископа Арнольда Ле-Манского, а это произошло в 1081 г. Одним из самых преданных сторонников Вильгельма в Мэне был Жан де Ла-Флеш, владевший замком, расположенным на полпути между Ле-Маном и Анжером, недалеко от границы между графствами. Жан состоял в свойстве с графами Мэнскими, и его крепостью несколько раз пытался овладеть Фульк Анжуйский. По-видимому, в начале 1081 г. при содействии Хоэля Бретонского Фульку все-таки удалось захватить и сжечь Ла-Флеш. Это нападение заставило Вильгельма двинуться в Мэн с англо-нормандской армией, в которую входили Рожер, эрл Шрусберийский, и Гильом, граф д'Эвре. Решающее сражение было предотвращено только благодаря вмешательству церкви, и в результате был заключен Бланшланский мир. Согласно некоторым сведениям, Фульк признал графом Мэнским Роберта Коротконогого и принял от него оммаж как сеньор от вассала. Возможно, Вильгельм также передал Фульку заложников в подтверждение того, что он признает сюзеренитет Анжуйских графов над Мэном. Бароны, воевавшие против Анжу, в том числе и Жан де Ла-Флеш, заключили мир с Фульком, а те, кто противостоял нормандцам, — с Вильгельмом. Мы знаем, что это мирное соглашение между Нормандией и Анжу, ставшее действительно благоразумным компромиссом, имело силу до конца жизни Вильгельма. Однако на этом беспорядки в Мэне не закончились.
По-видимому, в 1082 или 1083 г. против Вильгельма восстал влиятельный барон Губерт — зять графа Ниверского, сеньор замков Бомон-сюр-Сарт и Френе, к северу от Ле-Мана, и Сент-Сюзанна, расположенного на западе. Губерт, которого в высшей степени чтил Ордерик Виталий, участвовал в мятеже 1072 г., и Вильгельм вынудил его сдать замки Френе и Бомон. Позднее он получил прощение и был назначен виконтом. Неизвестно, по какой причине он вновь поднял мятеж, но, оставив два своих замка на севере и перебравшись в Сент-Сюзанн, где было гораздо удобнее получать помощь из Анжу, Губерт стал совершать набеги на Ле-Ман. Вильгельм снова выступил против него и, не сумев взять неприступный Сент-Сюзанн, организовал поблизости поселение, чтобы помешать дальнейшим действиям противника. Губерт держался три года и, очевидно, только выиграл от этой ситуации. Командование своим гарнизоном Вильгельм поручил бретонцу Алану Рыжему, сеньору Ричмонда. Безусловно, в королевской армии были и другие английские бароны, в том числе Гильом де Варрен и Роберт д'Ойли, один из комендантов Вильгельма, владевший обширными поместьями в Оксфордшире и впоследствии щедро вознагражденный за вклад, внесенный им в эту кампанию. Губерт набрал войска из Аквитании, Бургундии и других частей Франции и с помощью Роберта Бургундского, дяди своей жены, не только отразил все атаки, но убил и захватил в плен множество знатных людей из армии противника, а выкуп за них принес ему большую прибыль. Хотя эта война и не была значительным событием, Вильгельм, несомненно, израсходовал на нее немало ресурсов.
2 ноября 1083 г., пока все еще продолжалась борьба с мятежниками, умерла Матильда. Королеву похоронили в основанном ею монастыре Святой Троицы в Кане. Ордерику Виталию принадлежат несколько традиционных, подобающих в данном случае высказываний о ее благочестии, но она остается для нас совершенно бледной исторической фигурой. По всей видимости, Вильгельм был верным мужем, а последний ребенок родился у них в 1068 г. Со времени завоевания Англии Матильде в Нормандии даже доверили исполнение весьма почетных обязанностей. Однако, учитывая характер Вильгельма и его деяния, трудно поверить, что в отношениях между супругами была особая нежность или что у них была нормальная семейная жизнь. Тем не менее ее смерть имела одно серьезное последствие для их семьи, так как примерно в это же время Роберт Коротконогий полностью порвал отношения со своим отцом.
С лета или осени 1085 г. до лета 1086 г. Вильгельм находился в Англии, принимая меры для защиты королевства от угрозы датского нашествия. Здесь же он принял первых послов от Губерта, прибывших из Сент-Сюзанна с просьбой о мире, а затем и самого Губерта. Хотя виконт и не потерпел поражение, это восстание его утомило, да и сам Вильгельм был рад избавиться от наболевшей проблемы. После этого король вернулся в свое герцогство, чтобы в Байе отпраздновать свадьбу своей дочери Констанцы и Алана Фергана, графа Бретонского. Теперь, когда в Мэне был восстановлен порядок и по-прежнему было в силе мирное соглашение с Анжу, а дочери были выданы за правителей Блуа, Шартра и Бретани, Вильгельм вполне мог считать, что он добился определенных результатов, так как ему удалось одолеть своих противников. Оставалась только одна проблема — Вексен, и для ее решения вскоре представилась благоприятная возможность.