Теперь эта церковь досталась Вильгельму. Английское духовенство привыкло подчиняться королям и, за очень редкими исключениями, было готово безоговорочно покориться завоевателю. Епископы убедительно доказали свою верность новому господину в годы беспорядков — разве что лишь епископ Даремский имел отношение к мятежам, — а аббаты, несмотря на то что они чаще проявляли недовольство и были менее надежны, в целом также оставались преданными королю. В качестве вознаграждения за свои услуги самые влиятельные епископы, возможно, ожидали, что человек, покоривший их страну, проявит хотя бы терпимость, однако это была тщетная надежда. В определенной мере Вильгельм проявлял к ним благосклонность лишь для того, чтобы ввести их в заблуждение. Из-за целого ряда причин его вмешательство в дела церкви было неизбежным — нужен был только удобный повод. Он рассматривал герцогскую, а затем и королевскую церковь как часть своей собственности и привык контролировать ее деятельность. Так как в управлении государством Вильгельм намеревался во многом полагаться на епископов, ему было необходимо ближе познакомиться с этими людьми. От аббатов он требовал, чтобы они занимались мирскими заботами в меньшей степени, чем епископы, и служили, таким образом, примером для подражания, однако вскоре осознал, что английские аббаты в этом смысле многое утратили. Он был горячим приверженцем реформ и знал, что монашество нуждается в серьезных преобразованиях. Вильгельм принадлежал к числу тех христиан-традиционалистов, которые с неодобрением относились к незнакомым обычаям, и, кроме того, по своему темпераменту он неприязненно воспринимал присущую английской церкви снисходительность. Наконец, нужно упомянуть о давлении, которое на него оказывали все те, кто хотел получить свою долю церковной добычи, т. е. герцогские священнослужители, требовавшие получения лучших английских приходов, и монахи — сторонники реформы, жаждавшие привести в порядок здешние обители. Если Стиганд полагал, что он справится с таким клубком проблем, а, по-видимому, так оно и было, то просто память о прошлых успехах затмила ему разум, мешая рассуждать здраво.
До 1070 г. Вильгельм в большой степени полагался на английскую церковь и ее самых высокопоставленных представителей, попирая ее права только при конфискациях, с помощью которых он хотел вознаградить церкви, посодействовавшие его экспедиции в Англию, и покрыть свои военные расходы. Король всецело доверял Эльдреду Йоркскому и по крайней мере одному аббату — Этельвигу Ившемскому, а к Стиганду относился с глубоким уважением. Когда в 1067 г. место главы Дорчестерской епархии оказалось вакантным, Стиганду было даже позволено рукоположить в епископы человека, назначенного Вильгельмом, и тот факт, что им оказался монах из Фекана, нисколько не удивил и не встревожил архиепископа. В 1070 г. Вильгельм решил отказаться от такого своего отношения к местному духовенству. Нажим с различных сторон возрастал, побуждая его к действиям, и теперь наступил подходящий момент. Эльдред Йоркский умер, восстания почти сошли на нет, множество нормандцев получили в надел английские имения, поэтому чистка верхушки английской церкви не могла бы ни ослабить положение Вильгельма, ни привести к более сильным волнениям.
Было решено для начала низложить некоторых епископов-англичан. С новыми людьми во главе церкви путь для реформы был бы открыт. Чтобы провести в жизнь свои планы, Вильгельм попросил папу прислать легатов — так же, как и в 1054–55 гг. в случае с архиепископом Можером. Хотя Александр II и был плохо осведомлен о происходящем и получал искаженные сведения, он послал в Англию своего опытного слугу Эрменфрида, епископа Ситтенского, в сопровождении двух кардиналов-священников. Епископ был в какой-то степени знаком с делами нормандской и английской церкви, так как участвовал в отстранении Можера, а в 1062 г. был, вероятно, направлен в Англию вместе с архиепископом Эльдредом для проведения инспекции церкви и осуществления с общего согласия некоторых реформ. Прибыв в Англию в 1070 г., легаты созвали всех епископов вместе с аббатами их епархий на собор в Винчестере 7 апреля, чтобы «искоренить все то зло, что произрастает в вертограде Господа Саваофа, и насадить то, что будет благотворным для здоровья и души, и тела». Вполне вероятно, что епископы и аббаты явились на собор в страхе и трепете.