Вирусы. Драйверы эволюции. Друзья или враги?

Другие наблюдения проливают свет на движущие силы происхождения множества серотипов риновирусов. В некоторых дискретных участках их генома ученые увидели большую, чем ожидалось, частоту несинонимических мутаций в сравнении с синонимическими: в этой части генома поработал положительный естественный отбор. Эти участки ограничиваются теми последовательностями, которые кодируют белки, образующие внешний капсид вируса, и отдельными участками, кодирующими неструктурные белки. Участки неструктурных белков, оказавшиеся под действием положительного отбора, ограничены участками РНК, которые не играют главной роли в функции вируса внутри клетки. Вероятно, что это селективное давление, ведущее к изменениям, возникло в результате воздействия на риновирусы со стороны иммунной системы. Белки вириона, то есть белки, ассоциированные с вирусными частицами, распознаются циркулирующими защитными антителами, возникающими в ответ на инфицирование вирусом. После выздоровления антитела данной специфичности делают пациента невосприимчивым к реинфекции тем же серотипом риновируса. Эти антитела распознают разные риновирусные серотипы, и их специфичность стала основой для выделения более ста серотипов риновирусов, известных к настоящему времени. Постоянное давление отбора заставляет вирусы обходить эти нейтрализующие антитела; вирусы делают это, маскируясь внутри измененного капсида, который не может быть распознан иммунной системой, отреагировавшей ранее на другие штаммы вируса простуды. Разумно предположить, что эволюция множества серотипов риновирусов позволила им сохраниться и процветать на нашей человеческой популяции, так как они получают беспрепятственный доступ к сборочному конвейеру на рибосомах восприимчивых организмов.

Причина давления положительного отбора на последовательности аминокислот в неструктурных белках риновируса (которые не подвержены нейтрализующему действию антител) не находит объяснения в литературе. Я, однако, полагаю, что эти изменения тоже вызваны давлением отбора, направленного на обход иммунного ответа. Иммунный воспалительный каскад, инициируемый в пораженной клетке, отвечает также за мобилизацию цитотоксичных клеток T-киллеров, которые начинают накапливаться в пораженной ткани. Это плечо нашей иммунной системы – в терминах клеточно-опосредованной иммунной реакции – обладает уникальной способностью распознавать и атаковать инфицированные клетки с целью их уничтожения и удаления. Инфицированные клетки распознаются иммунной системой, так как на их поверхности присутствуют мелкие сегменты белков – пептиды, – образующиеся при разрушении белков внутри каждой клетки. Многие пептиды, присутствующие на клеточной поверхности, образуются в результате распада собственных белков, и они распознаются иммунной системой как «аутоантигены». Отпечатки пальцев вируса обнаруживаются на пептидах, образовавшихся в результате распада вирусных белков и вышедших на поверхность пораженной клетки. Они выявляются и распознаются как чужеродные цитотоксическими T-клетками-киллерами, которые затем приближаются к клетке и уничтожают ее. Особые вирусные пептиды, обнаруживаемые на поверхности инфицированных клеток, таким образом, обучают нашу иммунную систему и делают инфицированные клетки восприимчивыми к действию клеточно-опосредованного иммунитета. Клетки, инфицированные измененными вирусами, то есть с измененными пептидами, не будут распознаваться цитотоксическими T-клетками естественными киллерами. Эти вирусы будут иметь селективное преимущество в том, что смогут избежать этого механизма иммунологической «чистки». Это пример положительного отбора.